PDB-3g3j: Crystal structure of the GluR6 ligand binding domain dimer I442H ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3g3j

タイトル

Crystal structure of the GluR6 ligand binding domain dimer I442H K494E K665R I749L Q753K mutant with glutamate and NaCl at 1.32 Angstrom resolution

要素

Glutamate receptor, ionotropic kainate 2

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / Cell junction / Cell membrane / Glycoprotein / Ion transport / Ionic channel / Membrane / Postsynaptic cell membrane / Receptor / RNA editing / Synapse / Transmembrane / Transport

機能・相同性

機能・相同性情報

mossy fiber rosette / detection of cold stimulus involved in thermoception / Activation of Na-permeable kainate receptors / kainate selective glutamate receptor complex / Activation of Ca-permeable Kainate Receptor / regulation of short-term neuronal synaptic plasticity / glutamate receptor activity / negative regulation of synaptic transmission, glutamatergic / ubiquitin conjugating enzyme binding / regulation of JNK cascade ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.321 Å

データ登録者

Chaudhry, C. / Mayer, M.L.

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2009
タイトル: Stability of ligand-binding domain dimer assembly controls kainate receptor desensitization.
著者: Chaudhry, C. / Weston, M.C. / Schuck, P. / Rosenmund, C. / Mayer, M.L.

履歴

登録	2009年2月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年6月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年7月26日	Group: Advisory / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
改定 1.3	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2021年10月20日	Group: Advisory / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms ...database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2024年10月30日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3g3j.cif.gz	228.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3g3j.ent.gz	187.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3g3j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3g3j_validation.pdf.gz	456.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3g3j_full_validation.pdf.gz	462.7 KB	表示
XML形式データ	3g3j_validation.xml.gz	27.7 KB	表示
CIF形式データ	3g3j_validation.cif.gz	42.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g3/3g3j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g3/3g3j	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3g3fC 3g3gC 3g3hC 3g3iC 3g3kC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3g3g-d 2xxw-d 3g3h-d 4bdm-1 2xxx-2 2xxv-d 5o9a-1 5mfw-d 4e0x-d 3g3i-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#235 - 2019年7月 AMPA受容体 (AMPA Receptor) 類似性 (13) #199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (2) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Glutamate receptor, ionotropic kainate 2

B: Glutamate receptor, ionotropic kainate 2

ヘテロ分子

59.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.915, 113.710, 51.939
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 115.31, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

The native protein is believed to be a dimer of dimers; only 1 copy of the dimer formed by chains A and B is present in this crystal form.

#1: タンパク質	Glutamate receptor, ionotropic kainate 2 / Glutamate receptor 6 / GluR-6 / GluR6 分子量: 29425.621 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 429-544, 667-806 / 変異: I473H, K525E, K696R, I780L, Q784K / 由来タイプ: 組換発現詳細: The I442H K494E K665R I749L and Q753K mutations were created intentionally. The 1st residue is a vector encoded affinity tag fragment. Residues 398-513 and 636 -775 are coupled by a synthetic ...詳細: The I442H K494E K665R I749L and Q753K mutations were created intentionally. The 1st residue is a vector encoded affinity tag fragment. Residues 398-513 and 636 -775 are coupled by a synthetic GT peptide. The numbering is for the mature prot ein after cleavage of the 31 AA signal peptide. 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: GriK2 / プラスミド: pET22B modified / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): OrigamiB (DE3) / 参照: UniProt: P42260
#2: 化合物	ChemComp-GLU / GLUTAMIC ACID タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.129 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₉NO₄
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION 分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 618 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.74 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 15% PEG 4K, 15% ISOPROPANOL, 0.1 M NaCitrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月15日
放射	モノクロメーター: Si(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.32→35 Å / Num. obs: 124517 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 14.11 Å² / R_merge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 19.7
反射シェル	解像度: 1.32→1.37 Å / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.369 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHENIX	(phenix.refine)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 1.321→34.516 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: Refinement was started with Refmac_5.2. The final rounds of refinement were performed with phenix and included occupancy refinement for ions, and for residues with alternative conformations.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1789	6231	5.01 %	RANDOM
R_work	0.1561	-	-	-
all	0.1573	124266	-	-
obs	0.1573	124266	99.74 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 52.808 Å² / k_sol: 0.414 e/Å³

