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万見
- PDB-3gl4: X-ray structure of photobleached killerred -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gl4
タイトルX-ray structure of photobleached killerred
要素KillerRed
キーワードFLUORESCENT PROTEIN / GENETICALLY ENCODED PHOTOSENSITIZER / KILLERRED / PHOTOTOXICITY
機能・相同性
機能・相同性情報


bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy
類似検索 - 分子機能
Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Anthomedusae sp. DC-2005 (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Pletnev, S. / Pletneva, N.V. / Pletnev, V.Z.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Structural basis for phototoxicity of the genetically encoded photosensitizer KillerRed.
著者: Pletnev, S. / Gurskaya, N.G. / Pletneva, N.V. / Lukyanov, K.A. / Chudakov, D.M. / Martynov, V.I. / Popov, V.O. / Kovalchuk, M.V. / Wlodawer, A. / Dauter, Z. / Pletnev, V.
履歴
登録2009年3月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年9月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.12024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: KillerRed
B: KillerRed


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,8272
ポリマ－52,8272
非ポリマー00
水2,306128
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3220 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area18850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.218, 73.781, 76.178
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 KillerRed


分子量: 26413.715 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Anthomedusae sp. DC-2005 (無脊椎動物)
プラスミド: pQE30-KillerRed / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: Q2TCH5
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.97 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 2M (NH4)2SO4, 100MM CACODYLATE PH=6.5, 200MM NACL, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→30 Å / Num. obs: 22145 / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 29.5
反射 シェル解像度: 2.15→2.23 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.561 / Mean I/σ(I) obs: 2.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
SERGUIデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化解像度: 2.15→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / WRfactor Rfree: 0.332 / WRfactor Rwork: 0.238 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.701 / SU B: 10.511 / SU ML: 0.269 / SU R Cruickshank DPI: 0.384 / SU Rfree: 0.284 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.384 / ESU R Free: 0.284 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.31 698 3.2 %RANDOM
Rwork0.229 ---
obs0.232 22145 97.32 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 110.4 Å2 / Biso mean: 61.054 Å2 / Biso min: 27.55 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.56 Å20 Å20 Å2
2---0.03 Å20 Å2
3---0.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3624 0 0 128 3752
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0213732
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7691.9515062
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1545454
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.60323.708178
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.47815582
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.1381522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1060.2532
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0212938
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0061.52286
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.79123714
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.12731444
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2924.51344
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.206 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.385 61 -
Rwork0.327 1561 -
all-1622 -
obs--97.83 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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