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- PDB-3gbx: Serine hydroxymethyltransferase from Salmonella typhimurium -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gbx
タイトルSerine hydroxymethyltransferase from Salmonella typhimurium
要素Serine hydroxymethyltransferase
キーワードTRANSFERASE / structural genomics / IDP01011 / Serine hydroxymethyltransferase / Salmonella typhimurium. / One-carbon metabolism / Pyridoxal phosphate / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to tetrahydrofolate / glycine metabolic process / glycine hydroxymethyltransferase / glycine hydroxymethyltransferase activity / glycine biosynthetic process from serine / serine binding / L-serine catabolic process / tetrahydrofolate metabolic process / tetrahydrofolate interconversion / amino acid binding ...cellular response to tetrahydrofolate / glycine metabolic process / glycine hydroxymethyltransferase / glycine hydroxymethyltransferase activity / glycine biosynthetic process from serine / serine binding / L-serine catabolic process / tetrahydrofolate metabolic process / tetrahydrofolate interconversion / amino acid binding / cobalt ion binding / folic acid metabolic process / pyridoxal phosphate binding / one-carbon metabolic process / zinc ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Serine hydroxymethyltransferase, pyridoxal phosphate binding site / Serine hydroxymethyltransferase pyridoxal-phosphate attachment site. / Serine hydroxymethyltransferase / Serine hydroxymethyltransferase-like domain / Serine hydroxymethyltransferase / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain ...Serine hydroxymethyltransferase, pyridoxal phosphate binding site / Serine hydroxymethyltransferase pyridoxal-phosphate attachment site. / Serine hydroxymethyltransferase / Serine hydroxymethyltransferase-like domain / Serine hydroxymethyltransferase / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Serine hydroxymethyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Osipiuk, J. / Nocek, B. / Zhou, M. / Stam, J. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: X-ray crystal structure of serine hydroxymethyltransferase from Salmonella typhimurium.
著者: Osipiuk, J. / Nocek, B. / Zhou, M. / Stam, J. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A.
履歴
登録2009年2月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年3月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine hydroxymethyltransferase
B: Serine hydroxymethyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,8423
ポリマ－92,7832
非ポリマー591
水8,089449
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7360 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area28340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.955, 49.734, 94.736
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 110.670, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Serine hydroxymethyltransferase / Serine methylase / SHMT


分子量: 46391.629 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
株: LT2 / 遺伝子: glyA, STM2555 / プラスミド: pMCSG19c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0A2E1, glycine hydroxymethyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 449 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 30 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M sodium acetate, 0.1 M MES buffer, 30% PEG-2000 MME, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月2日
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→45.3 Å / Num. all: 60173 / Num. obs: 60173 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 27 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.119 / Χ2: 2.693 / Net I/σ(I): 21.273
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.779 / Mean I/σ(I) obs: 2.39 / Num. unique all: 2997 / Χ2: 1.675 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.5.0054精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
SBC-Collectデータ収集
SHELXD位相決定
MLPHARE位相決定
直接法位相決定
SOLVE位相決定
RESOLVE位相決定
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.8→45.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.18 / SU B: 5.638 / SU ML: 0.079 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.13 / ESU R Free: 0.119 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.191 3022 5 %RANDOM
Rwork0.152 ---
all0.154 60036 --
obs0.154 60036 99.36 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 52.72 Å2 / Biso mean: 17.026 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.48 Å20 Å20.75 Å2
2---0.19 Å20 Å2
3---0.24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→45.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5934 0 4 449 6387
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0226351
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024282
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6621.9668655
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.04310571
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7085852
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.56625.292291
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.337151140
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.5251529
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.2968
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0217188
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021203
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8831.53977
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2671.51619
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.57726420
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.81532374
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.5084.52192
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.844 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.275 218 -
Rwork0.211 3975 -
all-4193 -
obs-4193 93.68 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0954-0.1739-0.73660.30360.06691.0541-0.0517-0.0883-0.02170.01440.01480.0361-0.01580.03740.03690.02640.0027-0.00570.02520.00530.02013.84810.07178.1634
20.995-0.23770.31020.67020.11552.01040.06980.2024-0.0084-0.1213-0.05740.06340.0386-0.1242-0.01230.05910.0084-0.00570.07110.01760.03580.004818.595450.0753
31.0278-0.25380.13182.57280.38571.04710.0220.1481-0.0788-0.2503-0.0450.15180.06070.03020.02310.03930.0092-0.01090.0247-0.00960.014514.3563-1.132151.6998
40.6367-0.2030.11081.40860.16620.8218-0.027-0.0783-0.02150.05940.0084-0.16550.09940.07820.01860.02520.01660.00450.02180.01150.027520.9168-3.08263.237
50.50530.0591-0.24380.6392-0.08890.93920.0279-0.03880.0177-0.04350.0084-0.0967-0.05660.1797-0.03630.0561-0.02850.00480.0504-0.02180.04861.910324.738779.7589
62.62870.77840.10850.79280.15491.0785-0.0460.33440.0145-0.09520.06050.0527-0.0226-0.0841-0.01450.04330.00470.01230.05360.00280.0314-14.07436.654668.4599
71.21750.24930.14940.65110.15530.6718-0.02260.15410.0567-0.06220.00390.0927-0.0393-0.09940.01880.0324-0.0056-0.00680.04490.00570.0399-25.35988.041569.9993
80.9455-0.1153-0.0110.9044-0.07220.3563-0.02950.00380.04540.02480.04440.0703-0.01040.0066-0.01490.0041-0.00070.00090.00340.00360.0089-22.963829.189685.432
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-2 - 72
2X-RAY DIFFRACTION2A73 - 282
3X-RAY DIFFRACTION3A283 - 362
4X-RAY DIFFRACTION4A363 - 417
5X-RAY DIFFRACTION5B-2 - 41
6X-RAY DIFFRACTION6B42 - 145
7X-RAY DIFFRACTION7B146 - 276
8X-RAY DIFFRACTION8B277 - 417

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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