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- PDB-3gbi: The Rational Design and Structural Analysis of a Self-Assembled T... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gbi
タイトルThe Rational Design and Structural Analysis of a Self-Assembled Three-Dimensional DNA Crystal
要素
  • DNA (5'-D(*GP*AP*GP*CP*AP*GP*CP*CP*TP*GP*TP*AP*CP*GP*GP*AP*CP*AP*TP*CP*A)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*CP*TP*GP*AP*TP*GP*T)-3')
  • DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*TP*AP*CP*A)-3')
  • DNA (5'-D(P*GP*GP*CP*TP*GP*C)-3')
キーワードDNA / nanotechnology / DNA crystals / DNA crossover / designed crystal lattice
機能・相同性DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 4.018 Å
データ登録者Birktoft, J.J. / Zheng, J. / Seeman, N.C.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2009
タイトル: From molecular to macroscopic via the rational design of a self-assembled 3D DNA crystal.
著者: Zheng, J. / Birktoft, J.J. / Chen, Y. / Wang, T. / Sha, R. / Constantinou, P.E. / Ginell, S.L. / Mao, C. / Seeman, N.C.
履歴
登録2009年2月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年9月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*GP*AP*GP*CP*AP*GP*CP*CP*TP*GP*TP*AP*CP*GP*GP*AP*CP*AP*TP*CP*A)-3')
B: DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*TP*AP*CP*A)-3')
C: DNA (5'-D(P*GP*GP*CP*TP*GP*C)-3')
D: DNA (5'-D(*TP*CP*TP*GP*AP*TP*GP*T)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,7974
ポリマ－12,7974
非ポリマー00
水00
1
A: DNA (5'-D(*GP*AP*GP*CP*AP*GP*CP*CP*TP*GP*TP*AP*CP*GP*GP*AP*CP*AP*TP*CP*A)-3')
B: DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*TP*AP*CP*A)-3')
C: DNA (5'-D(P*GP*GP*CP*TP*GP*C)-3')
D: DNA (5'-D(*TP*CP*TP*GP*AP*TP*GP*T)-3')

A: DNA (5'-D(*GP*AP*GP*CP*AP*GP*CP*CP*TP*GP*TP*AP*CP*GP*GP*AP*CP*AP*TP*CP*A)-3')
B: DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*TP*AP*CP*A)-3')
C: DNA (5'-D(P*GP*GP*CP*TP*GP*C)-3')
D: DNA (5'-D(*TP*CP*TP*GP*AP*TP*GP*T)-3')

A: DNA (5'-D(*GP*AP*GP*CP*AP*GP*CP*CP*TP*GP*TP*AP*CP*GP*GP*AP*CP*AP*TP*CP*A)-3')
B: DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*TP*AP*CP*A)-3')
C: DNA (5'-D(P*GP*GP*CP*TP*GP*C)-3')
D: DNA (5'-D(*TP*CP*TP*GP*AP*TP*GP*T)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,39212
ポリマ－38,39212
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)107.161, 107.161, 93.144
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
詳細Authors state that the crystal is an infinite network made from three DNA strands that self-associate. In the current entry the asymmetric unit is comprised of 4 chains, 3 of which are fragments of longer DNA strands. Applying the space group H3 symmetry operators (X, Y, Z,), (-Y, X-Y, Z), and (-X+Y,-X,Z) to the contents of the asymmetric unit generates one trimeric unit of the self-associated DNA network. Additional details about the chemical composition and association are included in remark 400.

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*AP*GP*CP*AP*GP*CP*CP*TP*GP*TP*AP*CP*GP*GP*AP*CP*AP*TP*CP*A)-3')


分子量: 6457.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: DNA strands were synthesized by standard phosphoramidite techniques on an Applied Biosystems 394 DNA synthesizer using trityl-on mode.
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*TP*AP*CP*A)-3')


分子量: 2082.400 Da / 分子数: 1
Fragment: symmetrically- and sequentially repeating unit of a circular DNA molecules, see remark 400 for details.
由来タイプ: 合成
詳細: DNA strands were synthesized by standard phosphoramidite techniques on an Applied Biosystems 394 DNA synthesizer using trityl-on
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*GP*GP*CP*TP*GP*C)-3')


分子量: 1825.216 Da / 分子数: 1
Fragment: last 6 residues of a DNA molecule used in experiment, see remark 400 for details.
由来タイプ: 合成
詳細: DNA strands were synthesized by standard phosphoramidite techniques on an Applied Biosystems 394 DNA synthesizer using trityl-on
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*CP*TP*GP*AP*TP*GP*T)-3')


