[日本語] English
万見
- PDB-3fzy: Crystal Structure of Pre-cleavage Form of Cysteine Protease Domai... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fzy
タイトルCrystal Structure of Pre-cleavage Form of Cysteine Protease Domain from Vibrio cholerae RtxA Toxin
要素RTX toxin RtxA
キーワードTOXIN / RtxA toxin / CPD / Cysteine Protease Domain / Pre-cleavage form / idp00167 / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


CoA-dependent peptidyl-lysine N6-palmitoyltransferase activity / 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成） / host cell cytosol / ligase activity / cysteine-type peptidase activity / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / actin filament organization / toxin activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / lipid binding ...CoA-dependent peptidyl-lysine N6-palmitoyltransferase activity / 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成） / host cell cytosol / ligase activity / cysteine-type peptidase activity / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / actin filament organization / toxin activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / lipid binding / host cell plasma membrane / proteolysis / extracellular region / ATP binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
MARTX cysteine protease (CPD) domain / Actin cross-linking domain / Actin cross-linking domain / Actin cross-linking (ACD) domain profile. / : / C-terminal repeat from RTX toxins / : / RtxA toxin / RtxA repeat / Dermonecrotic/RTX toxin, membrane localization domain ...MARTX cysteine protease (CPD) domain / Actin cross-linking domain / Actin cross-linking domain / Actin cross-linking (ACD) domain profile. / : / C-terminal repeat from RTX toxins / : / RtxA toxin / RtxA repeat / Dermonecrotic/RTX toxin, membrane localization domain / Membrane Localization Domain / CGT/MARTX, cysteine protease (CPD) domain / CGT/MARTX, cysteine protease (CPD) domain superfamily / Peptidase C80 family / CGT/MARTX cysteine protease (CPD) domain profile. / Serralysin-like metalloprotease, C-terminal / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / Multifunctional-autoprocessing repeats-in-toxin
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Shuvalova, L. / Minasov, G. / Prochazkova, K. / Satchell, K.J.F. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Structural and molecular mechanism for autoprocessing of MARTX toxin of Vibrio cholerae at multiple sites
著者: Prochazkova, K. / Shuvalova, L.A. / Minasov, G. / Voburka, Z. / Anderson, W.F. / Satchell, K.J.
履歴
登録2009年1月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32020年10月14日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _struct_ref_seq_dif.details ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42021年10月20日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: RTX toxin RtxA
B: RTX toxin RtxA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,45717
ポリマ－51,1022
非ポリマー1,35615
水5,639313
1
A: RTX toxin RtxA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,24615
ポリマ－25,5511
非ポリマー69514
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: RTX toxin RtxA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,2112
ポリマ－25,5511
非ポリマー6601
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.055, 66.373, 137.958
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 RTX toxin RtxA


分子量: 25550.953 Da / 分子数: 2 / 断片: sequence database residues 3440-3650 / 変異: C3568S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 株: N16961 / 遺伝子: rtxA, VC_1451 / プラスミド: pMCSG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-DE3 / 参照: UniProt: Q9KS12
#2: 化合物 ChemComp-IHP / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / MYO-INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / INOSITOL 1,2,3,4,5,6-HEXAKISPHOSPHATE / フィチン酸


分子量: 660.035 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H18O24P6
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 12 / 由来タイプ: 合成
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 313 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.38 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: The PEGs II Suite, condition 72 mixed 1:1 v/v with 7.3mg/mL protein, 0.3M NaCl, 0.5mM InsP6, 10mM Tris-HCl (pH 7.4), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K, pH 8.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年9月11日 / 詳細: beryllium lenses
放射モノクロメーター: single diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→25 Å / Num. all: 32396 / Num. obs: 32396 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 33.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076
反射 シェル解像度: 1.95→1.98 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.448 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 1524 / % possible all: 95.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceMaxデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0051精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3EEB

