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- PDB-3g3u: Crystal structure of a eukaryotic polyphosphate polymerase in com... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3g3u
タイトルCrystal structure of a eukaryotic polyphosphate polymerase in complex with pyrophosphate
要素Vacuolar transporter chaperone 4
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / polyphosphate polymerase / polyphosphate kinase / VTC complex / vacuolar transporter chaperone / tunnel enzyme / Membrane / Phosphoprotein / Transmembrane / Vacuole
機能・相同性
機能・相同性情報


vacuolar transporter chaperone complex / ATP-polyphosphate phosphotransferase / polyphosphate biosynthetic process / engulfment of target by autophagosome / polyphosphate kinase activity / microautophagy / polyphosphate metabolic process / vacuolar transport / fungal-type vacuole membrane / inositol hexakisphosphate binding ...vacuolar transporter chaperone complex / ATP-polyphosphate phosphotransferase / polyphosphate biosynthetic process / engulfment of target by autophagosome / polyphosphate kinase activity / microautophagy / polyphosphate metabolic process / vacuolar transport / fungal-type vacuole membrane / inositol hexakisphosphate binding / vacuolar membrane / autophagosome membrane / cell periphery / cytoplasmic vesicle / cell cortex / calmodulin binding / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum
類似検索 - 分子機能
VTC, catalytic tunnel domain / Domain of unknown function DUF202 / VTC domain / VTC domain superfamily / : / Domain of unknown function (DUF202) / VTC domain / mRNA Triphosphatase Cet1; Chain A / SPX domain / SPX domain profile. ...VTC, catalytic tunnel domain / Domain of unknown function DUF202 / VTC domain / VTC domain superfamily / : / Domain of unknown function (DUF202) / VTC domain / mRNA Triphosphatase Cet1; Chain A / SPX domain / SPX domain profile. / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PYROPHOSPHATE 2- / Vacuolar transporter chaperone complex subunit 4
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.07 Å
データ登録者Hothorn, M.
引用ジャーナル: Science / 年: 2009
タイトル: Catalytic core of a membrane-associated eukaryotic polyphosphate polymerase.
著者: Hothorn, M. / Neumann, H. / Lenherr, E.D. / Wehner, M. / Rybin, V. / Hassa, P.O. / Uttenweiler, A. / Reinhardt, M. / Schmidt, A. / Seiler, J. / Ladurner, A.G. / Herrmann, C. / Scheffzek, K. / Mayer, A.
履歴
登録2009年2月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年5月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vacuolar transporter chaperone 4
B: Vacuolar transporter chaperone 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,90614
ポリマ－69,5482
非ポリマー1,35812
水6,846380
1
A: Vacuolar transporter chaperone 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,5107
ポリマ－34,7741
非ポリマー7366
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Vacuolar transporter chaperone 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,3967
ポリマ－34,7741
非ポリマー6226
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)68.440, 100.730, 102.490
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Vacuolar transporter chaperone 4 / Phosphate metabolism protein 3


分子量: 34773.754 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 189-480 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: J1345, PHM3, VTC4, YJL012C / プラスミド: pETM11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) RIL / 参照: UniProt: P47075
#2: 化合物 ChemComp-POP / PYROPHOSPHATE 2-


分子量: 175.959 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2O7P2
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 380 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.57 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 15 % PEG 3350, 0.2 M (NH4)2SO4, 0.1 M Bis-Tris, 10 % Jeffamine M-600, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月27日
放射モノクロメーター: Double crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.07→20 Å / Num. all: 43477 / Num. obs: 43477 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 38.4 Å2 / Rsym value: 0.056 / Net I/σ(I): 19.1
反射 シェル解像度: 2.07→2.2 Å / 冗長度: 5.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 6890 / Rsym value: 0.622 / % possible all: 97.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3g3r

3g3r


解像度: 2.07→19.768 Å / SU ML: 0.35 / σ(F): 1.1 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2412 2094 5.09 %Same reflections as for 3g3r
Rwork0.1988 ---
obs0.201 41135 99.17 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 50.368 Å2 / ksol: 0.342 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.07→19.768 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4732 0 71 380 5183
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.07-2.09650.3691100.30792079X-RAY DIFFRACTION79
2.0965-2.12120.30871440.2842528X-RAY DIFFRACTION98
2.1212-2.1470.28371260.25732652X-RAY DIFFRACTION99
2.147-2.17420.25731540.24732575X-RAY DIFFRACTION100
2.1742-2.20270.30811340.2342661X-RAY DIFFRACTION100
2.2027-2.23290.31021530.24422557X-RAY DIFFRACTION100
2.2329-2.26470.33921210.23692672X-RAY DIFFRACTION100
2.2647-2.29850.271390.22982623X-RAY DIFFRACTION100
2.2985-2.33430.33821540.22662617X-RAY DIFFRACTION100
2.3343-2.37260.27981380.21652613X-RAY DIFFRACTION100
2.3726-2.41340.2971310.21982631X-RAY DIFFRACTION100
2.4134-2.45720.27221620.21922633X-RAY DIFFRACTION100
2.4572-2.50440.24851180.20952629X-RAY DIFFRACTION100
2.5044-2.55540.27281310.20562607X-RAY DIFFRACTION100
2.5554-2.61080.2551660.20272647X-RAY DIFFRACTION100
2.6108-2.67140.28321290.2162610X-RAY DIFFRACTION100
2.6714-2.73810.28821290.21652655X-RAY DIFFRACTION100
2.7381-2.81190.26131480.21442608X-RAY DIFFRACTION100
2.8119-2.89440.27591410.21012618X-RAY DIFFRACTION100
2.8944-2.98750.24031670.21382595X-RAY DIFFRACTION100
2.9875-3.09390.24981470.19822634X-RAY DIFFRACTION100
3.0939-3.21730.28491220.20412644X-RAY DIFFRACTION100
3.2173-3.3630.23241340.19282621X-RAY DIFFRACTION100
3.363-3.53940.18631510.16662618X-RAY DIFFRACTION100
3.5394-3.75970.17431380.16422621X-RAY DIFFRACTION100
3.7597-4.04770.1881280.16562662X-RAY DIFFRACTION100
4.0477-4.45080.19791210.16362602X-RAY DIFFRACTION100
4.4508-5.08530.18841110.14642683X-RAY DIFFRACTION100
5.0853-6.37110.2251790.1982587X-RAY DIFFRACTION100
6.3711-19.76860.22221620.18272600X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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