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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3gdn | |||||||||
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タイトル | Almond hydroxynitrile lyase in complex with benzaldehyde | |||||||||
![]() | R-oxynitrile lyase isoenzyme 1 | |||||||||
![]() | LYASE / HYDROXYNITRILE LYASE / FLAVIN / GMC OXIDOREDUCTASE / ALMOND / CYANOGENESIS / Flavoprotein | |||||||||
機能・相同性 | ![]() nitrile metabolic process / mandelonitrile lyase activity / (R)-mandelonitrile lyase / oxidoreductase activity, acting on CH-OH group of donors / flavin adenine dinucleotide binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Dreveny, I. / Gruber, K. / Kratky, C. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Substrate binding in the FAD-dependent hydroxynitrile lyase from almond provides insight into the mechanism of cyanohydrin formation and explains the absence of dehydrogenation activity. 著者: Dreveny, I. / Andryushkova, A.S. / Glieder, A. / Gruber, K. / Kratky, C. #1: ![]() タイトル: The hydroxynitrile lyase from almond: a lyase that looks like an oxidoreductase. 著者: Dreveny, I. / Gruber, K. / Glieder, A. / Thompson, A. / Kratky, C. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 252 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 197.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 53.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 80.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 56535.785 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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-糖 , 5種, 6分子 ![](data/chem/img/NAG.gif)
#2: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
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#3: 多糖 | alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
#4: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-3)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
#5: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
#7: 糖 |
-非ポリマー , 4種, 1277分子 ![](data/chem/img/FAD.gif)
![](data/chem/img/HBX.gif)
![](data/chem/img/MXN.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/HBX.gif)
![](data/chem/img/MXN.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#6: 化合物 | #8: 化合物 | #9: 化合物 | ChemComp-MXN / ( #10: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
配列の詳細 | AUTHORS STATE THAT SINCE THE PROTEIN WAS PURIFIED FROM A NATURAL SOURCE, THIS DIFFERENCE BETWEEN ...AUTHORS STATE THAT SINCE THE PROTEIN WAS PURIFIED FROM A NATURAL SOURCE, THIS DIFFERENCE |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.41 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 詳細: 20% w/v PEG-4000, 16% v/v isopropanol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年6月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9101 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.67→20 Å / Num. all: 107944 / Num. obs: 107944 / % possible obs: 87.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 16 Å2 / Rsym value: 0.048 / Net I/σ(I): 14.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.67→1.77 Å / Mean I/σ(I) obs: 7.4 / Rsym value: 0.16 / % possible all: 89.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 開始モデル: pdb entry 1ju2 解像度: 1.67→19.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / Data cutoff high absF: 106984 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 36.319 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 56.18 Å2 / Biso mean: 16.553 Å2 / Biso min: 4.97 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.67→19.97 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.67→1.77 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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