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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3fzj | ||||||
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タイトル | TsaR low resolution crystal structure, tetragonal form | ||||||
要素 | LysR type regulator of tsaMBCD | ||||||
キーワード | Transcription regulator / LysR-type / transcriptional regulator / TsaR / LTTR / wHTH | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Comamonas testosteroni (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 7.1 Å | ||||||
データ登録者 | Monferrer, D. / Tralau, T. / Kertesz, M.A. / Dix, I. / Kikhney, A.G. / Svergun, D.I. / Uson, I. | ||||||
引用 | ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2010 タイトル: Structural studies on the full-length LysR-type regulator TsaR from Comamonas testosteroni T-2 reveal a novel open conformation of the tetrameric LTTR fold 著者: Monferrer, D. / Tralau, T. / Kertesz, M.A. / Dix, I. / Sola, M. / Uson, I. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2008 タイトル: High crystallizability under air-exclusion conditions of the full-length LysR-type transcriptional regulator TsaR from Comamonas testosteroni T-2 and data-set analysis for a MIRAS ...タイトル: High crystallizability under air-exclusion conditions of the full-length LysR-type transcriptional regulator TsaR from Comamonas testosteroni T-2 and data-set analysis for a MIRAS structure-solution approach 著者: Monferrer, D. / Tralau, T. / Kertesz, M.A. / Panjikar, S. / Uson, I. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3fzj.cif.gz | 536.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3fzj.ent.gz | 446 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3fzj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3fzj_validation.pdf.gz | 448.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3fzj_full_validation.pdf.gz | 490.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3fzj_validation.xml.gz | 61.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3fzj_validation.cif.gz | 88.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fz/3fzj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fz/3fzj | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33643.727 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Comamonas testosteroni (バクテリア) 株: T-2 / 遺伝子: tsar / プラスミド: PQE-70 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M10 / 参照: UniProt: P94678 配列の詳細 | THE SEQUENCE OF DATABASE UNIPROTKB/TREMBL P94678 (P94678_COMTE) HAS A SEQUENCING ERROR.THE ...THE SEQUENCE OF DATABASE UNIPROTKB/TREMBL P94678 (P94678_COMTE) HAS A SEQUENCING | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 5.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.42 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / pH: 8.5 詳細: 2M Ammonium phosphate, 0.1M Tris-HCl, pH 8.5, microbatch under oil, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.9326 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月27日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9326 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 7→49.57 Å / Num. all: 11860 / Num. obs: 11779 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 7.73 % / Rmerge(I) obs: 0.1089 / Rsym value: 0.0492 / Net I/σ(I): 17.09 |
反射 シェル | 解像度: 7→7.1 Å / 冗長度: 8.15 % / Rmerge(I) obs: 0.6625 / Mean I/σ(I) obs: 2.74 / Num. unique all: 480 / Rsym value: 0.3896 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 3FXQ 解像度: 7.1→42.34 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 /
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原子変位パラメータ | Biso max: 46.03 Å2 / Biso mean: 15.571 Å2 / Biso min: 2.58 Å2 | ||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 7.1→42.34 Å
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