[日本語] English
万見
- PDB-3gbm: Crystal Structure of Fab CR6261 in Complex with a H5N1 influenza ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gbm
タイトルCrystal Structure of Fab CR6261 in Complex with a H5N1 influenza virus hemagglutinin.
要素
  • (Hemagglutinin) x 2
  • (antibody (Fab)) x 2
キーワードviral protein / immune system / hemagglutinin / Fab / neutralizing antibodies / antibody / avian flu / Envelope protein / Fusion protein / viral protein - immune system COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B ...Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Ribbon / Immunoglobulins / Alpha-Beta Complex / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-mannopyranose / Hemagglutinin
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Ekiert, D.C. / Elsliger, M.A. / Wilson, I.A.
引用ジャーナル: Science / 年: 2009
タイトル: Antibody recognition of a highly conserved influenza virus epitope.
著者: Ekiert, D.C. / Bhabha, G. / Elsliger, M.A. / Friesen, R.H. / Jongeneelen, M. / Throsby, M. / Goudsmit, J. / Wilson, I.A.
履歴
登録2009年2月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年3月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_sheet
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_sheet.number_strands
改定 2.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
C: Hemagglutinin
D: Hemagglutinin
H: antibody (Fab)
L: antibody (Fab)
I: antibody (Fab)
M: antibody (Fab)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)213,73420
ポリマ－211,2038
非ポリマー2,53112
水2,954164
1
A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
H: antibody (Fab)
L: antibody (Fab)
ヘテロ分子

A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
H: antibody (Fab)
L: antibody (Fab)
ヘテロ分子

A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
H: antibody (Fab)
L: antibody (Fab)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)321,07133
ポリマ－316,80412
非ポリマー4,26721
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_544-z,x-1/2,-y-1/21
crystal symmetry operation11_545y+1/2,-z-1/2,-x1
Buried area48340 Å2
ΔGint-195 kcal/mol
Surface area116590 Å2
手法PISA
2
C: Hemagglutinin
D: Hemagglutinin
I: antibody (Fab)
M: antibody (Fab)
ヘテロ分子

C: Hemagglutinin
D: Hemagglutinin
I: antibody (Fab)
M: antibody (Fab)
ヘテロ分子

C: Hemagglutinin
D: Hemagglutinin
I: antibody (Fab)
M: antibody (Fab)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)320,13127
ポリマ－316,80412
非ポリマー3,32715
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area45780 Å2
ΔGint-211 kcal/mol
Surface area113790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)202.761, 202.761, 202.761
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number198
Space group name H-MP213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-283-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Hemagglutinin


分子量: 37948.020 Da / 分子数: 2 / 断片: Receptor Binding Domain, HA1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A/Viet Nam/1203/2004(H5N1)) (A型インフルエンザウイルス)
株: A/VIETNAM/1203/2004 / 遺伝子: HA, Hemagglutinin (HA) / プラスミド: pFASTBAC-HT / 発現宿主: TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): HI5 / 参照: UniProt: Q6DQ33
#2: タンパク質 Hemagglutinin


分子量: 20414.504 Da / 分子数: 2 / 断片: Membrane Fusion Domain, HA2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A/Viet Nam/1203/2004(H5N1)) (A型インフルエンザウイルス)
株: A/VIETNAM/1203/2004 / 遺伝子: HA, Hemagglutinin (HA) / プラスミド: pFASTBAC-HT / 発現宿主: TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): HI5 / 参照: UniProt: Q6DQ33

-
抗体 , 2種, 4分子 HILM

#3: 抗体 antibody (Fab)


分子量: 23981.137 Da / 分子数: 2 / 断片: Fab Heavy Chain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
#4: 抗体 antibody (Fab)


分子量: 23257.783 Da / 分子数: 2 / 断片: Fab Lambda Light Chain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)

-
糖 , 3種, 9分子

#5: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#7: 糖 ChemComp-BMA / beta-D-mannopyranose / beta-D-mannose / D-mannose / mannose / β-D-マンノピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DManpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-ManpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 167分子

#8: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#9: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 164 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.66 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 12% PEG 6000, 10mM sodium acetate pH 6.0 Cryoprotectant: 25% glycerol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 75 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0333 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月17日
放射モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0333 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→49 Å / Num. obs: 76118 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 21.4 % / Biso Wilson estimate: 81.4 Å2 / Rsym value: 0.13 / Net I/σ(I): 18.4
反射 シェル解像度: 2.7→2.76 Å / 冗長度: 12.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.03 / Rsym value: 0.79 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0044精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ADQ 2FK0

