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- PDB-3gau: Solution structure of Human Complement Factor H in 50 mM NaCl buffer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gau
タイトルSolution structure of Human Complement Factor H in 50 mM NaCl buffer
要素Complement factor H
キーワードIMMUNE SYSTEM / X-ray solution scattering / complement Factor H / SCR domain / Age-related macular degeneration / Complement alternate pathway / Disease mutation / Glycoprotein / Immune response / Innate immunity / Secreted / Sushi
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of complement activation, alternative pathway / symbiont cell surface / regulation of complement-dependent cytotoxicity / complement component C3b binding / regulation of complement activation / heparan sulfate proteoglycan binding / serine-type endopeptidase complex / complement activation / complement activation, alternative pathway / Regulation of Complement cascade ...regulation of complement activation, alternative pathway / symbiont cell surface / regulation of complement-dependent cytotoxicity / complement component C3b binding / regulation of complement activation / heparan sulfate proteoglycan binding / serine-type endopeptidase complex / complement activation / complement activation, alternative pathway / Regulation of Complement cascade / heparin binding / blood microparticle / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
: / Sushi repeat (SCR repeat) / Domain abundant in complement control proteins; SUSHI repeat; short complement-like repeat (SCR) / Sushi/SCR/CCP domain / Sushi/CCP/SCR domain profile. / Sushi/SCR/CCP superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Complement factor H
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液散乱 / シンクロトロン / CONSTRAINED SCATTERING MODELLING
データ登録者Okemefuna, A.I. / Nan, R. / Gor, J. / Perkins, S.J.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Electrostatic interactions contribute to the folded-back conformation of wild type human factor H.
著者: Okemefuna, A.I. / Nan, R. / Gor, J. / Perkins, S.J.
履歴
登録2009年2月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年6月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月27日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Complement factor H


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,1881
ポリマ－137,1881
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
モデル数8

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要素

#1: タンパク質 Complement factor H / H factor 1 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 137188.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Purified from pooled plasma / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P08603

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液散乱

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
12931
22931
32931
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID2 / 波長: 1 Å
検出器
タイプID検出器日付詳細
Image intensified FReLon CCD1CCD2007年7月1日MIRRORS
Image intensified FReLon CCD2CCD2008年9月3日MIRRORS
Image intensified FReLon CCD3CCD2008年12月3日MIRRORS
放射モノクロメーター: MIRROR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Soln scatterタイプ: x-ray
Buffer name: 50 MM NACL 2.7 MM KC 8.1 MM NAH2PO4 1.5 MM KH2PO4
Conc. range: 0.4 mg/ml / Data analysis software list: SCTPL7, GNOM / Data reduction software list: MULTICCD / 検出器タイプ: FRELON CCD CAMERA / Max mean cross sectional radii gyration: 1.43 nm / Max mean cross sectional radii gyration esd: 0.05 nm / Mean guiner radius: 8.57 nm / Mean guiner radius esd: 0.22 nm / Min mean cross sectional radii gyration: 2.54 nm / Min mean cross sectional radii gyration esd: 0.07 nm / Num. of time frames: 10 / Protein length: 1 / Sample pH: 7.4 / Source beamline: IDO2 / Source class: Y / Source type: ESRF GRENOBLE / 温度: 293 K

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCTPL7モデル構築
GNOMモデル構築
Insight IIII 98モデル構築
SCTPL7位相決定
GNOM位相決定
精密化構造決定の手法: CONSTRAINED SCATTERING MODELLING / 詳細: THE COORDINATES CONTAIN ONLY CA ATOMS.
精密化ステップサイクル: LAST
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1213 0 0 0 1213
Soln scatter modelコンフォーマー選択の基準: STRUCTURES WITH THE LOWEST GOODNESS-OF-FIT R-FACTOR AFTER FILTERING ON RG AND RXS-1
Num. of conformers calculated: 5000 / Num. of conformers submitted: 8 / 代表コンフォーマー: 1 / Software list: INSIGHT II, SCTPL7, GNOM

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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