PDB-3ga7: 1.55 Angstrom Crystal Structure of an Acetyl Esterase from Salmon...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ga7

タイトル

1.55 Angstrom Crystal Structure of an Acetyl Esterase from Salmonella typhimurium

要素

Acetyl esterase

キーワード

HYDROLASE / Acetyl Esterase / Phosphoserine / idp00896 / Serine esterase / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID

機能・相同性

機能・相同性情報

short-chain carboxylesterase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素 / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Minasov, G. / Wawrzak, Z. / Brunzelle, J. / Onopriyenko, O. / Skarina, T. / Peterson, S.N. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: 1.55 Angstrom Crystal Structure of an Acetyl Esterase from Salmonella typhimurium.
著者: Minasov, G. / Wawrzak, Z. / Brunzelle, J. / Onopriyenko, O. / Skarina, T. / Peterson, S.N. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2009年2月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年2月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ga7.cif.gz	92.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ga7.ent.gz	75.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ga7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3ga7_validation.pdf.gz	429.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3ga7_full_validation.pdf.gz	435.2 KB	表示
XML形式データ	3ga7_validation.xml.gz	19.9 KB	表示
CIF形式データ	3ga7_validation.cif.gz	31.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ga/3ga7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ga/3ga7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4gdj-4 5cw2-2 3amd-4 1jji-4 6myw-4 1c5l-d 1jji-3 1jji-2 4a3u-1 1f4e-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: IDP00896

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Acetyl esterase

ヘテロ分子

37.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.747, 133.207, 64.139
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Acetyl esterase 分子量: 37704.746 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌) 株: LT2 / 遺伝子: aes, STM0490 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-DE3 参照: UniProt: Q8ZRA1, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 472 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.52 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 1:1 v/v protein solution (10mg/mL protein, 0.3M NaCl, 10mM Na Hepes pH 7.5) with the screen solution (0.2M Sodium Sulphate, PEG3350 20%), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.97926 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月8日 / 詳細: beryllium lenses
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.55→30 Å / Num. all: 51647 / Num. obs: 51647 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 14.8 % / B_iso Wilson estimate: 17.8 Å² / R_merge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 58
反射シェル	解像度: 1.55→1.58 Å / 冗長度: 14.9 % / R_merge(I) obs: 0.59 / Mean I/σ(I) obs: 5 / Num. unique all: 2506 / % possible all: 98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice	Max	データ収集
SHARP		位相決定
REFMAC	5.5.0051	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.55→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.975 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.954 / SU B: 2.276 / SU ML: 0.038 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL
Isotropic thermal model: Atomic Temperature Factors Refined Individually
交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.068 / ESU R Free: 0.074 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.17739	2628	5.1 %	RANDOM
R_work	0.13814	-	-	-
all	0.1401	48985	-	-
obs	0.1401	48985	99.56 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 11.614 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.43 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.3 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.13 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2479	0	2	472	2953

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.021	2985
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2043
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.32	1.949	4101
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.801	3	4938
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.971	5	388
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.711	22.785	158
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.146	15.03	505
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.763	15	34
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	424
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	3557
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	696
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.24	1.5	1796
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.365	1.5	709
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.146	2	2942
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.895	3	1189
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.436	4.5	1159

LS精密化シェル

解像度: 1.549→1.589 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.205	201	-
R_work	0.162	3532	-
obs	-	3532	98.86 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4954	-0.2433	0.49	3.3447	0.4442	0.8023	0.0242	0.1469	0.054	-0.407	-0.0365	0.1006	0.0067	-0.0121	0.0123	0.2005	-0.021	-0.0384	0.2221	0.0468	0.1549	11.4412	19.0076	-7.3348
2	3.384	-2.2954	0.9239	5.1439	-0.2617	3.3885	0.1928	0.5549	0.3136	-0.2192	-0.2381	-0.2595	-0.0206	0.2148	0.0452	0.0491	0.0073	0.0181	0.1268	0.0829	0.089	29.2196	29.349	4.3315
3	1.088	0.2464	0.0338	0.8138	0.0623	1.0105	0.018	-0.1099	0.1431	0.103	-0.0231	-0.0042	-0.0287	-0.0261	0.0052	0.0151	-0.003	-0.0011	0.0209	-0.0207	0.0245	23.1955	21.0648	21.7646
4	0.5808	0.0821	0.2097	1.0036	0.9935	1.7264	0.0079	0.0077	-0.0084	-0.0288	0.0284	-0.0344	0.1221	0.059	-0.0363	0.0323	0.0048	0.0035	0.01	-0.0038	0.0184	19.7788	8.7165	9.6667
5	1.4129	0.2467	0.5119	1.61	-0.1825	1.0453	-0.053	0.1541	-0.0048	-0.2098	0.0797	-0.1838	0.0304	0.1317	-0.0267	0.0689	-0.0076	0.0274	0.0569	-0.0296	0.0565	30.7109	7.7331	6.2007
6	1.1153	-0.266	0.1122	0.9049	-0.0876	1.1913	-0.0012	-0.0366	-0.0109	-0.0305	-0.0072	0.116	0.1083	-0.1638	0.0084	0.0118	-0.0167	-0.0005	0.0312	-0.0082	0.0275	10.9221	11.058	11.9094

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	5 - 23
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	36 - 49
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	50 - 183
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	184 - 212
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	213 - 246
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	247 - 320

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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