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- PDB-3g3a: Structure of a lamprey variable lymphocyte receptor in complex wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3g3a
タイトルStructure of a lamprey variable lymphocyte receptor in complex with a protein antigen
要素
  • Lysozyme C
  • Variable lymphocyte receptor VLRB.2D
キーワードHYDROLASE/IMMUNE SYSTEM / VLR / antibody / Allergen / Antimicrobial / Bacteriolytic enzyme / Glycosidase / Hydrolase / HYDROLASE-IMMUNE SYSTEM COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / endoplasmic reticulum / extracellular space / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Variable lymphocyte receptor, C-terminal / Domain of unknown function (DUF3439) / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine-rich repeat N-terminal domain / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / Alpha-Beta Horseshoe / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype ...Variable lymphocyte receptor, C-terminal / Domain of unknown function (DUF3439) / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine-rich repeat N-terminal domain / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / Alpha-Beta Horseshoe / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Lysozyme - #10 / Leucine-rich repeat / Glycoside hydrolase, family 22, lysozyme / Glycoside hydrolase family 22 domain / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain signature. / Glycoside hydrolase, family 22 / C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain profile. / Alpha-lactalbumin / lysozyme C / Leucine-rich repeat domain superfamily / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Variable lymphocyte receptor VLRB.2D / Lysozyme C
類似検索 - 構成要素
生物種Petromyzon marinus (ヤツメウナギ)
Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Deng, L. / Velikovsky, C.A. / Mariuzza, R.A.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Structure of a lamprey variable lymphocyte receptor in complex with a protein antigen.
著者: Velikovsky, C.A. / Deng, L. / Tasumi, S. / Iyer, L.M. / Kerzic, M.C. / Aravind, L. / Pancer, Z. / Mariuzza, R.A.
履歴
登録2009年2月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年6月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月27日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Variable lymphocyte receptor VLRB.2D
B: Lysozyme C
C: Variable lymphocyte receptor VLRB.2D
D: Lysozyme C
E: Variable lymphocyte receptor VLRB.2D
F: Lysozyme C
G: Variable lymphocyte receptor VLRB.2D
H: Lysozyme C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,7808
ポリマ－134,7808
非ポリマー00
水10,413578
1
A: Variable lymphocyte receptor VLRB.2D
B: Lysozyme C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,6952
ポリマ－33,6952
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Variable lymphocyte receptor VLRB.2D
D: Lysozyme C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,6952
ポリマ－33,6952
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: Variable lymphocyte receptor VLRB.2D
F: Lysozyme C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,6952
ポリマ－33,6952
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
G: Variable lymphocyte receptor VLRB.2D
H: Lysozyme C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,6952
ポリマ－33,6952
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)82.299, 133.651, 90.439
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 114.69, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Variable lymphocyte receptor VLRB.2D


分子量: 19363.932 Da / 分子数: 4 / 断片: Ectodomain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Petromyzon marinus (ヤツメウナギ)
遺伝子: vlr / プラスミド: pT7.7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL / 参照: UniProt: D0VX18*PLUS
#2: タンパク質
Lysozyme C / 1 / 4-beta-N-acetylmuramidase C / Allergen Gal d IV


分子量: 14331.160 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 株: Chicken / 遺伝子: lysozyme, LYZ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00698, lysozyme
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 578 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.32 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 5.6
詳細: 2.0 M ammonium sulfate and 0.1 M sodium citrate, pH 5.6, EVAPORATION, temperature 296K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 88576 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 23.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.117 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル解像度: 2.2→2.25 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.252 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 5760

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3G39

3g39


解像度: 2.2→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.92 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.879 / SU B: 5.931 / SU ML: 0.153 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.225 / ESU R Free: 0.205 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27068 4460 5 %RANDOM
Rwork0.21954 ---
obs0.22211 84142 98.44 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.014 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.09 Å20 Å20.45 Å2
2---1.19 Å20 Å2
3---1.65 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8959 0 0 578 9537
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0229166
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7551.94112490
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.69651155
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.04524.171398
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.083151475
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.2441564
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1180.21412
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.026920
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2210.24344
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3050.26140
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1970.2656
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2110.238
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2340.213
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9391.55933
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.57129333
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.54733749
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.8144.53157
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.317 323 -
Rwork0.246 6070 -
obs--96.24 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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