PDB-3gcd: Structure of the V. cholerae RTX cysteine protease domain in comp...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3gcd

タイトル

Structure of the V. cholerae RTX cysteine protease domain in complex with an aza-Leucine peptide inhibitor

要素

RTX toxin RtxA

キーワード

TOXIN/INHIBITOR / V. cholerae / repeats-in-toxin / MARTX / cysteine protease / inositol hexakisphosphate / aza-peptide / aza-Leu / TOXIN-INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

CoA-dependent peptidyl-lysine N6-palmitoyltransferase activity / 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成） / host cell cytosol / ligase activity / cysteine-type peptidase activity / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / actin filament organization / toxin activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / lipid binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio cholerae (コレラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Lupardus, P.J. / Garcia, K.C. / Shen, A. / Bogyo, M.

引用

ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2009
タイトル: Mechanistic and structural insights into the proteolytic activation of Vibrio cholerae MARTX toxin.
著者: Shen, A. / Lupardus, P.J. / Albrow, V.E. / Guzzetta, A. / Powers, J.C. / Garcia, K.C. / Bogyo, M.

履歴

登録	2009年2月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年5月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.2	2012年12月12日	Group: Other
改定 1.3	2020年10月14日	Group: Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / pdbx_struct_conn_angle ...chem_comp / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3gcd.cif.gz	333.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3gcd.ent.gz	274.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3gcd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3gcd_validation.pdf.gz	3.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3gcd_full_validation.pdf.gz	3.6 MB	表示
XML形式データ	3gcd_validation.xml.gz	38.3 KB	表示
CIF形式データ	3gcd_validation.cif.gz	49.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gc/3gcd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gc/3gcd	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3eebS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3i0a-1 4xmg-d 3eeb-2 4pbo-d 2p73-d 1gv9-d 7k0a-1 4ory-6 1m4w-d 2np1-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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PDBのページ

PDBj /

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「今月の分子」の関連する項目

#110 - 2009年2月
オーキシンとTIR1ユビキチンリガーゼ (Auxin and TIR1 Ubiquitin Ligase)
類似性 (1)
#225 - 2018年9月
フィターゼ (Phytase)
類似性 (1)
#218 - 2018年2月
EPSP合成酵素と除草剤 (EPSP Synthase and Weedkillers)
類似性 (1)
#88 - 2007年4月
クラスリン (Clathrin)
類似性 (1)
#165 - 2013年9月
人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages)
類似性 (2)
#216 - 2017年12月
生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic)
類似性 (1)
#220 - 2018年4月
脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases)
類似性 (2)

登録構造単位

A: RTX toxin RtxA

B: RTX toxin RtxA

C: RTX toxin RtxA

D: RTX toxin RtxA

ヘテロ分子

95.9 kDa, 4 ポリマー
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1

A: RTX toxin RtxA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
24 kDa, 1 ポリマー
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2

B: RTX toxin RtxA

ヘテロ分子

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3

C: RTX toxin RtxA

ヘテロ分子

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4

D: RTX toxin RtxA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
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単位格子

Length a, b, c (Å)	48.560, 65.854, 254.880
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

詳細

biological unit is a single monomer in complex with a single inositol hexakisphosphate molecule and a single Cbz-Leu-Leu-(aza)Leu-epoxide inhibitor

#1: タンパク質	RTX toxin RtxA 分子量: 22709.922 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 3442-3650 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 株: V. cholerae 01 biovar eltor str. N16961 / 遺伝子: rtxA, vc1451, VC_1451 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9KS12
#2: 化合物	ChemComp-AZ0 / ethyl (5S,8S,14S)-14-hydroxy-5,8,11-tris(2-methylpropyl)-3,6,9,12-tetraoxo-1-phenyl-2-oxa-4,7,10,11-tetraazapentadecan-15-oate タイプ: peptide-like, Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 592.724 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₀H₄₈N₄O₈ / 参照: aza-Leu epoxide inhibitor JCP598
#3: 化合物	ChemComp-IHP / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / MYO-INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / INOSITOL 1,2,3,4,5,6-HEXAKISPHOSPHATE / フィチン酸分子量: 660.035 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₈O₂₄P₆
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.17 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 30%PEG3350, 15% MPD, 0.1M Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 140 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.35→30 Å / Num. obs: 31246 / % possible obs: 89 % / 冗長度: 4.4 % / B_iso Wilson estimate: 49.3 Å² / R_merge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 13.6
反射シェル	解像度: 2.35→2.43 Å / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.454 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 2112 / % possible all: 61.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0066	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ID 3EEB

3eeb

解像度: 2.35→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.938 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.901 / SU B: 22.357 / SU ML: 0.236 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.823 / ESU R Free: 0.313 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26499	1573	5 %	RANDOM
R_work	0.21831	-	-	-
obs	0.22064	29632	88.94 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 49.312 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.55 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-2.56 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.99 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.35→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6216	0	316	145	6677

