PDB-3fz8: Crystal structure of glutamate decarboxylase beta from Escherichi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3fz8

タイトル

Crystal structure of glutamate decarboxylase beta from Escherichia coli: reduced Schiff base with PLP

要素

Glutamate decarboxylase beta

キーワード

LYASE / Glutamate decarboxylase / reduced form / Decarboxylase / Membrane / Pyridoxal phosphate

機能・相同性

機能・相同性情報

glutamate decarboxylase / glutamate decarboxylase activity / intracellular pH elevation / glutamate catabolic process / pyridoxal phosphate binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli K-12 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Malashkevich, V.N. / De Biase, D. / Bossa, F.

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of glutamate decarboxylase beta from Escherichia coli: reduced Schiff base with PLP
著者: Malashkevich, V.N. / De Biase, D. / Bossa, F.

履歴

登録	2009年1月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年2月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3fz8.cif.gz	514.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3fz8.ent.gz	440.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3fz8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fz/3fz8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fz/3fz8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3fz6 3fz7
類似構造データ	3fz7-d 3fz6-d 2dgk-d 3hbx-d 1xey-1 5txv-1 1pmo-d 5txv-4 2dgm-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Glutamate decarboxylase beta

B: Glutamate decarboxylase beta

C: Glutamate decarboxylase beta

D: Glutamate decarboxylase beta

E: Glutamate decarboxylase beta

F: Glutamate decarboxylase beta

ヘテロ分子

318 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	116.896, 116.894, 208.586
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	145
Space group name H-M	P3₂

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E
6	1	F

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine code: 1 / Auth seq-ID: -9999 - 9999 / Label seq-ID: -9999 - 9999

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B
3	C	C
4	D	D
5	E	E
6	F	F

#1: タンパク質	Glutamate decarboxylase beta / GAD-beta 分子量: 52727.957 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: b1493, gadB, JW1488 / プラスミド: PQE60 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: P69910, glutamate decarboxylase
#2: 化合物	ChemComp-PLR / (5-HYDROXY-4,6-DIMETHYLPYRIDIN-3-YL)METHYL DIHYDROGEN PHOSPHATE / 4'-DEOXYPYRIDOXINE PHOSPHATE / 5-(ホスホノオキシメチル)-2,4-ジメチル-3-ピリジノ-ル分子量: 233.158 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₂NO₅P
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.7 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6 詳細: 2.0 M Ammonium sulfate, 0.1 M Tris-HCl, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, Hamburg / ビームライン: BW7B / 波長: 0.9791 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年10月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→20 Å / Num. obs: 63606 / % possible obs: 95.41 %

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
MAR345		データ収集
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3→19.88 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.932 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.853 / WR_factor R_free: 0.206 / WR_factor R_work: 0.139 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.861 / SU B: 40.481 / SU ML: 0.327 / SU R Cruickshank DPI: 0.325 / SU R_free: 0.455 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.455 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. U VALUES: RESIDUAL ONLY.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.237	3072	5.1 %	RANDOM
R_work	0.165	-	-	-
obs	0.169	60684	95.41 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 72.48 Å² / B_iso mean: 12.472 Å² / B_iso min: 2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.01 Å²	0.01 Å²	0 Å²
2-	-	0.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→19.88 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	21835	0	90	60	21985

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	22489
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.496	1.956	30497
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.271	5	2741
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.17	23.974	1092
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.143	15	3718
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.463	15	152
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.099	0.2	3185
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	17470
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.002	1.5	13669
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.235	20	21950
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	8.743	20	8820
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.288	4.5	8547

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 3631 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
A	TIGHT POSITIONAL	0.29	5
B	TIGHT POSITIONAL	0.27	5
C	TIGHT POSITIONAL	0.29	5
D	TIGHT POSITIONAL	0.28	5
E	TIGHT POSITIONAL	0.4	5
F	TIGHT POSITIONAL	0.29	5
A	TIGHT THERMAL	3.21	10
B	TIGHT THERMAL	2.96	10
C	TIGHT THERMAL	3.19	10
D	TIGHT THERMAL	3.05	10
E	TIGHT THERMAL	3.45	10
F	TIGHT THERMAL	2.94	10

LS精密化シェル

解像度: 3→3.076 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.373	208	-
R_work	0.265	4273	-
all	-	4481	-
obs	-	-	96.3 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.465	-0.0296	-0.1297	0.8414	0.1955	0.5724	0.0181	0.0117	-0.0198	-0.0401	0.0714	-0.1275	0.0805	0.0995	-0.0895	0.0443	0.0301	-0.0323	0.0331	-0.0404	0.0554	30.5409	-17.9361	-5.6904
2	0.73	-0.0595	0.2061	0.4762	-0.1969	0.6479	0.0553	-0.0632	-0.0844	0.1199	-0.0029	-0.0595	0.1412	0.0585	-0.0524	0.1299	0.0181	-0.0586	0.0159	0.0005	0.0326	12.6378	-29.8846	12.7026
3	0.4416	-0.1313	0.2872	0.6659	0.1088	0.7123	-0.0067	-0.0583	-0.0112	0.0314	0.0186	0.0433	0.0128	-0.1064	-0.012	0.0126	-0.0085	0.0027	0.024	0.0034	0.0035	-24.8784	-14.7485	-12.6442
4	0.6531	0.2601	-0.2893	0.5005	0.1482	0.5099	0.0438	-0.0478	0.0776	0.0781	-0.0532	0.106	0.028	-0.1003	0.0094	0.0148	-0.0082	0.0172	0.0592	-0.0081	0.0238	-30.6473	4.499	8.041
5	0.5997	0.1863	0.0422	0.5036	-0.0262	0.5092	0.0303	0.018	0.01	-0.0231	-0.0315	0.0278	-0.0723	0.0544	0.0012	0.026	-0.0054	-0.0039	0.0087	-0.0011	0.002	5.3713	31.9418	-7.8638
6	0.3234	-0.115	0.1493	0.7025	0.1692	0.6279	0.007	-0.0071	0.0157	-0.0064	0.037	-0.0847	-0.0402	0.052	-0.044	0.013	-0.0113	0.0069	0.0114	-0.0097	0.0132	20.8959	25.2825	14.6224

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	12 - 466
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	500
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	4 - 466
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	500
5	X-RAY DIFFRACTION	3	C	12 - 466
6	X-RAY DIFFRACTION	3	C	500
7	X-RAY DIFFRACTION	4	D	12 - 466
8	X-RAY DIFFRACTION	4	D	500
9	X-RAY DIFFRACTION	5	E	3 - 466
10	X-RAY DIFFRACTION	5	E	500
11	X-RAY DIFFRACTION	5	E	467 - 527
12	X-RAY DIFFRACTION	6	F	12 - 466
13	X-RAY DIFFRACTION	6	F	500

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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