分子量: 2432.614 Da / 分子数: 1
Fragment: first 8 residues of a DNA molecule used in experiment, see remark 400 for details.
由来タイプ: 合成
詳細: DNA strands were synthesized by standard phosphoramidite techniques on an Applied Biosystems 394 DNA synthesizer using trityl-on
構成要素の詳細THE STRUCTURE UNIT IS GENERATED FROM 7 DNA STRANDS WHICH FORM A NETWORK UNIT WITH INTERNAL 3-FOLD ...THE STRUCTURE UNIT IS GENERATED FROM 7 DNA STRANDS WHICH FORM A NETWORK UNIT WITH INTERNAL 3-FOLD SYMMETRY. EXTENDING OF THE STRUCTURE UNIT IN 3-D SPACE RESULTS THE CRYSTAL AT R3 SPACE GROUP (REPRESENTED AS H3). THE DNA SEQUENCES OF THE 7 STRANDS ARE: (#1) 3 STRANDS 5'-D(*GP*AP*GP*CP*AP*GP*CP*CP*TP*GP*TP*AP*CP*GP*GP*AP*CP*AP*TP *CP*A)-3' (#2) 1 STRAND 5'-D(*TP*AP*CP*AP*CP*CP*GP*TP*AP*CP*AP*CP*CP*GP*TP*AP*CP*AP*CP* CP*G)-3' (#3) 3 STRANDS 5'-D(*TP*CP*TP*GP*AP*TP*GP*TP*GP*GP*CP*TP*GP*C)-3' THE ASYMMETRIC UNIT IS COMPRISED OF ONE FULL #1 STRAND (CHAIN A), 7-RESIDUE REPEATING UNIT OF #2 STRAND (CHAIN B) AND TWO FRAGMENTS OF #3 STRAND (CHAINS C AND D). THE #2 STRAND SELF-ASSOICATES TO FORM A CIRCULAR DNA MOLECULE WITH INTERNAL 3-FOLD SYMMETRY. IT HAS 3 SYMMETRIC AND SEQUENTIAL REPEATING UNITS. CHAIN B IN THE ASYMMETRIC UNIT REPRESENTS ONE OF THESE REPEATING UNITS. CHAINS D (FIRST 8 RESIDUES OF STRAND #3) AND C (NEXT 6 RESIDUES OF STRAND #3) TOGETHER FORM THE THIRD DNA STRAND (#3) OF THE EXPERIMENT. THIS DNA STRAND SPANS TWO ASYMMETRIC UNITS - HENCE IT WAS DIVIDED INTO THE CURRENT CHAINS C AND D FOR CONVENIENT REPRESENTATION. CHAIN C (1_555) IS COVALENTLY LINKED TO CHAIN D OF ANOTHER ASYMMETRIC UNIT (3_555); AND CHAIN D (1_555) IS COVALENTLY LINKED TO CHAIN C OF ANOTHER ASYMMETRIC UNIT (2_555). THE SELECTION OF RESIDUES FROM THE DNA #2 AND #3 ARE DICTATED BY THEIR PROXIMITY (BASE PAIRING) TO CHAIN A.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Grown by vapor diffusion while treated with a controlled temperature gradient from 333 degs to 293 degs., pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月17日
放射モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.01→17.3 Å / Num. all: 3341 / Num. obs: 3211 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 199.88 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 10.9
反射 シェル解像度: 4→4.07 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
HKL-3000データ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL2Map位相決定
精密化解像度: 4.018→17.288 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.83 / σ(F): 0.14 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: In reality all 3211 measured reflections were used in the refinement (using PHENIX). Of these only 2022 had FOBS/SIGMA_FOBS >/= 0.140.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.309 203 10.04 %Random
Rwork0.24 ---
all0.246 3211 --
obs0.246 2022 61.14 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 20.001 Å2 / ksol: 0.09 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 80 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-63.252 Å20 Å20 Å2
2--63.252 Å20 Å2
3---227.851 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.018→17.288 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 855 0 0 855
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0161052
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3641465
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d31.823406
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058166
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00242
LS精密化 シェル最高解像度: 4.018 Å / Total num. of bins used: 1
Rfactor反射数%反射
Rfree0.309 203 -
Rwork0.24 1819 -
all-2022 -
obs--61 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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