PDB-3gdz: Crystal structure of arginyl-tRNA synthetase from Klebsiella pneu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3gdz

タイトル

Crystal structure of arginyl-tRNA synthetase from Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae

要素

Arginyl-tRNA synthetase

キーワード

LIGASE / Arginyl-tRNA synthetase / Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae MGH 78578 / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / Aminoacyl-tRNA synthetase / ATP-binding / Nucleotide-binding / Protein biosynthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

arginine-tRNA ligase / arginine-tRNA ligase activity / arginyl-tRNA aminoacylation / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae (肺炎桿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Chang, C. / Wu, R. / Bearden, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of arginyl-tRNA synthetase from Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae
著者: Chang, C. / Wu, R. / Bearden, J. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2009年2月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年3月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3gdz.cif.gz	93.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3gdz.ent.gz	80 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3gdz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gd/3gdz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gd/3gdz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4of6-1 2khx-d 5yct-1 1tif-d 5z1p-1 5lc7-2 3jzy-d 2kjw-d 5e2x-6 5uvw-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC63109.1

類似構造データ

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その他のデータベース

TargetDB: APC63109.1

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Arginyl-tRNA synthetase

B: Arginyl-tRNA synthetase

C: Arginyl-tRNA synthetase

D: Arginyl-tRNA synthetase

ヘテロ分子

47.3 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Arginyl-tRNA synthetase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
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2

B: Arginyl-tRNA synthetase

ヘテロ分子

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3

C: Arginyl-tRNA synthetase

ヘテロ分子

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4

D: Arginyl-tRNA synthetase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
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単位格子

Length a, b, c (Å)	70.351, 41.966, 71.464
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 91.11, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Arginyl-tRNA synthetase / Arginine-tRNA ligase / ArgRS 分子量: 11680.850 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 1-106 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae (肺炎桿菌) 株: MGH 78578 / 遺伝子: argS, KPN78578_23530, KPN_02388 / プラスミド: pMCSG19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)magic / 参照: UniProt: A6TB43, arginine-tRNA ligase
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 191 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.51 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M HEPES pH 7.5, 1.4M Sodium citrate tribasic dihydrate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97935 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM Q315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月6日
放射	モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97935 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 21585 / Num. obs: 21569 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.2 % / B_iso Wilson estimate: 23.1 Å² / R_merge(I) obs: 0.153 / Net I/σ(I): 17.5
反射シェル	解像度: 2.2→2.22 Å / 冗長度: 6 % / R_merge(I) obs: 0.557 / Mean I/σ(I) obs: 3.11 / Num. unique all: 523 / % possible all: 98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		位相決定
MLPHARE		位相決定
直接法		モデル構築
SHELXD		位相決定
RESOLVE		モデル構築
ARP/wARP		モデル構築
Coot		モデル構築
REFMAC	5.5.0054	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
直接法		位相決定
RESOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.2→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.938 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9 / SU B: 13.402 / SU ML: 0.161 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.321 / ESU R Free: 0.23
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24777	1103	5.1 %	RANDOM
R_work	0.19226	-	-	-
all	0.19516	21504	-	-
obs	0.19516	21504	99.65 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.869 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.18 Å²	0 Å²	-0.21 Å²
2-	-	-1.65 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.46 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3116	0	36	191	3343