1adq

2fk0


解像度: 2.7→49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 23.817 / SU ML: 0.238 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.641 / ESU R Free: 0.334 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26067 3645 5.1 %RANDOM
Rwork0.20291 ---
obs0.20586 67938 94.05 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 41.605 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13853 0 162 164 14179
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.02214381
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.029362
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4321.95419607
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8863.00322863
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.96451817
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.29625.074607
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.182152165
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.8381544
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.22190
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02116135
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022764
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4731.59089
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0791.53700
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.899214613
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.44135292
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.4654.54992
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.495 253 -
Rwork0.437 4980 -
obs--94.2 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.43780.27881.6931.78671.25022.484-0.3267-0.1198-0.0532-0.31390.16010.4241-0.516-0.04250.16660.10970.0002-0.05090.02980.05090.110913.7281-62.6671-26.4128
21.93451.4871-1.30381.1789-1.06330.98460.16480.1170.38510.18920.07990.2845-0.22-0.0647-0.24460.1263-0.00390.02040.0090.02620.086843.309-25.0514-48.6777
31.88140.5397-0.73621.3405-0.32991.38690.0527-0.02910.3890.1365-0.0126-0.0815-0.41830.0564-0.04010.1803-0.0178-0.00960.0023-0.00230.154761.8696-12.9446-58.5883
42.62650.2314-0.51521.5288-0.25270.83450.0468-0.10630.2433-0.0565-0.1299-0.1862-0.24640.09790.08310.0946-0.0158-0.01410.02010.01920.079863.7825-20.3868-59.8189
52.56513.54890.62088.5021-0.76640.9681-0.1349-0.00740.2560.35570.17780.2999-0.2834-0.1567-0.04290.08520.04610.00960.05770.07880.175535.078-33.7389-41.6887
64.99593.2243-5.00998.778-5.35275.6946-0.1003-0.0281-0.2567-0.4532-0.2121-0.34360.22240.08920.31240.02460.01180.01540.00570.00660.017933.1221-45.8889-39.296
78.1938-0.3538-6.34510.90581.32646.38270.05160.13240.04430.2355-0.15240.1270.1881-0.45180.10090.07670.0030.03910.1614-0.00640.020411.4311-65.2155-16.7133
87.6284-0.673-4.06731.1481-0.5366.48680.1244-0.1953-0.42330.237-0.2782-0.3127-0.35760.47670.15380.0608-0.0731-0.07840.08830.09160.171531.5105-56.7525-21.8828
96.46552.0737-5.12461.9834-2.02369.07190.14170.07490.1020.3151-0.09040.0918-0.6088-0.2069-0.05130.094-0.00630.01030.0174-0.00570.004748.844-42.6794-54.8434
105.4022.7165-4.26571.4154-2.14034.25420.03630.1952-0.01990.00580.07320.0029-0.0973-0.1287-0.10950.00880.00560.00570.0192-0.01080.021134.4887-57.1938-39.6369
112.92930.1276-2.54723.7897-4.21786.709-0.4897-0.363-0.33120.35660.31550.06380.058-0.05190.17420.170.08580.03070.07550.0530.059714.4912-74.4008-8.7515
128.42368.7686-3.57039.1582-3.32317.19290.3302-0.5081-0.33230.3678-0.5618-0.31290.4456-0.6390.23160.2459-0.00160.04860.22740.08020.26094.8166-87.3724-1.8075
