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- PDB-3g2f: Crystal structure of the kinase domain of bone morphogenetic prot... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3g2f
タイトルCrystal structure of the kinase domain of bone morphogenetic protein receptor type II (BMPR2) at 2.35 A resolution
要素Bone morphogenetic protein receptor type-2
キーワードTRANSFERASE / kinase / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / ATP-binding / Disease mutation / Glycoprotein / Magnesium / Manganese / Membrane / Metal-binding / Nucleotide-binding / Phosphoprotein / Receptor / Serine/threonine-protein kinase / Transmembrane
機能・相同性
機能・相同性情報


semi-lunar valve development / activin receptor activity, type II / negative regulation of chondrocyte proliferation / lymphatic endothelial cell differentiation / regulation of lung blood pressure / pulmonary valve development / tricuspid valve morphogenesis / chondrocyte development / negative regulation of cell proliferation involved in heart valve morphogenesis / venous blood vessel development ...semi-lunar valve development / activin receptor activity, type II / negative regulation of chondrocyte proliferation / lymphatic endothelial cell differentiation / regulation of lung blood pressure / pulmonary valve development / tricuspid valve morphogenesis / chondrocyte development / negative regulation of cell proliferation involved in heart valve morphogenesis / venous blood vessel development / aortic valve development / BMP binding / proteoglycan biosynthetic process / negative regulation of muscle cell differentiation / atrial septum morphogenesis / endocardial cushion development / maternal placenta development / positive regulation of cartilage development / endochondral bone morphogenesis / transforming growth factor beta receptor activity / lung vasculature development / lymphangiogenesis / mitral valve morphogenesis / retina vasculature development in camera-type eye / BMP receptor activity / positive regulation of axon extension involved in axon guidance / artery development / receptor protein serine/threonine kinase / Signaling by BMP / cellular response to BMP stimulus / endothelial cell apoptotic process / positive regulation of ossification / negative regulation of systemic arterial blood pressure / limb development / endothelial cell proliferation / anterior/posterior pattern specification / cell surface receptor protein serine/threonine kinase signaling pathway / negative regulation of vasoconstriction / ventricular septum morphogenesis / lung alveolus development / positive regulation of epithelial cell migration / blood vessel development / outflow tract morphogenesis / growth factor binding / positive regulation of SMAD protein signal transduction / mesoderm formation / blood vessel remodeling / BMP signaling pathway / positive regulation of bone mineralization / positive regulation of osteoblast differentiation / clathrin-coated pit / cellular response to starvation / protein tyrosine kinase binding / basal plasma membrane / caveola / adherens junction / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / negative regulation of cell growth / cellular response to growth factor stimulus / osteoblast differentiation / regulation of cell population proliferation / postsynaptic density / receptor complex / cadherin binding / apical plasma membrane / phosphorylation / axon / neuronal cell body / dendrite / positive regulation of gene expression / cell surface / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / nucleoplasm / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Activin types I and II receptor domain / Activin types I and II receptor domain / Ser/Thr protein kinase, TGFB receptor / Snake toxin-like superfamily / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase domain / Protein kinase, ATP binding site ...Activin types I and II receptor domain / Activin types I and II receptor domain / Ser/Thr protein kinase, TGFB receptor / Snake toxin-like superfamily / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Bone morphogenetic protein receptor type-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Chaikuad, A. / Thangaratnarajah, C. / Roos, A.K. / Filippakopoulos, P. / Salah, E. / Phillips, C. / Keates, T. / Fedorov, O. / Chalk, R. / Petrie, K. ...Chaikuad, A. / Thangaratnarajah, C. / Roos, A.K. / Filippakopoulos, P. / Salah, E. / Phillips, C. / Keates, T. / Fedorov, O. / Chalk, R. / Petrie, K. / Pike, A.C.W. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Weigelt, J. / Bountra, C. / Knapp, S. / Bullock, A. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2019
タイトル: Structural consequences of BMPR2 kinase domain mutations causing pulmonary arterial hypertension.
著者: Chaikuad, A. / Thangaratnarajah, C. / von Delft, F. / Bullock, A.N.
履歴
登録2009年1月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22018年1月31日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.32019年4月17日Group: Data collection / Derived calculations / Experimental preparation
カテゴリ: exptl_crystal_grow / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.pdbx_details / _exptl_crystal_grow.temp / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42019年12月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bone morphogenetic protein receptor type-2
B: Bone morphogenetic protein receptor type-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,89512
ポリマ－77,5512
非ポリマー1,34310
水2,198122
1
A: Bone morphogenetic protein receptor type-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,5097
ポリマ－38,7761
非ポリマー7346
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Bone morphogenetic protein receptor type-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,3855
ポリマ－38,7761
非ポリマー6104
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.540, 218.793, 44.187
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-82-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Bone morphogenetic protein receptor type-2 / Bone morphogenetic protein receptor type II / BMP type II receptor / BMPR-II