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	3378
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.453	1.97	4583
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.772	5	460
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.377	26.447	152
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.736	15	569
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.216	15	15
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.096	0.2	515
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	2627
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.633	1.5	2228
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.199	2	3551
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.368	3	1150
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.819	4.5	1032
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.25 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.255	81	-
R_work	0.188	1413	-
obs	-	1494	98.68 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4511	-0.1165	1.5435	1.5613	2.9298	8.6793	0.0709	0.0628	-0.0805	-0.0207	-0.0091	-0.0792	-0.0857	0.1195	-0.0618	0.0227	-0.0049	-0.0262	0.0064	0.0079	0.0461	81.5531	29.6843	50.6189
2	1.6751	-0.1347	0.9092	1.8558	-0.3075	3.2813	0.1277	-0.1504	-0.0788	0.2242	0.0199	0.0513	0.2152	-0.1569	-0.1476	0.0523	-0.0153	-0.0132	0.0155	0.0103	0.0353	75.1593	25.2044	56.5672
3	9.1558	-0.5526	-1.5937	2.4516	1.8072	7.859	0.0524	0.2709	0.4053	-0.3582	0.1452	0.0439	-0.2734	0.0249	-0.1976	0.0593	-0.0199	-0.0121	0.0198	0.0162	0.028	73.4266	29.9617	32.64
4	6.0952	1.4036	3.88	1.5125	1.7794	5.1163	-0.1509	0.167	-0.0622	-0.0343	0.2079	-0.1911	-0.1923	0.0947	-0.057	0.0526	0.0044	0.008	0.0417	-0.0263	0.053	52.3403	29.9684	75.2969
5	2.4035	-0.3823	0.5153	2.2768	-0.5093	1.6514	-0.0231	-0.1509	-0.0982	0.1489	0.0704	-0.1043	-0.0011	-0.0917	-0.0473	0.0207	0.0021	-0.0026	0.0123	0.0047	0.015	50.9959	24.6628	83.7884
6	1.008	0.9105	1.5768	1.7071	-0.0569	9.7493	0.0364	-0.0607	0.0297	-0.0656	0.0031	-0.081	-0.154	-0.1407	-0.0395	0.042	-0.0114	0.0317	0.0085	-0.013	0.0325	34.8162	29.656	65.7795
7	7.6637	3.8135	-6.7766	1.9422	-3.17	8.2136	-0.018	0.1053	0.0802	-0.0484	0.0413	0.0378	0.0428	-0.1948	-0.0233	0.0616	0.0075	0.0057	0.0112	-0.0144	0.0562	38.1996	19.4988	52.3851
8	1.8389	-0.1733	-0.5826	1.9901	0.1747	3.331	0.0082	-0.0575	-0.0065	-0.0649	0.0301	-0.146	0.1295	0.1757	-0.0383	0.0087	0.0058	0.0063	0.0099	-0.0026	0.0245	46.4362	14.3969	53.6283
9	9.06	0.4556	-1.8839	1.0308	0.673	2.5149	-0.1724	-0.1438	0.0938	0.0935	0.0081	-0.022	0.1119	-0.0484	0.1643	0.0225	0.0051	-0.0022	0.0078	-0.0136	0.0294	29.1707	19.3358	70.6187
10	10.1046	-2.8826	-1.2036	2.1707	0.5899	0.2159	-0.1924	-0.1622	0.2163	0.0618	0.1591	-0.041	0.0328	0.0398	0.0333	0.038	-0.0015	0.0079	0.0122	0	0.0999	54.6156	40.0214	47.9936
11	3.0557	0.1093	-1.5426	1.9438	-0.4245	1.8415	-0.0468	0.2241	-0.0774	-0.0093	0.0193	0.1883	0.1328	-0.098	0.0276	0.0246	-0.0042	0.0051	0.0174	-0.0046	0.0217	48.4821	35.6032	41.7502
12	8.6187	0.457	6.5495	3.1928	2.4004	7.0757	-0.1143	0.5986	0.0185	0.2027	0.1409	-0.149	-0.0351	0.4808	-0.0265	0.044	0.0143	0.012	0.0533	0.0079	0.0511	71.4395	40.1842	38.523

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 19
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	20 - 88
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	89 - 103
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	1 - 19
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	20 - 88
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	89 - 103
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	1 - 19
8	X-RAY DIFFRACTION	8	C	20 - 88
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	89 - 103
10	X-RAY DIFFRACTION	10	D	1 - 19
11	X-RAY DIFFRACTION	11	D	20 - 88
12	X-RAY DIFFRACTION	12	D	89 - 103

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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