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.321→34.516 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8753	0	39	618	9410

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	8905
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.114	16188
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.089	677
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1368
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.865	2307

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.321-1.336	0.2291	214	0.2219	3767	X-RAY DIFFRACTION	95
1.336-1.3518	0.233	233	0.2112	3858	X-RAY DIFFRACTION	99
1.3518-1.3682	0.2251	206	0.2095	3962	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3682-1.3856	0.2443	204	0.1994	3903	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3856-1.4038	0.1855	196	0.1917	3980	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4038-1.423	0.2093	206	0.1824	3894	X-RAY DIFFRACTION	100
1.423-1.4434	0.1964	204	0.1747	3941	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4434-1.4649	0.2095	181	0.1668	3947	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4649-1.4878	0.1736	227	0.1588	3935	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4878-1.5122	0.1774	196	0.152	3898	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5122-1.5383	0.1733	203	0.1506	4006	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5383-1.5662	0.1788	188	0.1462	3897	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5662-1.5964	0.1662	203	0.1461	3955	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5964-1.6289	0.1664	202	0.141	3937	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6289-1.6644	0.1836	202	0.1403	3937	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6644-1.7031	0.1662	195	0.1477	3955	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7031-1.7457	0.1754	204	0.1455	3946	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7457-1.7929	0.1779	210	0.1464	3929	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7929-1.8456	0.1733	213	0.1439	3939	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8456-1.9052	0.16	212	0.1445	3926	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9052-1.9733	0.1712	208	0.1442	3967	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9733-2.0523	0.1544	216	0.1315	3920	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0523-2.1457	0.1602	205	0.1279	3945	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1457-2.2588	0.1457	207	0.1286	3951	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2588-2.4002	0.1595	220	0.1363	3935	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4002-2.5855	0.1728	214	0.1436	3940	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5855-2.8456	0.184	227	0.1497	3949	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8456-3.2571	0.1713	213	0.1471	3961	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2571-4.1025	0.1509	225	0.1389	3942	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1025-34.5283	0.1792	197	0.1574	4013	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7529	0.4013	-0.004	0.97	-0.2205	0.8205	-0.0625	0.0961	0.1111	-0.2486	0.0565	0.0059	-0.0742	0.0152	-0.0044	0.1556	-0.0054	0.0136	0.0971	0.0284	0.0984	14.744	29.7692	-5.5416
2	0.6112	0.2795	0.3547	0.9629	0.2723	0.5364	0.0131	-0.0052	0.0759	0.0535	-0.0095	-0.055	-0.0063	0.0265	-0.0407	0.0619	-0.0033	0.0129	0.0481	0	0.0612	20.628	31.2667	14.6013
3	0.1079	0.0379	-0.0754	0.6765	-0.1037	0.3672	-0.0116	0.1655	-0.0439	-0.1237	0.0331	-0.1353	0.0769	0.0761	-0.0284	0.1323	0.008	0.0254	0.1227	-0.0017	0.1205	19.6622	14.1161	-1.5707
4	0.9294	-0.0826	-0.0259	0.7475	0.0741	0.7371	0.0208	-0.066	-0.0579	0.0139	0.0067	0.0734	0.0226	-0.046	-0.0275	0.066	-0.0073	-0.0087	0.0836	0.0101	0.0784	4.9763	0.8793	16.695
5	1.1698	-0.3154	-0.0664	0.5402	-0.0152	0.8043	0.0398	-0.0564	-0.0794	0.007	-0.0265	-0.0775	0.0637	0.0783	0.0068	0.0111	0.006	-0.0048	0.0296	-0.001	0.0307	27.4244	-4.8433	11.2925
6	0.2798	-0.0065	-0.1162	0.5236	-0.2452	0.2704	0.0288	-0.0572	0.0798	0.0446	0.027	0.0165	-0.088	0.016	-0.0497	0.0944	-0.0025	0.0042	0.0929	-0.0127	0.0903	8.0508	13.1899	17.318

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A and (resid 3:86)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain A and (resid 87:226)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain A and (resid 227:253)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain B and (resid 2:108)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain B and (resid 109:216)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain B and (resid 217:253)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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