PDB-3g2m: Crystal Structure of the Glycopeptide N-methyltransferase MtfA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3g2m

タイトル

Crystal Structure of the Glycopeptide N-methyltransferase MtfA

要素

PCZA361.24

キーワード

TRANSFERASE / SAM-dependent methyltransferase / glycopeptide antibiotics biosynthesis / Structural Genomics / Montreal-Kingston Bacterial Structural Genomics Initiative / BSGI

機能・相同性

機能・相同性情報

HSP40/DNAj peptide-binding domain - #20 / : / HSP40/DNAj peptide-binding domain / Methyltransferase domain 25 / Methyltransferase domain / Other non-globular / Vaccinia Virus protein VP39 / Special / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Amycolatopsis orientalis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Shi, R. / Matte, A. / Cygler, M. / Montreal-Kingston Bacterial Structural Genomics Initiative (BSGI)

引用

ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2009
タイトル: Structure and function of the glycopeptide N-methyltransferase MtfA, a tool for the biosynthesis of modified glycopeptide antibiotics.
著者: Shi, R. / Lamb, S.S. / Zakeri, B. / Proteau, A. / Cui, Q. / Sulea, T. / Matte, A. / Wright, G.D. / Cygler, M.

履歴

登録	2009年1月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年5月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3g2m.cif.gz	99 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3g2m.ent.gz	80.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3g2m.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3g2m_validation.pdf.gz	434.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3g2m_full_validation.pdf.gz	438.7 KB	表示
XML形式データ	3g2m_validation.xml.gz	18.5 KB	表示
CIF形式データ	3g2m_validation.cif.gz	26 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g2/3g2m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g2/3g2m	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3g2oC 3g2pC 3g2qC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3g2o-d 1skq-2 4n9m-d 3pk5-d 6i7r-d 2hsn-d 4n3m-d 4op6-d 4pz8-d 4n9s-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: MTFA_AMYOR

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PCZA361.24

B: PCZA361.24

65.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	127.443, 71.682, 75.189
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 103.020, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	PCZA361.24 分子量: 32855.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Amycolatopsis orientalis (バクテリア) 遺伝子: mtfA / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O52805
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 143 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.69 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1M MES pH 6.5, 18% PEG-monomethyl ether 5K, vapor diffusion, hanging drop, temperature 294K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X8C / 波長: 0.98 Å

検出器

検出器: CCD / 日付: 2007年2月17日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.98 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→50 Å / Num. obs: 45124 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 2.5 % / R_merge(I) obs: 0.046 / Χ²: 1.002 / Net I/σ(I): 20.585

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2-2.07	2.2	0.315	7434	1.005	1	84.6
2.07-2.15	2.4	0.229	8417	1	1	94.9
2.15-2.25	2.6	0.183	8703	1.002	1	98.8
2.25-2.37	2.6	0.12	8759	1.006	1	99
2.37-2.52	2.6	0.085	8734	1.006	1	99.3
2.52-2.71	2.6	0.065	8761	0.998	1	99.3
2.71-2.99	2.6	0.05	8756	1.006	1	99.6
2.99-3.42	2.6	0.04	8822	0.994	1	99.8
3.42-4.31	2.6	0.036	8823	0.998	1	99.8
4.31-50	2.6	0.037	8727	1.004	1	99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.2.0019	精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
SHELXS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.933 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.909 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.01 / SU B: 8.184 / SU ML: 0.118 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.174 / ESU R Free: 0.161 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.271	2239	5.1 %	RANDOM
R_work	0.238	-	-	-
obs	0.239	44333	98.25 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 91.46 Å² / B_iso mean: 41.753 Å² / B_iso min: 23.89 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.31 Å²	0 Å²	-0.22 Å²
2-	-	1.78 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.57 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3406	0	0	143	3549

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.022	3490
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.054	1.979	4724
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.224	5	444
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.653	22.468	158
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.524	15	581
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.386	15	41
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.065	0.2	546
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	2639
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.188	0.2	1407
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.294	0.2	2319
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.118	0.2	215
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.172	0.2	40
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.15	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.675	1.5	2315
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.908	2	3561
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.214	3	1314
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.83	4.5	1159

LS精密化シェル

解像度: 2→2.046 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.302	150	-
R_work	0.269	2767	-
all	-	2917	-
obs	-	-	87.76 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6132	-0.175	0.9261	1.7313	-0.5843	1.3729	-0.0344	0.032	0.1477	0.0419	-0.0845	-0.2458	-0.0319	0.0566	0.1189	-0.1131	-0.0003	-0.0136	-0.1056	0.0284	-0.0402	23.2707	64.9566	34.5536
2	11.0352	6.504	-2.0554	7.3009	-1.5653	1.7313	0.2414	0.4823	2.0443	0.2104	0.0697	1.3597	-0.2284	-0.2476	-0.3111	-0.0847	0.0846	0.0279	-0.0366	0.0743	0.2219	1.1794	72.7561	17.8647
3	0.0662	-0.1903	0.3553	1.9569	0.8193	4.3099	-0.0262	0.0934	0.278	-0.0351	-0.1242	-0.3006	0.5811	0.7194	0.1504	-0.05	0.1654	0.0533	0.1143	0.1093	-0.1379	21.7331	53.4025	9.1499
4	3.1332	0.3929	-0.0745	0.1847	-0.0615	1.3553	-0.0343	0.1452	-0.3874	-0.034	0.0543	-0.0763	0.2191	-0.0721	-0.02	-0.0446	-0.026	0.0235	-0.0502	-0.0447	-0.1061	-12.7788	50.3317	16.7278

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	47 - 175
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	235 - 273
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	12 - 18
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	206 - 234
5	X-RAY DIFFRACTION	2	A	176 - 205
6	X-RAY DIFFRACTION	3	A	9 - 32
7	X-RAY DIFFRACTION	3	A	206 - 234
8	X-RAY DIFFRACTION	3	B	176 - 205
9	X-RAY DIFFRACTION	4	B	48 - 175
10	X-RAY DIFFRACTION	4	B	235 - 273

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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