PDB-3gd3: Crystal structure of a naturally folded murine apoptosis inducing...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3gd3

タイトル

Crystal structure of a naturally folded murine apoptosis inducing factor

要素

(Apoptosis-inducing factor 1, mitochondrial) x 2

キーワード

OXIDOREDUCTASE / alpha and beta protein / Acetylation / Apoptosis / DNA-binding / FAD / Flavoprotein / Mitochondrion / Nucleus / Phosphoprotein / Transit peptide

機能・相同性

機能・相同性情報

electron-transferring-flavoprotein dehydrogenase activity / 酸化還元酵素; その他が電子受容体 / regulation of apoptotic DNA fragmentation / mitochondrial respiratory chain complex assembly / protein import into mitochondrial intermembrane space / NAD(P)H oxidase H2O2-forming activity / poly-ADP-D-ribose binding / cellular response to aldosterone / positive regulation of necroptotic process / response to L-glutamate ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.95 Å

データ登録者

Sevrioukova, I.F.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Redox-linked conformational dynamics in apoptosis-inducing factor
著者: Sevrioukova, I.F.

履歴

登録	2009年2月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年5月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3gd3.cif.gz	746.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3gd3.ent.gz	624.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3gd3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3gd3_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3gd3_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	3gd3_validation.xml.gz	71.8 KB	表示
CIF形式データ	3gd3_validation.cif.gz	93.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gd/3gd3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gd/3gd3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3gd4C 1gv4S 1m6i S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5fs9-1 5fs8-d 4lii-d 5miu-2 5fs7-2 5fs6-2 5fmh-d 4fdc-d 1m6i-d 5miu-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (3) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (3) #82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Apoptosis-inducing factor 1, mitochondrial

B: Apoptosis-inducing factor 1, mitochondrial

C: Apoptosis-inducing factor 1, mitochondrial

D: Apoptosis-inducing factor 1, mitochondrial

E: Apoptosis-inducing factor 1, mitochondrial

F: Apoptosis-inducing factor 1, mitochondrial

ヘテロ分子

238 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Apoptosis-inducing factor 1, mitochondrial

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
59.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Apoptosis-inducing factor 1, mitochondrial

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
59.1 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Apoptosis-inducing factor 1, mitochondrial

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
59.1 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Apoptosis-inducing factor 1, mitochondrial

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
59.1 kDa, 1 ポリマー
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5

E: Apoptosis-inducing factor 1, mitochondrial

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
784 Da, 1 ポリマー

6

F: Apoptosis-inducing factor 1, mitochondrial

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
784 Da, 1 ポリマー

単位格子

Length a, b, c (Å)	75.050, 80.290, 419.640
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Apoptosis-inducing factor 1, mitochondrial / Programmed cell death protein 8 分子量: 58328.203 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Aif, Aifm1, Pdcd8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9Z0X1
#2: タンパク質・ペプチド	Apoptosis-inducing factor 1, mitochondrial 分子量: 783.958 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Aif, Aifm1, Pdcd8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#3: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	THE AUTHOR STATES THAT CHAINS E AND F ARE LIKELY PARTS OF THE N-TERMINI OF CHAINS A,B,C, AND D. 48- ...THE AUTHOR STATES THAT CHAINS E AND F ARE LIKELY PARTS OF THE N-TERMINI OF CHAINS A,B,C, AND D. 48-49 N-TERMINAL RESIDUES IN ALL FOUR MOLECULES IN THE ASYMMETRIC UNIT ARE MISSING (DISORDERED). OWING TO LOW RESOLUTION, IT WAS NOT POSSIBLE TO ACCURATELY ASSIGN THE SIDE CHAINS AND IDENTIFY THE PEPTIDES. THE N-TERMINI WERE MODELED AS ALA, BUT THE SEQUENCE ALIGNMENT IS UNKNOWN, AND WERE THEREFORE CHANGED TO UNK IN THIS ENTRY.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.69 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.3 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: microbatch under oil / pH: 7 詳細: 15% PEG 4000, 0.35M KNO3, pH 7.0, microbatch under oil, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 103 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 1.1 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年3月3日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Yale mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→408.25 Å / Num. all: 61080 / Num. obs: 49548 / % possible obs: 81.12 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.97 % / R_merge(I) obs: 0.174 / R_sym value: 0.174
反射シェル	解像度: 2.8→2.873 Å / 冗長度: 5.06 % / R_merge(I) obs: 0.715 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / R_sym value: 0.715 / % possible all: 69.45

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
d*TREK		データ削減
d*TREK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1GV4

1gv4

解像度: 2.95→46.64 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.93 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.907 / SU B: 47.252 / SU ML: 0.415 / Isotropic thermal model: overall / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.554 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.29965	2103	4.6 %	RANDOM
R_work	0.24861	-	-	-
obs	0.25095	43694	83.42 %	-
all	-	71343	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 95.017 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-6.06 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.65 Å²	0 Å²
3-	-	-	6.71 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.95→46.64 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14482	0	212	27	14721

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	14994
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.77	1.977	20305
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.98	5	1878
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.123	23.721	637
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.869	15	2543
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.288	15	112
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.103	0.2	2241
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	11252
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.223	0.2	6848
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.308	0.2	10030
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.16	0.2	521
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.173	0.2	56
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.127	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.991	1.5	9331
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.559	2	14970
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.932	3	5663
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.162	4.5	5335
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.95→3.026 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.386	131	-
R_work	0.355	2869	-
obs	-	-	75.55 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8087	-0.2543	0.1367	0.6477	-0.0707	0.5292	-0.0404	-0.0571	-0.0911	0.0306	-0.022	0.1	0.0236	-0.004	0.0624	0.0769	0.0309	0.0132	0.0529	-0.0147	0.0341	2.3378	22.1553	58.5587
2	0.7702	-0.0981	-0.3572	0.8281	-0.1156	0.6821	-0.0215	0.116	-0.0694	-0.189	-0.0169	-0.0462	0.0744	0.003	0.0384	0.1964	0.0034	0.0128	0.0798	-0.0524	0.0409	-16.3921	6.7551	6.3059
3	0.4489	-0.1885	0.0996	1.091	-0.1256	0.6268	-0.0627	0.0013	-0.2542	0.0676	0.0011	0.0622	0.0634	-0.0078	0.0617	0.1013	0.0301	0.0841	0.0188	-0.0016	0.209	-34.9995	-17.4468	44.1859
4	0.4939	-0.0757	-0.0753	0.6238	0.1205	0.4717	0.0291	-0.1746	0.1405	0.218	-0.0644	0.149	-0.0479	0.0125	0.0353	0.2988	-0.01	0.0031	0.2825	-0.0743	0.1147	25.5326	38.8413	97.7615
5	3.1367	0.8712	0.5146	4.6635	-0.1376	0.1023	-0.1841	-0.0587	-0.3091	-0.3893	0.2701	0.2473	-0.0101	-0.0287	-0.086	0.2854	0.0825	0.0271	0.188	-0.0099	0.1532	-8.4274	53.1586	49.0855
6	4.5389	3.3061	0.0631	5.0727	-0.0932	0.0083	-0.0655	-0.093	0.0536	0.4357	0.1088	0.6196	-0.0247	-0.0155	-0.0433	0.2779	0.1128	-0.0044	0.3699	0.1225	0.3534	-5.2296	49.2495	55.5201

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	128 - 610
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	127 - 610
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	128 - 610
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	128 - 610
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	1 - 8
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	1 - 9

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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