PDB-3g4n: Crystal structure of the activated aerolysin mutant H132D

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3g4n

タイトル

Crystal structure of the activated aerolysin mutant H132D

要素

Aerolysin

キーワード

TOXIN / CYTOLYTIC TOXIN / PORE-FORMING TOXIN / Membrane / Secreted

機能・相同性

機能・相同性情報

toxin activity / host cell plasma membrane / extracellular region / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Aeromonas hydrophila (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Pernot, L. / Schiltz, M. / van der Goot, G.

引用

ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2011
タイトル: Dual chaperone role of the C-terminal propeptide in folding and oligomerization of the pore-forming toxin aerolysin.
著者: Iacovache, I. / Degiacomi, M.T. / Pernot, L. / Ho, S. / Schiltz, M. / Dal Peraro, M. / van der Goot, F.G.

履歴

登録	2009年2月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2010年2月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年8月3日	Group: Database references
改定 1.3	2021年11月10日	Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2023年11月1日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.5	2024年10月9日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3g4n.cif.gz	361.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3g4n.ent.gz	297.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3g4n.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3g4n_validation.pdf.gz	435.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3g4n_full_validation.pdf.gz	449 KB	表示
XML形式データ	3g4n_validation.xml.gz	35.7 KB	表示
CIF形式データ	3g4n_validation.cif.gz	50.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g4/3g4n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g4/3g4n	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3g4oC 1preS 1z52 3c0n S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	101 2dqr-d 3c0n-2 4nv5-d 1zq9-d 3c0n-1 2h7v-2 2db0-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (10) #69 - 2005年9月コレラ毒素 (Cholera Toxin) 類似性 (4) #232 - 2019年4月タンパク質と生体鉱物 (Proteins and Biominerals) 類似性 (1) #134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (1) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Aerolysin

B: Aerolysin

104 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Aerolysin

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
52 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Aerolysin

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
52 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	95.723, 70.211, 165.446
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 109.11, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Aerolysin 分子量: 51957.395 Da / 分子数: 2 / 変異: H132D / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Aeromonas hydrophila (バクテリア) 遺伝子: aerA / プラスミド: PET22B(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P09167
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 341 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.34 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.4 詳細: PENTAERYTHRITOL PROPOXYLATE (5/4 PO/OH) 17%-19%, SODIUM ACETATE 50mM pH 5.4 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.9536 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9536 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→55.927 Å / Num. obs: 59799 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 21.2 % / B_iso Wilson estimate: 34.21 Å² / R_merge(I) obs: 0.088 / R_sym value: 0.085 / Net I/σ(I): 27.43
反射シェル	解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 10.4 % / R_merge(I) obs: 0.405 / Mean I/σ(I) obs: 4.86 / Num. unique all: 8607 / R_sym value: 0.368 / % possible all: 97.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1PRE

1pre

解像度: 2.1→55.902 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / 位相誤差: 30.61 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2607	3017	5.05 %	Random
R_work	0.2138	-	-	-
obs	0.2162	59753	98.36 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 50.868 Å² / k_sol: 0.301 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 160.84 Å² / B_iso mean: 48.92 Å² / B_iso min: 9.12 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-6.3272 Å²	0 Å²	1.9398 Å²
2-	-	19.0791 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-12.752 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→55.902 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6885	0	0	341	7226

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	7094
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.035	9674
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.072	1019
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1262
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.089	2479