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.021	6632
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.303	1.968	9004
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.004	5	808
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	42.467	25.679	324
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.257	15	1084
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.003	15	32
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	984
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	4984
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.9	1.5	4036
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.668	2	6452
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.637	3	2596
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.749	4.5	2552
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.35→2.411 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.378	79	-
R_work	0.311	1420	-
obs	-	-	59.63 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.277	0.051	0.0195	0.3738	0.0985	0.1681	0.0213	0.0021	0.008	-0.0012	-0.0182	-0.0058	0.0063	-0.0259	-0.0031	0.0315	-0.0006	0.008	0.0041	0.0007	0.0022	-7.3689	19.5629	-61.3617
2	0.5973	0.1096	-0.0401	0.4614	0.1311	0.3467	-0.0062	-0.0397	-0.0064	0.0498	0.0178	-0.0659	0.0137	0.0063	-0.0116	0.028	0.0021	-0.0085	0.0042	-0.0033	0.0098	16.001	31.7014	-33.1476
3	0.2974	0.0853	0.0066	0.3774	-0.1036	0.6352	0.0341	0.0216	-0.0293	0.0326	0.0727	0.0028	-0.1125	-0.1013	-0.1069	0.0507	0.0235	0.0185	0.0254	0.0142	0.0211	-3.8283	-4.2956	-28.281
4	0.703	-0.1096	-0.4875	0.9819	0.604	1.1982	-0.035	0.0713	0.0541	-0.0016	0.0425	0.0298	0.048	0.0931	-0.0075	0.0374	0.0095	-0.0092	0.0345	0.0079	0.0071	-3.3387	32.5114	-1.1385
5	0.0578	-0.9294	-0.1288	19.7197	2.6838	0.3657	0.0289	-0.0221	-0.0018	-0.0767	-0.0418	0.0668	-0.0142	-0.0024	0.0129	0.0409	-0.0327	-0.0013	0.0441	-0.0042	0.0049	-14.0318	13.9435	-50.3917
6	4.191	5.9068	2.0664	8.3255	2.9125	1.0189	0.0861	0.0409	-0.2846	0.1206	0.0538	-0.3995	0.0421	0.0191	-0.1399	0.0611	0.0131	-0.0034	0.0352	-0.0168	0.026	2.7807	-16.5251	-28.4915
7	2.2607	-5.4054	3.1563	13.6446	-9.8106	11.5229	0.0043	-0.0027	-0.0208	-0.0052	0.0365	0.0526	-0.0208	-0.1042	-0.0408	0.0008	-0.0017	-0.002	0.0089	0.0041	0.0166	24.947	27.9985	-43.1727
8	0.4457	1.8366	0.8128	7.5705	3.3488	1.4828	0.0721	-0.0011	-0.033	0.3257	-0.0055	-0.1303	0.134	-0.0029	-0.0666	0.0877	0.0192	0.0268	0.0107	0.0013	0.0258	-2.4093	20.0285	5.6198
9	0.0157	0.0114	0.0277	0.0462	0.029	0.0532	-0.0058	0.0016	0.0056	0.0122	-0.0052	-0.0078	-0.0031	-0.0014	0.011	0.03	-0.0009	0.0084	0.0082	0.0018	0.0185	-1.5151	15.7839	-42.2193
10	0.0627	-0.4445	-0.1455	3.1635	1.0307	0.3383	0.0177	0.0108	-0.0092	-0.0985	-0.0448	0.0553	-0.0313	-0.0296	0.0271	0.0301	-0.0034	0.0023	0.0765	-0.0258	0.0172	-16.3709	12.7764	-67.0759
11	1.9218	1.5894	2.8479	1.3807	2.7663	6.7716	0.2319	-0.0147	-0.1775	0.128	-0.0059	-0.1423	-0.0238	-0.0307	-0.226	0.0802	0.0105	-0.0234	0.0441	0.0203	0.0314	27.1501	33.2809	-27.4534
12	2.7831	3.2678	-4.8009	3.8374	-5.638	8.2863	-0.2699	0.0915	-0.0885	-0.3321	0.1138	-0.1041	0.4973	-0.1363	0.1561	0.1013	0.0573	-0.0032	0.1362	-0.0369	0.0121	5.8939	26.7611	-7.6846
13	1.3677	-0.2339	-1.9978	0.7088	0.0664	3.0318	-0.0137	0.0383	0.0049	-0.0201	0.0342	0.0314	0.0293	-0.0728	-0.0205	0.0037	-0.0018	-0.0018	0.0037	0.0022	0.0018	-8.9802	-9.4903	-38.4847
14	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	-0	0.1379	-0.0744	-0.1438	0.0671	0.0658	0.1551	29.4369	30.8868	-22.8836
15	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	-0	0.0041	0.0209	-0.013	0.1067	-0.0663	0.0412	-15.8389	8.0939	-70.6765
16	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	-0	0.1161	-0.0355	0.1156	0.0108	-0.0353	0.1152	-9.083	-7.8519	-44.1443
17	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	-0	0.088	-0.0203	0.0943	0.1961	-0.1094	0.1412	11.669	28.3598	-8.2811

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 999
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 999
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 999
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1 - 999
5	X-RAY DIFFRACTION	5	J	1 - 999
6	X-RAY DIFFRACTION	6	K	1 - 999
7	X-RAY DIFFRACTION	7	L	1 - 999
8	X-RAY DIFFRACTION	8	M	1 - 999
9	X-RAY DIFFRACTION	9	I	1 - 999
10	X-RAY DIFFRACTION	10	E	1 - 999
11	X-RAY DIFFRACTION	11	F	1 - 999
12	X-RAY DIFFRACTION	12	G	1 - 999
13	X-RAY DIFFRACTION	13	H	1 - 999
14	X-RAY DIFFRACTION	14	N	1 - 999
15	X-RAY DIFFRACTION	15	P	1 - 999
16	X-RAY DIFFRACTION	16	Q	1 - 999
17	X-RAY DIFFRACTION	17	R	1 - 999

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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