134.54492.29271.12552.52590.28782.102-0.14910.12170.3583-0.17840.0470.1621-0.1063-0.12130.10210.06510.03570.00190.03660.01710.0319-24.1062-7.7956-32.7972
140.34360.4960.43430.95430.78060.6916-0.18690.21870.0444-0.32780.13240.1707-0.24380.12170.05450.256-0.0223-0.04930.34630.03360.1648-45.4105-36.7617-70.3999
150.27740.0697-0.23270.40390.05090.63530.00930.2519-0.0613-0.13690.04810.20360.04-0.0629-0.05740.3804-0.0114-0.06220.4159-0.0470.2885-56.281-57.0507-81.8099
161.73110.02720.34242.68090.8520.8956-0.00020.2718-0.1832-0.2744-0.03510.24270.0430.01660.03530.25890.0127-0.02460.36280.01170.0716-52.8657-53.1802-75.3348
174.6759-1.86934.14894.76911.25316.631-0.35650.16740.1372-0.38320.0370.0958-0.6072-0.00940.31940.1486-0.0595-0.0330.2350.08640.0858-39.4825-27.8523-67.9921
181.29071.74012.69052.83933.47655.67360.01930.0555-0.1465-0.19390.2967-0.22720.05160.0134-0.31610.1321-0.02970.05790.16650.03970.0654-35.1799-27.5753-52.6149
193.00853.44360.24124.05910.2660.2491-0.26430.16660.2555-0.17420.20570.2294-0.12580.16580.05860.2112-0.0353-0.07530.13310.05060.0914-13.6466-4.6745-30.7824
203.18153.35920.40867.29190.14672.12020.19590.2087-0.35910.16330.2003-0.18980.19750.0564-0.39610.0290.0165-0.05050.0147-0.02850.106-18.2149-25.1392-40.1046
212.09461.24642.63521.40991.26593.6442-0.22930.40320.2273-0.18880.16530.2396-0.22040.41110.0640.1201-0.0287-0.03630.18920.13340.2028-50.1732-43.3758-53.2575
223.98364.37151.21387.99782.73880.9883-0.07520.15030.27710.0907-0.02450.33980.0527-0.03810.09970.0152-0.00860.00060.02150.01240.0232-35.4902-29.7066-39.0059
232.17631.8222.26982.27211.14733.85230.1654-0.25230.02790.3906-0.3376-0.2461-0.09740.23280.17220.1176-0.0607-0.07230.2402-0.01650.1321-8.3362-6.0824-22.0888
245.94640.5892.5455.41561.64221.94680.0374-0.1860.0540.4710.3129-0.6672-0.03070.3245-0.35030.171-0.1035-0.01890.2798-0.09450.27021.8567-1.4277-16.3989
253.0857-1.4507-2.46523.66282.43072.5204-0.0051-0.26190.2125-0.13110.10920.0351-0.08980.2009-0.10410.12530.0236-0.07040.0269-0.03110.055929.6096-33.779-15.2816
264.38440.4857-0.03073.9921.43810.7749-0.0764-0.30450.4250.6134-0.28570.75950.1915-0.13010.36210.1053-0.02910.08980.0438-0.09150.21120.0134-39.0022-9.2741
270.9641.2372-0.21271.73190.22041.74710.0106-0.18440.1452-0.0135-0.2110.2484-0.12490.1180.20040.06260.0303-0.06240.066-0.05090.095924.3157-35.9009-12.2933
280.20210.290.24783.43591.57820.86150.05880.00710.18050.1531-0.0968-0.16380.03830.07770.03810.1858-0.0562-0.00240.234-0.0310.252535.8259-15.6915-2.106
293.32831.99651.05892.6141.78022.2730.09070.27330.49880.21580.0915-0.08670.15040.5808-0.18230.17520.0498-0.12270.3539-0.01870.343541.4776-4.39764.2086
302.76741.2096-2.47870.5357-1.09712.2508-0.2510.1632-0.1401-0.1020.0467-0.07640.1732-0.06290.20430.4828-0.0318-0.20770.4216-0.02120.291542.1537-3.8948-6.4871
313.8382-1.49041.66033.5167-0.81821.7860.01840.0567-0.09210.15240.11330.19360.1384-0.1865-0.13160.38560.01050.03320.48420.10830.167421.9249-44.205313.8571
320.8263-1.6885-0.86369.2072-0.39471.7234-0.1087-0.1078-0.09850.60110.05630.33510.03170.16610.05250.33440.0903-0.06750.1663-0.03120.043829.2507-45.2124.2581
330.74670.98750.46185.2751-0.91522.32510.1365-0.3883-0.15690.38920.009-0.31790.1129-0.1475-0.14550.32090.0214-0.06820.3767-0.0130.126129.7097-47.42039.6209
340.2780.476-0.65252.3912-0.41514.45830.1456-0.0587-0.05060.2755-0.28250.1149-0.0219-0.26270.13690.1684-0.0594-0.10250.1005-0.08770.311129.0365-2.007712.8766
352.2457-4.45811.83339.1698-2.28367.26110.00810.09230.1337-0.0551-0.2084-0.2526-0.1974-0.0470.20030.05030.0099-0.0570.0171-0.01260.086433.59146.636916.8595
