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Yorodumi- PDB-3gdz: Crystal structure of arginyl-tRNA synthetase from Klebsiella pneu... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3gdz | ||||||
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Title | Crystal structure of arginyl-tRNA synthetase from Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae | ||||||
Components | Arginyl-tRNA synthetase | ||||||
Keywords | LIGASE / Arginyl-tRNA synthetase / Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae MGH 78578 / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / Aminoacyl-tRNA synthetase / ATP-binding / Nucleotide-binding / Protein biosynthesis | ||||||
Function / homology | Function and homology information arginine-tRNA ligase / arginine-tRNA ligase activity / arginyl-tRNA aminoacylation / ATP binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.2 Å | ||||||
Authors | Chang, C. / Wu, R. / Bearden, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: Crystal structure of arginyl-tRNA synthetase from Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae Authors: Chang, C. / Wu, R. / Bearden, J. / Joachimiak, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3gdz.cif.gz | 93.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3gdz.ent.gz | 80 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3gdz.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gd/3gdz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gd/3gdz | HTTPS FTP |
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-Related structure data
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Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 11680.850 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: UNP residues 1-106 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae (bacteria) Strain: MGH 78578 / Gene: argS, KPN78578_23530, KPN_02388 / Plasmid: pMCSG19 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3)magic / References: UniProt: A6TB43, arginine-tRNA ligase #2: Chemical | ChemComp-EDO / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.26 Å3/Da / Density % sol: 45.51 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 0.1M HEPES pH 7.5, 1.4M Sodium citrate tribasic dihydrate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97935 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM Q315r / Detector: CCD / Date: Feb 6, 2009 |
Radiation | Monochromator: double crystal Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97935 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.2→50 Å / Num. all: 21585 / Num. obs: 21569 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 8.2 % / Biso Wilson estimate: 23.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.153 / Net I/σ(I): 17.5 |
Reflection shell | Resolution: 2.2→2.22 Å / Redundancy: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.557 / Mean I/σ(I) obs: 3.11 / Num. unique all: 523 / % possible all: 98.9 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.2→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9 / SU B: 13.402 / SU ML: 0.161 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.321 / ESU R Free: 0.23 Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 17.869 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.2→50 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.2→2.25 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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