PDB-3g3k: Crystal structure of the GluR6 ligand binding domain dimer I442H ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3g3k

タイトル

Crystal structure of the GluR6 ligand binding domain dimer I442H K494E K665R I749L Q753K E757Q mutant with glutamate and NaCl at 1.24 Angstrom resolution

要素

Glutamate receptor, ionotropic kainate 2

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / Cell junction / Cell membrane / Glycoprotein / Ion transport / Ionic channel / Membrane / Postsynaptic cell membrane / Receptor / RNA editing / Synapse / Transmembrane / Transport

機能・相同性

機能・相同性情報

mossy fiber rosette / detection of cold stimulus involved in thermoception / Activation of Na-permeable kainate receptors / kainate selective glutamate receptor complex / Activation of Ca-permeable Kainate Receptor / regulation of short-term neuronal synaptic plasticity / glutamate receptor activity / negative regulation of synaptic transmission, glutamatergic / ubiquitin conjugating enzyme binding / regulation of JNK cascade ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.24 Å

データ登録者

Chaudhry, C. / Mayer, M.L.

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2009
タイトル: Stability of ligand-binding domain dimer assembly controls kainate receptor desensitization.
著者: Chaudhry, C. / Weston, M.C. / Schuck, P. / Rosenmund, C. / Mayer, M.L.

履歴

登録	2009年2月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年6月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年7月26日	Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
改定 1.3	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2024年10月30日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3g3k.cif.gz	251.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3g3k.ent.gz	208.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3g3k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3g3k_validation.pdf.gz	470.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3g3k_full_validation.pdf.gz	482.5 KB	表示
XML形式データ	3g3k_validation.xml.gz	31.1 KB	表示
CIF形式データ	3g3k_validation.cif.gz	48.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g3/3g3k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g3/3g3k	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3g3fC 3g3gC 3g3hC 3g3iC 3g3jC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2xxu-d 6hcb-d 3m3l-1 2xxx-2 3g3g-d 4bdm-1 3ijx-2 3g3i-d 2xx8-2 2xxw-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#235 - 2019年7月 AMPA受容体 (AMPA Receptor) 類似性 (13) #199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (2) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1) #70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Glutamate receptor, ionotropic kainate 2

B: Glutamate receptor, ionotropic kainate 2

ヘテロ分子

59.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.133, 113.844, 52.098
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 115.22, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

The native protein is believed to be a dimer of dimers; only 1 copy of the dimer formed by chains A and B is present in this crystal form.

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Glutamate receptor, ionotropic kainate 2 / Glutamate receptor 6 / GluR-6 / GluR6 分子量: 29424.637 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 429-544, 667-806 / 変異: I473H, K525E, K696R, I780L, Q784K, E788Q / 由来タイプ: 組換発現詳細: The I442H K494E K665R I749L Q753K and E757Q mutations were created intentionall y. The 1st residue is a vector encoded affinity tag fragment. Residues 398-513 a nd 636-775 are coupled by a ...詳細: The I442H K494E K665R I749L Q753K and E757Q mutations were created intentionall y. The 1st residue is a vector encoded affinity tag fragment. Residues 398-513 a nd 636-775 are coupled by a synthetic GT peptide. The numbering is for the matur e protein after cleavage of the 31 AA signal peptide. 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: GriK2 / プラスミド: pET22B modified / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): OrigamiB (DE3) / 参照: UniProt: P42260

#1: タンパク質

Glutamate receptor, ionotropic kainate 2 / Glutamate receptor 6 / GluR-6 / GluR6

分子量: 29424.637 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 429-544, 667-806 / 変異: I473H, K525E, K696R, I780L, Q784K, E788Q / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The I442H K494E K665R I749L Q753K and E757Q mutations were created intentionall y. The 1st residue is a vector encoded affinity tag fragment. Residues 398-513 a nd 636-775 are coupled by a ...
由来: (組換発現)

Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: GriK2 / プラスミド: pET22B modified / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): OrigamiB (DE3) / 参照: UniProt: P42260

-
非ポリマー , 5種, 738分子

#2: 化合物	ChemComp-GLU / GLUTAMIC ACID / グルタミン酸タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.129 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₉NO₄
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物	ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル分子量: 60.095 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O / コメント: alkaloid*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 727 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.23 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 17% PEG 4K, 12% ISOPROPANOL, 0.1M NaCitrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月27日
放射	モノクロメーター: Si(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.24→40 Å / Num. obs: 151197 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.6 % / B_iso Wilson estimate: 11.5 Å² / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 18.5
反射シェル	解像度: 1.24→1.28 Å / 冗長度: 2.8 % / R_merge(I) obs: 0.282 / Mean I/σ(I) obs: 3.39 / % possible all: 86.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHENIX	(phenix.refine)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 1.24→35.898 Å / SU ML: 0.14 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC AND TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: Refinement was started with Refmac_5.2. The final rounds of refinement were performed with phenix and included occupancy refinement for ions, and for residues with alternative conformations.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.165	7489	5.03 %	RANDOM
R_work	0.1459	-	-	-
all	0.1469	149020	-	-
obs	0.1469	149020	98.18 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 41.237 Å² / k_sol: 0.393 e/Å³