分子量: 38775.547 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 189-517, protein kinase domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BMPR2, PPH1 / プラスミド: pNIC-CH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-R3
参照: UniProt: Q13873, receptor protein serine/threonine kinase

-
非ポリマー , 5種, 132分子

#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 122 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.25 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.3M ammonium_sulfate, 25% w/v PEG 8000, 0.1M Cacodylate pH6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月7日 / 詳細: Dynamically bendable mirror
放射モノクロメーター: LN2 cooled fixed-exit Si(111) monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→47.35 Å / Num. all: 39276 / Num. obs: 39276 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル解像度: 2.35→2.47 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.677 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 5592 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0055精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2QLU

2qlu


解像度: 2.35→47.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 15.057 / SU ML: 0.171 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 2 / ESU R: 0.275 / ESU R Free: 0.219 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24649 1976 5 %RANDOM
Rwork0.20785 ---
obs0.20978 37363 99.92 %-
all-39276 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.827 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.56 Å20 Å20 Å2
2---1.67 Å20 Å2
3---2.22 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.47 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→47.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4910 0 82 122 5114
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0225114
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2951.9796907
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8695610
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.88323.373255
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.44815891
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.7791549
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.2744
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0213862
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5891.53033
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.09324888
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.81932081
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.394.52016
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
A275tight positional0.290.05
A483medium positional0.630.5
A57loose positional0.25
B275tight thermal0.660.5
B483medium thermal0.752
B57loose thermal0.6310
LS精密化 シェル解像度: 2.35→2.411 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.326 155 -
Rwork0.29 2683 -
obs--99.79 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.0131-2.9312-2.057912.07511.76447.16840.1993-0.5550.760.27570.0325-0.5908-0.94190.0545-0.23180.3113-0.0276-0.0490.0529-0.07820.256479.69975.41938.131
24.3056-0.9405-0.87898.8881-1.67347.02810.0094-0.16950.6630.0518-0.0473-0.6238-0.3084-0.13210.03790.3326-0.049-0.03660.0306-0.06590.428580.5672.28231.973
32.456-0.39090.0486.57671.4551.7440.0482-0.14520.4174-0.3288-0.18690.5207-0.3724-0.27230.13870.26450.0512-0.04390.054-0.02580.208869.44965.48826.603
411.84578.2804-4.06019.1157-3.80562.05060.0051-0.00510.6459-0.19110.0094-0.2835-0.2561-0.1731-0.01450.38110.07560.02630.11390.00030.379679.5380.34629.238
51.853-1.4159-0.04944.304-0.32141.40080.0621-0.27040.03020.40740.00560.1069-0.0505-0.0793-0.06780.2004-0.0560.02490.064-0.01250.023675.19854.93734.435
66.6188-1.29350.59934.08240.35651.53830.4550.31040.2518-0.5419-0.3590.40970.0293-0.1512-0.0960.2918-0.0071-0.04220.071-0.01170.100767.44959.2821.004
74.0372-0.29291.95724.8949-0.40226.17980.01630.15180.2097-0.1929-0.1795-0.0829-0.5317-0.07360.16330.24950.01460.02460.023-0.01530.101974.66158.8526.947
86.81261.9568-0.32917.195.42757.08480.27680.31970.2923-0.8889-0.2521-0.5394-0.28730.1042-0.02470.39240.09340.17190.1670.1190.210786.01351.94618.317
90.0066-0.0365-0.14280.61892.30029.4417-0.04580.0313-0.0024-0.3443-0.11050.1201-0.74510.20.15641.12080.1566-0.08730.6366-0.03790.354777.15350.9637.763