361.19320.7391-0.39160.6580.57083.5047-0.24930.1002-0.1123-0.14110.0118-0.01180.1174-0.18170.23750.0646-0.01290.03780.0462-0.02790.0465-10.2735-20.1718-60.6615
372.69180.1916-1.36741.85450.10723.7485-0.12880.1722-0.09860.00950.0352-0.1065-0.33080.15080.09370.0671-0.03440.00180.0321-0.00040.0133-6.8769-13.3163-57.8665
381.5334-1.2134-1.45941.0421.30634.0240.38680.403-0.2824-0.4014-0.31620.0896-0.0741-0.1062-0.07060.40710.02570.01880.2665-0.05220.28871.2476-25.4158-87.5646
392.34271.9363-0.25324.85555.30349.3795-0.1818-0.1112-0.6976-0.25290.0368-0.5415-0.07970.1980.1450.3916-0.03430.00890.12050.0370.36215.9695-39.8037-86.6171
402.9343-2.6938-2.71727.06594.6153.6106-0.0433-0.2397-0.4321-0.6805-0.0023-0.1116-0.10440.23080.04550.50320.1144-0.09030.3274-0.02470.26416.7038-32.6677-90.8571
410.19420.4197-0.02711.5727-0.58620.42640.2754-0.0541-0.08980.33320.09540.40570.0365-0.1497-0.37080.53920.0323-0.12530.6342-0.06440.6881-6.1006-31.6876-90.0676
421.86081.4610.1211.3803-0.24482.80860.0688-0.03670.3634-0.0177-0.1280.1206-0.437-0.13380.05920.2795-0.00340.0380.24180.07470.305617.3185-11.2922-52.2016
433.32540.5861.02331.28672.22699.1195-0.0906-0.195-0.26370.07750.0716-0.0594-0.02460.31250.0190.0230.00610.01180.06720.03860.04678.3329-19.1718-51.1996
443.7158-0.44390.94511.4036-0.65293.0031-0.1402-0.24040.12460.12410.0341-0.3522-0.10790.08910.10610.1599-0.0227-0.00010.14010.04130.145212.1438-16.7821-50.2611
450.7-0.4212-0.96680.35010.6371.36850.1215-0.18140.0477-0.140.0727-0.2363-0.18110.2425-0.19420.57170.07510.03170.48620.01140.478114.9004-25.6754-90.9099
463.86940.38951.28690.6479-0.45692.0879-0.08220.0149-0.0251-0.09110.0605-0.3618-0.10240.58260.02170.6095-0.0140.08460.5054-0.09380.43415.6927-21.2954-85.8419
470.28630.1292-0.06350.7646-0.4440.2730.1994-0.407-0.14830.1733-0.2407-0.1631-0.18190.09380.04130.75850.01730.00770.8640.02520.633919.1467-19.5877-98.7219
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A8 - 37
2X-RAY DIFFRACTION2A38 - 107
3X-RAY DIFFRACTION3A108 - 194
4X-RAY DIFFRACTION4A195 - 268
5X-RAY DIFFRACTION5A269 - 301
6X-RAY DIFFRACTION6A302 - 317
7X-RAY DIFFRACTION7B1 - 36
8X-RAY DIFFRACTION8B37 - 60
9X-RAY DIFFRACTION9B61 - 84
10X-RAY DIFFRACTION10B85 - 109
11X-RAY DIFFRACTION11B110 - 162
12X-RAY DIFFRACTION12B163 - 177
13X-RAY DIFFRACTION13C9 - 37
14X-RAY DIFFRACTION14C38 - 109
15X-RAY DIFFRACTION15C110 - 218
16X-RAY DIFFRACTION16C219 - 270
17X-RAY DIFFRACTION17C271 - 286
18X-RAY DIFFRACTION18C287 - 317
19X-RAY DIFFRACTION19D1 - 38
20X-RAY DIFFRACTION20D39 - 60
21X-RAY DIFFRACTION21D61 - 84
22X-RAY DIFFRACTION22D85 - 107
23X-RAY DIFFRACTION23D108 - 151
24X-RAY DIFFRACTION24D152 - 173
25X-RAY DIFFRACTION25H1 - 30
26X-RAY DIFFRACTION26H31 - 69
27X-RAY DIFFRACTION27H70 - 98
28X-RAY DIFFRACTION28H99 - 171
29X-RAY DIFFRACTION29H173 - 209
30X-RAY DIFFRACTION30H211 - 227
31X-RAY DIFFRACTION31L3 - 31
32X-RAY DIFFRACTION32L32 - 52
33X-RAY DIFFRACTION33L53 - 93
34X-RAY DIFFRACTION34L150 - 199
35X-RAY DIFFRACTION35L204 - 213
36X-RAY DIFFRACTION36I1 - 38
37X-RAY DIFFRACTION37I39 - 104
38X-RAY DIFFRACTION38I105 - 152
39X-RAY DIFFRACTION39I154 - 173
40X-RAY DIFFRACTION40I175 - 211
41X-RAY DIFFRACTION41I213 - 223
42X-RAY DIFFRACTION42M3 - 31
43X-RAY DIFFRACTION43M32 - 52
44X-RAY DIFFRACTION44M53 - 103
45X-RAY DIFFRACTION45M106 - 144
46X-RAY DIFFRACTION46M145 - 181
47X-RAY DIFFRACTION47M182 - 210

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る