ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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HKL-2000 | | データ収集 | PHENIX | | モデル構築 | CNS | 1.2 | 精密化 | DENZO | | データ削減 | SCALEPACK | | データスケーリング | PHENIX | | 位相決定 |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.75→28.33 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Data cutoff high absF: 303382.6 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: CNS 1.2 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.272 | 441 | 8 % | RANDOM |
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Rwork | 0.245 | - | - | - |
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obs | - | 5990 | 93.4 % | - |
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 51.0924 Å2 / ksol: 0.2 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 76 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | -21 Å2 | - | - |
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2- | - | -21 Å2 | - |
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3- | - | - | 42 Å2 |
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Refine analyze | | Free | Obs |
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Luzzati coordinate error | 0.49 Å | 0.44 Å |
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Luzzati d res low | - | 5 Å |
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Luzzati sigma a | 0.53 Å | 0.52 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.75→28.33 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 0 | 702 | 23 | 0 | 725 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal |
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X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d0.008 | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.5 | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d20.3 | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d1.99 | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.75→2.92 Å / Rfactor Rfree error: 0.06 / Total num. of bins used: 6
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.487 | 65 | 8.2 % |
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Rwork | 0.438 | 728 | - |
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obs | - | - | 83 % |
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Xplor file | Refine-ID | Serial no | Param file | Topol file |
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X-RAY DIFFRACTION | 1 | dna-rnaATT | dna-rnaATT | X-RAY DIFFRACTION | 2 | pqpqX-RAY DIFFRACTION | 4 | to | X-RAY DIFFRACTION | 3 | | ion.top | | | |
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