101.8267-1.88210.01023.7425-1.56794.3810.1320.0426-0.1428-0.1969-0.0569-0.11530.1259-0.045-0.07510.2548-0.0414-0.01960.02890.0030.138179.5745.70927.168
115.85142.4103-2.06310.1708-5.418411.9091-0.0151-0.5265-0.32660.7951-0.1911-0.94370.21870.53370.20620.17480.0301-0.0890.12530.03090.104888.73940.96838.567
129.3590.30582.02679.7336-0.97852.56570.34260.37770.1878-0.7282-0.2477-0.85770.19880.5605-0.09490.1750.05720.17360.1256-0.00440.220592.88345.80119.503
1318.4709-1.74794.55564.9444-1.523114.82490.008-0.5989-1.18910.0487-0.0287-0.05221.2264-0.31870.02070.2883-0.02470.00680.17670.07880.332785.41631.83132.825
142.3960.4029-1.24547.0821-2.01381.21050.05080.2121-0.6861-0.7007-0.29110.08980.3351-0.04280.24020.441-0.0111-0.09470.0996-0.05610.32676.78136.83523.516
153.01740.3755-2.576111.8814-8.274212.89030.0242-0.1315-0.47920.15230.11910.48410.4544-0.2197-0.14330.1582-0.0774-0.0090.0609-0.01550.264767.93738.85233.061
167.2354-4.8324-3.002514.4197-0.51378.8871-0.4425-0.0206-0.2241.0970.4120.42360.54250.04110.03050.336-0.078-0.03740.08150.04010.683455.448-12.20334.183
173.97130.2865-0.73838.99822.38981.5787-0.2185-0.0769-0.77940.86960.075-0.50250.91140.15190.14350.75150.09120.1560.04190.04651.359560.697-11.24528.48
181.83783.0543-1.42375.2671-3.28028.91240.41590.1515-1.02020.85680.1242-1.52360.59320.9677-0.54010.79730.2978-0.12410.2628-0.01892.02871.754-4.80630.67
197.44677.0295.259110.48154.7879.89790.1705-0.0818-0.08920.4483-0.4104-0.23090.41950.45830.23990.45440.0460.01170.0867-0.04610.678858.107-19.19726.42
200.81912.59220.01828.96171.17522.56330.1653-0.1281-0.43780.9587-0.295-1.06390.30990.17510.12980.4915-0.0306-0.00040.07330.20080.871462.4179.6835.243
2117.0494-4.26781.51563.2026-0.08670.70540.07430.24140.13180.02840.023-0.72070.3240.4409-0.09730.52710.08530.16860.3974-0.06890.863279.0071.06321.926
224.20172.88130.51029.81050.94313.67060.0407-0.0597-0.5454-0.01290.2577-0.50250.0248-0.4379-0.29840.3938-0.08220.07310.0850.01650.775759.8944.82728.951
232.8544-0.07761.94329.08193.16089.5968-0.1352-0.0614-0.53170.2857-0.0771-0.44270.34530.49050.21230.3598-0.05-0.00510.06410.07660.868665.0452.31429.308
246.3303-1.12360.52981.7354-1.12072.6287-0.15071.3529-0.6591-0.9987-0.021-0.64990.49030.43260.17170.9435-0.19620.30790.4446-0.28221.150865.1137.08311.432
252.79131.4037-0.66773.9195-0.07326.92-0.2870.0097-0.523-0.37460.184-0.3298-0.10560.250.1030.3865-0.0960.05950.03910.03440.724560.96814.89224.868
266.83643.99364.01946.43792.990810.6586-0.2296-0.46980.18940.0623-0.31950.7693-0.4144-0.62430.54910.24620.03580.02830.05330.0190.587749.21219.14930.37
2710.15652.98680.281610.0281-0.94587.8847-0.17871.0736-0.3427-1.17160.35250.0708-0.4124-0.212-0.17380.5138-0.0983-0.06150.1567-0.08350.440950.12314.00211.456
282.05212.63792.33975.56790.84244.986-0.5881-0.28490.4172-0.488-0.06810.3848-1.1717-0.41960.65620.611-0.1084-0.030.2977-0.04690.788555.15528.18327.165
291.33633.18690.93517.76382.27780.7179-0.55480.2377-0.1896-1.15670.4325-0.2461-0.39380.20860.12220.6412-0.23970.08860.3220.12411.056866.54322.07722.276
304.8897-4.5898-0.211614.71586.2186.607-0.1862-0.3413-0.32990.51930.14730.1817-0.10930.2780.03890.3453-0.17040.01840.14680.09460.462267.2526.65937.422
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A198 - 211
2X-RAY DIFFRACTION2A212 - 238
3X-RAY DIFFRACTION3A239 - 259
4X-RAY DIFFRACTION4A260 - 273
5X-RAY DIFFRACTION5A274 - 319
6X-RAY DIFFRACTION6A320 - 336
7X-RAY DIFFRACTION7A337 - 376
8X-RAY DIFFRACTION8A377 - 387
9X-RAY DIFFRACTION9A388 - 398
10X-RAY DIFFRACTION10A399 - 422
11X-RAY DIFFRACTION11A423 - 435
12X-RAY DIFFRACTION12A436 - 461
13X-RAY DIFFRACTION13A462 - 468
14X-RAY DIFFRACTION14A469 - 493
15X-RAY DIFFRACTION15A494 - 509
16X-RAY DIFFRACTION16B200 - 213
17X-RAY DIFFRACTION17B214 - 245
18X-RAY DIFFRACTION18B246 - 264
19X-RAY DIFFRACTION19B265 - 279
20X-RAY DIFFRACTION20B280 - 316
21X-RAY DIFFRACTION21B317 - 332
22X-RAY DIFFRACTION22B333 - 342
23X-RAY DIFFRACTION23B343 - 356
24X-RAY DIFFRACTION24B357 - 399
25X-RAY DIFFRACTION25B400 - 421
26X-RAY DIFFRACTION26B422 - 440
27X-RAY DIFFRACTION27B441 - 458
28X-RAY DIFFRACTION28B459 - 470
29X-RAY DIFFRACTION29B471 - 498
30X-RAY DIFFRACTION30B499 - 513

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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