PDB-3g0t: Crystal structure of putative aspartate aminotransferase (NP_9054...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3g0t

タイトル

Crystal structure of putative aspartate aminotransferase (NP_905498.1) from Porphyromonas gingivalis W83 at 1.75 A resolution

要素

Putative aminotransferase

キーワード

TRANSFERASE / NP_905498.1 / putative aspartate aminotransferase / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2 / Aminotransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

transaminase activity / biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Porphyromonas gingivalis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2014
タイトル: Molecular characterization of novel pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzymes from the human microbiome.
著者: Fleischman, N.M. / Das, D. / Kumar, A. / Xu, Q. / Chiu, H.J. / Jaroszewski, L. / Knuth, M.W. / Klock, H.E. / Miller, M.D. / Elsliger, M.A. / Godzik, A. / Lesley, S.A. / Deacon, A.M. / Wilson, I.A. / Toney, M.D.

履歴

登録	2009年1月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年2月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2014年9月24日	Group: Database references
改定 1.3	2017年10月25日	Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence / software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.4	2019年7月24日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: software / struct_conn Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.5	2023年2月1日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3g0t.cif.gz	221.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3g0t.ent.gz	177.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3g0t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3g0t_validation.pdf.gz	647.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3g0t_full_validation.pdf.gz	654.3 KB	表示
XML形式データ	3g0t_validation.xml.gz	46 KB	表示
CIF形式データ	3g0t_validation.cif.gz	71.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g0/3g0t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g0/3g0t	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3uak-d 5vc2-d 6f93-d 1ix8-1 3pdx-1 3ele-1 6l1o-d 6tor-d 4w5k-d 6f77-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 391161

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative aminotransferase

B: Putative aminotransferase

ヘテロ分子

103 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	220.440, 54.970, 81.154
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

詳細

SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY SUPPORTS THE ASSIGNMENT OF A DIMER AS THE SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE.

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Putative aminotransferase 分子量: 50382.891 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Porphyromonas gingivalis (バクテリア) 株: W83 / 遺伝子: NP_905498.1, PG_1327 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q7MUZ3

-
非ポリマー , 5種, 1152分子

#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-PE4 / 2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG4000 / ヘプタエチレングリコ-ルモノエチルエ-テル分子量: 354.436 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₃₄O₈ / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1127 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

配列の詳細	THIS CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH ...THIS CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.58 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.1 詳細: NANODROP, 0.20M NaF, 20.0% PEG 3350, No Buffer pH 7.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.94645, 0.97967

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月12日 / 詳細: Adjustable focusing mirrors in K-B geometry

放射

モノクロメーター: Si(111) Double Crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.94645	1
2	0.97967	1

反射

解像度: 1.75→34.401 Å / Num. obs: 96949 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 6.5 % / R_merge(I) obs: 0.097 / R_sym value: 0.097 / Net I/σ(I): 5.515

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
1.75-1.8	1.9	0.396	1.7	9940	5324	0.396	73.9
1.8-1.84	3.7	0.47	1.5	22141	6005	0.47	84.4
1.84-1.9	4.3	0.378	1.9	28384	6642	0.378	95.9
1.9-1.96	5.3	0.305	2.4	35450	6670	0.305	98.9
1.96-2.02	6.3	0.261	2.8	41171	6529	0.261	99.9
2.02-2.09	6.7	0.208	3.5	42419	6376	0.208	99.9
2.09-2.17	6.9	0.18	4	42113	6112	0.18	100
2.17-2.26	7.2	0.154	4.6	42818	5933	0.154	100
2.26-2.36	7.7	0.144	4.8	43445	5663	0.144	100
2.36-2.47	7.7	0.123	5.6	42077	5486	0.123	100
2.47-2.61	7.7	0.109	6.3	39824	5190	0.109	100
2.61-2.77	7.7	0.096	6.9	37882	4926	0.096	100
2.77-2.96	7.7	0.092	6.9	35815	4635	0.092	100
2.96-3.2	7.7	0.084	7.3	33411	4319	0.084	100
3.2-3.5	7.7	0.078	7.6	31237	4040	0.078	100
3.5-3.91	7.7	0.073	8	27985	3636	0.073	100
3.91-4.52	7.7	0.061	9.9	24694	3224	0.061	100
4.52-5.53	7.5	0.064	8.7	20881	2767	0.064	100
5.53-7.83	7.4	0.058	10.9	16232	2192	0.058	100
7.83-34.401	6.8	0.068	6.8	8726	1280	0.068	98.8

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0053	精密化
PHENIX		精密化
SHELX		位相決定
MolProbity	3beta29	モデル構築
SCALA	3.2.5	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
MAR345	CCD	データ収集
MOSFLM		データ削減
SHELXD		位相決定
autoSHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.75→34.401 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.972 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.958 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.15 / SU B: 4.162 / SU ML: 0.059 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.095 / ESU R Free: 0.094
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORDS CONTAIN RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.171	4788	5 %	RANDOM
R_work	0.137	-	-	-
obs	0.139	96109	95.59 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 60.89 Å² / B_iso mean: 16.524 Å² / B_iso min: 2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.48 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.53 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→34.401 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6902	0	97	1127	8126

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	7425
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	5274
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.647	1.984	10023
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.971	3	12827
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.563	5	954
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.073	23.904	356
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.293	15	1335
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.406	15	57
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.109	0.2	1065
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	8295
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1550
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.19	2	4464
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.285	2	1822
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.008	4	7209
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.491	6	2961
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.963	8	2773

LS精密化シェル

解像度: 1.75→1.795 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.257	247	-
R_work	0.229	4961	-
all	-	5208	-
obs	-	-	71.4 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2859	-0.1422	0.2082	0.4075	-0.179	0.5241	-0.0389	0.0427	-0.0127	0.0179	0.0383	0.0008	0.0245	0.0305	0.0005	0.0272	-0.0142	-0.0052	0.0266	-0.0077	0.0617	42.411	13.111	68.912
2	0.4214	-0.0816	0.2822	0.2842	-0.0656	0.6806	0.0783	-0.0525	-0.0105	-0.0315	-0.0507	0.0135	0.0465	-0.0178	-0.0275	0.055	-0.0296	-0.0011	0.0346	-0.0057	0.0716	17.52	12.226	42.222

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	0 - 436
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	2 - 436

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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