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- PDB-3gb3: X-ray structure of genetically encoded photosensitizer KillerRed ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gb3
タイトルX-ray structure of genetically encoded photosensitizer KillerRed in native form
要素KillerRed
キーワードFLUORESCENT PROTEIN / genetically encoded photosensitizer / KillerRed / phototoxicity
機能・相同性
機能・相同性情報


bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy
類似検索 - 分子機能
Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Anthomedusae sp. DC-2005 (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Pletnev, S. / Pletneva, N.V. / Pletnev, V.Z.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Structural basis for phototoxicity of the genetically encoded photosensitizer KillerRed.
著者: Pletnev, S. / Gurskaya, N.G. / Pletneva, N.V. / Lukyanov, K.A. / Chudakov, D.M. / Martynov, V.I. / Popov, V.O. / Kovalchuk, M.V. / Wlodawer, A. / Dauter, Z. / Pletnev, V.
履歴
登録2009年2月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年9月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 2.02023年11月15日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_polymer_linkage / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / struct_site
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_validate_polymer_linkage.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_polymer_linkage.auth_atom_id_2 / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: KillerRed
B: KillerRed
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,2126
ポリマ－52,8272
非ポリマー3844
水4,143230
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4090 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area18580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.016, 73.682, 78.659
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 KillerRed


分子量: 26413.715 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Anthomedusae sp. DC-2005 (無脊椎動物)
プラスミド: pQE30-KillerRed / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: Q2TCH5
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 230 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.73 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 2M (NH4)2SO4, 100mM Cacodylate pH=6.5, 200mM NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→40 Å / Num. obs: 43776 / % possible obs: 93.4 % / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.042 / Χ2: 0.969 / Net I/σ(I): 35.497
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.7-1.765.10.75431350.87167.8
1.76-1.835.50.54636240.88978.6
1.83-1.915.60.38541510.93189.7
1.91-2.025.80.24244930.96996.9
2.02-2.146.10.18146351.0499.9
2.14-2.316.20.12746631.08100
2.31-2.546.20.08746841.095100
2.54-2.916.20.06146890.981100
2.91-3.666.10.03447400.912100
3.66-405.90.0249620.84699.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
SERGUIデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化解像度: 1.75→20.48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / WRfactor Rfree: 0.252 / WRfactor Rwork: 0.181 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.816 / SU B: 3.129 / SU ML: 0.102 / SU R Cruickshank DPI: 0.141 / SU Rfree: 0.143 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.142 / ESU R Free: 0.143 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.244 1648 4.1 %RANDOM
Rwork0.186 ---
obs0.189 39771 92.85 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 112.96 Å2 / Biso mean: 35.646 Å2 / Biso min: 19.18 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→20.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3666 0 20 230 3916
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0223797
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8061.9655135
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6665476
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.35923.778180
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.84915593
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.8511522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1150.2548
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.022938
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2240.21783
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3130.22553
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.180.2280
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2330.261
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2570.214
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1541.52375
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.73523785
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.58731549
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.7594.51335
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.795 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.296 101 -
Rwork0.283 2250 -
all-2351 -
obs--76.33 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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