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基本情報
登録情報
データベース: PDB / ID: 3g9q
タイトル
Crystal structure of the FhuD fold-family BSU3320, a periplasmic binding protein component of a Fep/Fec-like ferrichrome ABC transporter from Bacillus subtilis. Northeast Structural Genomics Consortium Target SR577A
要素
Ferrichrome-binding protein
キーワード
TRANSPORT PROTEIN / alpha-beta protein / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG / Cell membrane / Ion transport / Iron / Iron transport / Lipoprotein / Membrane / Palmitate / Transport
機能・相同性
機能・相同性情報
iron ion transport / outer membrane-bounded periplasmic space / membrane raft / plasma membrane 類似検索 - 分子機能
ABC transporter periplasmic binding domain / Periplasmic binding protein / Iron siderophore/cobalamin periplasmic-binding domain profile. / Nitrogenase molybdenum iron protein domain / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta 類似検索 - ドメイン・相同性
Iron(3+)-hydroxamate-binding protein FhuD 類似検索 - 構成要素
温度: 291 K / pH: 7.5 詳細: Protein solution: 10 mM Tris-HCl pH 7.5, 100 mM Sodium chloride, 5 mM DTT. Reservoir solution: 20% PEG 3350, 200 mM NaNO3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K
タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月4日 / 詳細: MIRRORS
放射
モノクロメーター: SI(111) CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 0.97862 Å / 相対比: 1
反射
解像度: 2.6→30 Å / Num. obs: 16199 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 34.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rsym value: 0.069 / Net I/σ(I): 25.87
反射 シェル
解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.214 / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / Rsym value: 0.198 / % possible all: 88.9
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解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
ADSC
Quantum
データ収集
SnB
位相決定
SOLVE
位相決定
RESOLVE
モデル構築
CNS
1.2
精密化
HKL-2000
データ削減
SCALEPACK
データスケーリング
RESOLVE
位相決定
精密化
構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.6→19.12 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 1160204.83 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER / 詳細: PROGRAM XTALVIEW HAS ALSO BEEN USED IN REFINEMENT