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.24→35.898 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9668	0	41	752	10461

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.017	9916
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.388	18183
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.126	734
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	1518
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.97	2651

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.2403-1.2544	0.2387	172	0.2236	3189	X-RAY DIFFRACTION	67
1.2544-1.2691	0.2269	206	0.2164	4077	X-RAY DIFFRACTION	85
1.2691-1.2846	0.2228	243	0.1969	4547	X-RAY DIFFRACTION	95
1.2846-1.3009	0.1947	283	0.1834	4752	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3009-1.318	0.1936	236	0.1723	4824	X-RAY DIFFRACTION	100
1.318-1.336	0.193	266	0.1739	4765	X-RAY DIFFRACTION	100
1.336-1.3551	0.187	294	0.1624	4761	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3551-1.3754	0.1756	235	0.1587	4828	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3754-1.3969	0.1758	253	0.1537	4747	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3969-1.4198	0.1621	260	0.1454	4832	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4198-1.4442	0.1466	235	0.1485	4780	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4442-1.4705	0.1704	230	0.1433	4850	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4705-1.4988	0.1825	261	0.1395	4822	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4988-1.5294	0.1521	246	0.1321	4781	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5294-1.5626	0.1659	233	0.1327	4795	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5626-1.599	0.1499	257	0.1338	4827	X-RAY DIFFRACTION	100
1.599-1.639	0.1547	237	0.1321	4827	X-RAY DIFFRACTION	100
1.639-1.6833	0.1679	256	0.1383	4791	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6833-1.7328	0.1592	225	0.1383	4842	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7328-1.7887	0.1664	263	0.1374	4783	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7887-1.8527	0.1598	260	0.14	4790	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8527-1.9268	0.1698	269	0.1387	4774	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9268-2.0145	0.1463	245	0.1346	4816	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0145-2.1207	0.1517	258	0.126	4807	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1207-2.2536	0.1404	248	0.1235	4781	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2536-2.4275	0.1435	274	0.13	4805	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4275-2.6718	0.1627	261	0.138	4784	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6718-3.0582	0.1775	261	0.1495	4847	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0582-3.8523	0.1486	278	0.1345	4800	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8523-35.9133	0.1543	244	0.1446	4907	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.466	0.2035	-0.0187	0.6649	-0.0479	0.4091	-0.0277	0.0555	0.0728	-0.134	0.0431	0.0227	-0.0377	-0.0062	-0.0088	0.1134	0.0003	0.0087	0.0772	0.0224	0.0819	14.1805	28.4575	-3.1756
2	0.4031	0.087	0.1965	0.4995	0.1996	0.5105	0.0155	-0.0013	0.0795	0.0391	-0.0223	-0.0809	-0.0079	0.0362	-0.0023	0.092	-0.0061	0.0109	0.0757	-0.0111	0.1046	24.1391	33.8197	17.0593
3	0.046	0.0151	0.04	0.3557	-0.0258	0.2163	0.005	0.0158	0.0181	-0.1113	0.0198	-0.0735	0.0391	0.0228	0.002	0.1008	0.0039	0.0153	0.0852	0.0019	0.0882	19.3513	15.6481	-0.7787
4	0.7035	-0.0363	-0.0438	0.4691	0.087	0.4336	0.0066	-0.0378	-0.0595	0.0174	0.0154	0.0576	0.0194	-0.034	0.0162	0.0509	-0.0038	-0.0088	0.0643	0.0094	0.0595	5.1476	0.2671	16.6071
5	0.6618	-0.159	-0.0835	0.2366	-0.0878	0.4976	0.0229	-0.0236	-0.0761	-0.011	-0.0218	-0.0429	0.0333	0.0341	0	0.0408	0.0075	-0.0067	0.054	-0.0042	0.0561	27.4758	-4.9064	11.7231
6	0.2416	-0.0654	-0.1476	0.3038	-0.0943	0.2002	0.0392	-0.0361	0.0677	0.0608	0.0203	0.0014	-0.0321	0.0167	0.0225	0.0814	-0.0019	-0.0017	0.0769	-0.009	0.073	9.6335	13.075	19.1552

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A and (resid 3:107)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain A and (resid 108:216)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain A and (resid 217:258)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain B and (resid 2:108)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain B and (resid 109:216)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain B and (resid 217:257)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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実験情報

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試料調製

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データ収集

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)