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- PDB-3g7d: Native PhpD with Cadmium Atoms -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3g7d
タイトルNative PhpD with Cadmium Atoms
要素PhpD
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / Non heme Fe(II) dioxygenase / cupin
機能・相同性
機能・相同性情報


2-hydroxyethylphosphonate dioxygenase / organic phosphonate biosynthetic process / phosphinothricin biosynthetic process / oxidoreductase activity, acting on single donors with incorporation of molecular oxygen, incorporation of two atoms of oxygen / antibiotic biosynthetic process / ferrous iron binding / protein homodimerization activity / DNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Helix-turn-helix XRE-family like proteins / lambda repressor-like DNA-binding domains / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Jelly Rolls / Sandwich ...Helix-turn-helix XRE-family like proteins / lambda repressor-like DNA-binding domains / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Jelly Rolls / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / 2-hydroxyethylphosphonate dioxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces viridochromogenes (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Nair, S.K.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2009
タイトル: An unusual carbon-carbon bond cleavage reaction during phosphinothricin biosynthesis.
著者: Cicchillo, R.M. / Zhang, H. / Blodgett, J.A. / Whitteck, J.T. / Li, G. / Nair, S.K. / van der Donk, W.A. / Metcalf, W.W.
履歴
登録2009年2月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年6月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年3月28日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PhpD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,84414
ポリマ－48,3831
非ポリマー1,46113
水6,107339
1
A: PhpD
ヘテロ分子

A: PhpD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,68828
ポリマ－96,7662
非ポリマー2,92326
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z+1/21
Buried area15570 Å2
ΔGint-221 kcal/mol
Surface area33170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.198, 95.736, 102.163
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 PhpD


分子量: 48382.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces viridochromogenes (バクテリア)
遺伝子: Phosphinothricin biosynthetic cluster, phpD / プラスミド: pET15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5IW40
#2: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 339 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.87 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1 M sodium acetate, 0.1 M HEPES, 0.05 M cadmium sulphate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 36648 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.7 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 33.3
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.511 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 3480 / % possible all: 90.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
SHARP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.8→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 3.139 / SU ML: 0.099 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.153 / ESU R Free: 0.141 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24647 1924 5 %RANDOM
Rwork0.20998 ---
obs0.21182 36648 98.92 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.698 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.14 Å20 Å20 Å2
2--2.73 Å20 Å2
3----0.59 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3179 0 13 339 3531
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0213258
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0731.9474448
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.56435
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8515414
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.72222.759145
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.3615475
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.8551529
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.2496
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.022539
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other00.022
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1990.21413
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1970.22
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2960.22214
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.1710.26
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1180.2282
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1660.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2060.2132
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1440.238
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6761.52121
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.121.53
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.98623310
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.45731297
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.2864.51138
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.292 128 -
Rwork0.255 2431 -
obs--90.07 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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