3eeb


解像度: 1.95→23.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 8.849 / SU ML: 0.113 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL
Isotropic thermal model: Individual Atomic Isotropic Refinement
交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.175 / ESU R Free: 0.155 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21616 1584 5 %RANDOM
Rwork0.16893 ---
all0.1713 29932 --
obs0.1713 29932 99.62 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.053 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.94 Å20 Å20 Å2
2---3.42 Å20 Å2
3---0.48 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→23.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3274 0 85 313 3672
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0213635
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022328
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6961.9444980
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.96635734
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.5565474
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.73926.064188
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.97115599
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.9791517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.2535
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.024234
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02683
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2591.52259
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.4071.5931
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.06223646
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.23731376
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.7734.51334
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.257 109 -
Rwork0.22 2139 -
obs-2139 98.12 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.3935-0.4255-0.93052.97840.6772.00450.09990.36550.2322-0.45770.09830.0997-0.0867-0.1459-0.19820.1146-0.0325-0.05020.06010.05470.06515.739814.397519.1682
24.29421.0321-1.78962.5253-0.28614.64460.0754-0.05140.15220.02810.02160.2279-0.298-0.1343-0.0970.05660.0075-0.03640.01970.0290.116613.952428.58433.151
31.50770.21810.03132.04530.16661.3550.0041-0.00270.0820.07110.11910.0395-0.04130.0239-0.12320.0283-0.0021-0.02040.00860.00640.045120.229117.207332.9826
43.23430.55570.75042.42490.1561.7447-0.136-0.0473-0.02020.04210.1353-0.01330.1538-0.00110.00080.05170.0045-0.0240.00980.00250.028521.35394.727932.7359
51.4937-0.038-0.56662.20290.36680.8126-0.1236-0.0116-0.02520.12710.11390.45630.1269-0.17040.00970.0382-0.0202-0.00480.07730.060.14616.80658.64134.504
61.9998-1.2764-0.74262.33871.07212.93840.09910.11620.6631-0.42560.2045-0.6501-0.52230.3494-0.30360.1669-0.14870.09880.1753-0.02820.26438.40276.09875.4175
73.6211-2.3417-1.58672.42871.52834.27320.39070.56010.6887-0.793-0.1789-0.5489-0.74360.0033-0.21180.393-0.07340.13030.16560.09310.160334.69716.4231-2.3768
83.0781-1.7279-0.443.18680.5882.5612-0.07670.1015-0.0245-0.27650.1388-0.0238-0.1450.0194-0.06210.0634-0.06480.0220.1259-0.04580.018732.2249-6.0075.0134
97.3156-0.2207-1.23554.756-0.2630.9761-0.10260.2956-0.3513-0.47420.03020.1844-0.0635-0.02650.07240.0831-0.06760.01120.1935-0.10020.067231.4256-12.2556-0.667
103.6562-0.4461-0.0914.56661.07191.74810.03830.07150.3895-0.26980.169-0.66740.0150.5496-0.20730.0519-0.04340.09280.2966-0.13880.223548.8732-5.90244.2306
119.1384-0.86882.35799.2878-2.35881.10360.0514-0.03860.03890.46050.10920.7096-0.0937-0.036-0.16060.02390.00520.03610.00390.01370.06757.013918.755438.7037
123.8099-5.8398-1.38389.78221.10751.73990.16780.11510.1593-0.1194-0.1242-0.2541-0.2194-0.0899-0.04350.0694-0.04640.05030.1156-0.04440.059647.4339-2.7661-4.3002
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3419 - 3444
2X-RAY DIFFRACTION2A3445 - 3455
3X-RAY DIFFRACTION3A3456 - 3521
4X-RAY DIFFRACTION4A3522 - 3559
5X-RAY DIFFRACTION5A3560 - 3634
6X-RAY DIFFRACTION6B3424 - 3473
7X-RAY DIFFRACTION7B3474 - 3517
8X-RAY DIFFRACTION8B3518 - 3579
9X-RAY DIFFRACTION9B3580 - 3598
10X-RAY DIFFRACTION10B3599 - 3634
11X-RAY DIFFRACTION11A8000
12X-RAY DIFFRACTION12B8001

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る