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 22

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.1-2.1328	0.3327	142	0.2674	2542	97
2.1328-2.1678	0.2937	147	0.2366	2503	97
2.1678-2.2052	0.2717	139	0.2352	2556	97
2.2052-2.2453	0.3211	133	0.2249	2505	98
2.2453-2.2885	0.3043	127	0.2245	2601	98
2.2885-2.3352	0.2974	140	0.2279	2519	98
2.3352-2.3859	0.3107	145	0.2119	2552	98
2.3859-2.4414	0.3115	126	0.2154	2533	98
2.4414-2.5025	0.3102	137	0.2184	2570	98
2.5025-2.5702	0.3256	137	0.2269	2582	98
2.5702-2.6458	0.3004	133	0.2334	2562	98
2.6458-2.7312	0.3111	122	0.2331	2579	98
2.7312-2.8288	0.2744	99	0.2351	2671	99
2.8288-2.9421	0.2851	129	0.2342	2559	99
2.9421-3.0759	0.273	148	0.2204	2560	99
3.0759-3.2381	0.2513	155	0.2294	2565	99
3.2381-3.441	0.2926	130	0.2201	2630	99
3.441-3.7066	0.2401	150	0.2084	2609	99
3.7066-4.0795	0.2366	140	0.1899	2579	99
4.0795-4.6695	0.1983	138	0.1601	2623	99
4.6695-5.8821	0.2	150	0.1637	2647	99
5.8821-55.9472	0.2056	150	0.1814	2689	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9382	0.3674	-0.5342	1.4624	0.9783	0.3277	-0.0141	0.6525	0.0285	-0.3391	0.2202	0.0752	-0.8061	-0.5796	-0.168	0.3965	0.0984	-0.0555	0.2004	0.0506	0.2132	-20.7674	15.4591	35.0698
2	0.293	-0.1654	-0.3	0.1059	-0.0574	2.2353	-0.047	-0.0624	-0.0299	-0.0732	0.1083	0.1359	0.1523	-0.3705	-0.0664	0.1884	-0.0238	-0.038	0.2556	0.0628	0.1636	-18.5039	-1.0096	27.5278
3	0.6674	-0.2678	0.1854	-0.0557	-0.2821	0.1851	-0.095	-0.0691	-0.108	-0.0675	-0.0114	0.0945	0.2789	0.1641	0.1023	0.5377	0.0125	-0.0776	0.3449	0.0535	0.2316	-5.3296	-14.2726	16.3054
4	0.5749	-0.8066	0.578	0.5965	-0.4453	-0.095	-0.1061	0.0291	0.0808	0.0954	0.0495	-0.0115	-0.2277	0.2504	0.0579	0.4029	0.0093	0.0394	0.2338	0.0863	0.1906	6.0845	-15.9941	62.1146
5	1.5617	0.3565	-0.3473	0.7695	0.0209	1.119	0.506	-0.92	-0.068	-0.1073	-0.4995	0.2171	-0.8191	1.0687	0.074	0.5011	-0.0173	0.0365	0.7111	0.0076	0.293	2.9782	-13.01	42.5851
6	0.66	-0.4985	-0.205	-0.0209	-0.1733	0.4394	0.1127	0.0074	0.3459	0.2645	0.3433	-0.2494	-0.4421	-0.2337	-0.2699	0.6508	0.1909	0.068	0.3979	-0.0028	0.3834	6.5281	-10.4174	70.8032
7	-0.5139	-0.115	-0.0062	0.5659	-0.6476	0.3202	-0.0989	0.0224	-0.0164	-0.1605	0.1733	0.0582	0.14	-0.2623	-0.1288	0.2634	0.1196	-0.0438	0.4319	0.1118	0.1951	-2.6864	-14.5602	40.6607
8	0.722	0.3564	-0.1231	0.0635	0.1562	0.3816	0.0225	-0.0336	0.1412	-0.3113	0.0041	0.047	-0.0357	0.191	-0.0164	0.4351	-0.0583	-0.0616	0.3538	0.0637	0.1765	-12.9556	5.1891	11.6168
9	0.2222	-0.1303	0.3802	0.4665	-0.5659	0.9764	-0.0101	0.0526	0.0406	-0.0251	0.0466	-0.0821	-0.2717	0.0059	-0.046	0.2436	0.1518	-0.0104	0.2628	0.034	0.2302	6.1669	-17.718	65.5437
10	1.2984	-0.0119	-0.8141	1.2336	-0.3995	0.834	0.1513	-0.5867	-0.3114	0.0887	-0.0525	0.2472	-0.8583	0.9035	-0.0556	0.4124	-0.1339	-0.0172	0.2143	-0.0435	0.1279	-6.4103	14.2835	48.0667
11	0.8444	-0.451	-0.5412	0.2157	-0.2183	0.8408	-0.0151	0.1563	-0.0664	-0.0417	-0.0558	-0.0463	-0.0771	0.678	0.0321	0.2283	-0.1491	0.0165	0.4842	-0.0058	0.1756	-3.4065	9.9939	40.1377
12	0.7631	0.3945	0.084	0.31	-0.1047	0.0225	-0.227	0.2108	-0.523	-0.0106	0.2121	-0.0147	0.2477	0.4247	0.0123	0.1554	0.0796	0.0442	0.0714	-0.0515	0.3865	-14.3542	-18.0682	66.8024
13	1.0456	-0.0468	-0.0025	0.7205	0.0474	0.4844	-0.3162	0.1067	-0.4819	0.0191	0.0185	0.0916	0.3387	-0.1378	0.2762	0.219	-0.0501	0.11	0.1222	-0.0843	0.4312	-21.2261	-18.9146	62.8241
14	0.9824	-0.535	-0.5362	1.9682	0.5413	1.5471	0.5389	0.3725	-0.1188	-1.2414	0.0005	1.1298	-0.9224	0.0107	-0.0908	1.1315	-0.153	-0.1793	0.7017	0.0199	0.6516	-32.7189	-10.2013	7.3345
15	1.2588	0.301	-0.5546	0.7134	-0.5265	0.8388	-0.3453	0.7186	0.1138	-0.1395	0.4642	0.011	0.3715	-1.0421	-0.059	0.3952	-0.3437	0.1024	0.5485	-0.1091	0.4246	-30.7084	-17.8369	37.389
16	0.309	0.184	-0.6737	1.0767	0.566	-0.2408	-0.0609	0.2381	-0.1135	-0.2052	0.1878	0.0508	0.3733	0.3499	-0.0522	-0.0152	-0.0925	0.0061	0.1088	-0.1161	0.3029	-25.5522	-13.0037	33.3143
17	0.9948	-0.425	-0.428	0.1478	-0.0073	1.4292	0.0275	0.0897	-0.0347	-0.004	-0.1412	-0.0608	0.1139	0.4921	0.068	0.0548	-0.0089	-0.0118	0.1205	-0.015	0.1854	-14.597	-0.068	69.0533
18	0.2341	0.2683	-0.1023	0.6578	0.7532	0.1066	0.0726	0.2154	0.2346	-0.2903	0.2231	0.2024	0.0206	-0.0718	-0.1505	0.45	-0.2215	0.0107	0.463	0.0489	0.5608	-33.057	-15.5004	17.5591

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A and resid 2:23
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain A and resid 24:139
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain A and resid 140:194
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain A and resid 195:240
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain A and resid 241:269
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain A and resid 270:288
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain A and resid 289:323
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain A and resid 324:394
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain A and resid 395:468
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain B and resid 2:23
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain B and resid 24:85
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain B and resid 86:139
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain B and resid 140:193
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain B and resid 194:224
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain B and resid 225:274
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain B and resid 275:323
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain B and resid 324:394
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain B and resid 395:467

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)