PDB-3fz7: Crystal structure of apo glutamate decarboxylase beta from Escher...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3fz7

タイトル

Crystal structure of apo glutamate decarboxylase beta from Escherichia coli

要素

Glutamate decarboxylase beta

キーワード

LYASE / Glutamate decarboxylase / apo / Decarboxylase / Membrane / Pyridoxal phosphate

機能・相同性

機能・相同性情報

glutamate decarboxylase / glutamate decarboxylase activity / intracellular pH elevation / L-glutamate catabolic process / pyridoxal phosphate binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli K-12 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Malashkevich, V.N. / De Biase, D. / Bossa, F.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of apo glutamate decarboxylase beta from Escherichia coli
著者: Malashkevich, V.N. / De Biase, D. / Bossa, F.

履歴

登録	2009年1月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年2月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3fz7.cif.gz	549.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3fz7.ent.gz	452 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3fz7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3fz7_validation.pdf.gz	484.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3fz7_full_validation.pdf.gz	520.2 KB	表示
XML形式データ	3fz7_validation.xml.gz	101.9 KB	表示
CIF形式データ	3fz7_validation.cif.gz	145.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fz/3fz7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fz/3fz7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3fz6 3fz8
類似構造データ	3fz8-d 3fz6-d 3hbx-d 2dgk-d 1xey-1 1pmo-d 5txv-1 2dgm-d 2zc8-1 2ggg-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Glutamate decarboxylase beta

B: Glutamate decarboxylase beta

C: Glutamate decarboxylase beta

D: Glutamate decarboxylase beta

E: Glutamate decarboxylase beta

F: Glutamate decarboxylase beta

ヘテロ分子

317 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	115.564, 115.564, 206.561
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	145
Space group name H-M	P3₂

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	B
2	1	C
3	1	D
4	1	E
5	1	F
6	1	G

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine code: 1 / Auth seq-ID: -9999 - 9999 / Label seq-ID: -9999 - 9999

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	B	B
2	C	C
3	D	D
4	E	E
5	F	F
6	G	G

#1: タンパク質	Glutamate decarboxylase beta / GAD-beta 分子量: 52727.957 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: b1493, gadB, JW1488 / プラスミド: PQE60 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: P69910, glutamate decarboxylase
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 998 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.13 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6 詳細: 2.0 M Ammonium sulfate, 0.1 M Tris-HCl, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.9791 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年10月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→25 Å / Num. obs: 106626 / % possible obs: 98.81 %

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
MAR345		データ収集
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.5→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.903 / WR_factor R_free: 0.206 / WR_factor R_work: 0.142 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.863 / SU B: 17.245 / SU ML: 0.176 / SU R Cruickshank DPI: 0.627 / SU R_free: 0.27 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.627 / ESU R Free: 0.27 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. U VALUES: RESIDUAL ONLY.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.222	5253	5 %	RANDOM
R_work	0.151	-	-	-
obs	0.154	105257	98.81 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 87.52 Å² / B_iso mean: 15.801 Å² / B_iso min: 2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.05 Å²	0.03 Å²	0 Å²
2-	-	0.05 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.08 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	21817	0	30	998	22845

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	22405
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.694	1.952	30377
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.594	5	2739
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.5	23.963	1090
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.829	15	3714
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.686	15	152
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.11	0.2	3183
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	17394
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.439	1.5	13659
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.78	20	21934
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	9.622	20	8746
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.243	4.5	8443

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 3607 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
A	TIGHT POSITIONAL	0.34	5
B	TIGHT POSITIONAL	0.3	5
C	TIGHT POSITIONAL	0.38	5
D	TIGHT POSITIONAL	0.32	5
E	TIGHT POSITIONAL	0.35	5
F	TIGHT POSITIONAL	0.34	5
A	TIGHT THERMAL	3.63	10
B	TIGHT THERMAL	3.49	10
C	TIGHT THERMAL	3.67	10
D	TIGHT THERMAL	3.61	10
E	TIGHT THERMAL	4.31	10
F	TIGHT THERMAL	3.03	10

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.56 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.291	366	-
R_work	0.197	7211	-
all	-	7577	-
obs	-	-	97.2 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3449	-0.0514	-0.1545	0.2748	0.0399	0.3463	0.0405	0.0189	0.0563	-0.0208	0.027	-0.0219	-0.029	0.0511	-0.0675	0.006	-0.0029	0.0106	0.0254	-0.0191	0.0318	30.2262	17.4531	-5.7648
2	0.2455	0.1218	0.1685	0.231	0.0412	0.3139	0.0194	-0.0259	-0.013	0.0571	0.0196	-0.0373	0.031	0.0843	-0.0391	0.0195	0.0244	-0.0157	0.0732	-0.0268	0.014	31.9117	-4.1016	12.335
3	0.2083	-0.0398	-0.0486	0.2567	0.1793	0.3607	0.0104	-0.0158	0.0007	0.0414	-0.0071	0.0093	0.0797	-0.0225	-0.0033	0.0226	-0.0058	-0.0012	0.0036	0.0001	0.0009	0.2962	-28.8559	-12.4775
4	0.1782	-0.0821	-0.1457	0.5002	-0.0611	0.3177	-0.0362	-0.0029	-0.0213	0.0702	0.0046	0.0931	0.1021	-0.0254	0.0316	0.0613	-0.0145	0.0308	0.0052	-0.0039	0.0286	-19.1703	-24.0598	8.2757
5	0.2009	-0.0964	0.0915	0.3745	0.0331	0.3127	0.0316	0.0285	-0.0358	-0.0255	-0.0296	0.0209	-0.0224	-0.0085	-0.0021	0.0108	0.0093	-0.0055	0.0098	-0.003	0.0098	-24.8865	20.391	-7.7364
6	0.3488	-0.1125	-0.0286	0.2018	0.1245	0.3008	0.023	-0.0117	0.0334	-0.0198	0.0024	-0.0398	-0.0702	-0.0236	-0.0254	0.0201	0.0063	0.007	0.0031	0.0002	0.0109	-11.6422	30.6387	14.719

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	B	12 - 466
2	X-RAY DIFFRACTION	1	B	467
3	X-RAY DIFFRACTION	2	C	4 - 466
4	X-RAY DIFFRACTION	2	C	467
5	X-RAY DIFFRACTION	3	D	13 - 466
6	X-RAY DIFFRACTION	3	D	467
7	X-RAY DIFFRACTION	3	D	468 - 1465
8	X-RAY DIFFRACTION	4	E	12 - 466
9	X-RAY DIFFRACTION	4	E	467
10	X-RAY DIFFRACTION	5	F	3 - 466
11	X-RAY DIFFRACTION	5	F	467
12	X-RAY DIFFRACTION	6	A	13 - 466
13	X-RAY DIFFRACTION	6	A	467

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