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- PDB-3fyx: The Structure of OmpF porin with a synthetic dibenzo-18-crown-6 a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fyx
タイトルThe Structure of OmpF porin with a synthetic dibenzo-18-crown-6 as modulator
要素Outer membrane protein F
キーワードTRANSPORT PROTEIN / beta-barrel / ion-channel engineering / porin structure / synthetic ion-current modulator / crown ether / Cell membrane / Cell outer membrane / Ion transport / Membrane / Phage recognition / Porin / Transmembrane / Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


colicin transmembrane transporter activity / porin activity / pore complex / protein homotrimerization / monoatomic ion channel activity / monoatomic ion channel complex / lipopolysaccharide binding / cell outer membrane / disordered domain specific binding / protein transport ...colicin transmembrane transporter activity / porin activity / pore complex / protein homotrimerization / monoatomic ion channel activity / monoatomic ion channel complex / lipopolysaccharide binding / cell outer membrane / disordered domain specific binding / protein transport / monoatomic ion transmembrane transport / lipid binding / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Porin, gammaproteobacterial / Porin, Gram-negative type, conserved site / General diffusion Gram-negative porins signature. / Gram-negative porin / Porin domain, Gram-negative type / Porin, Gram-negative type / Porin / : / Porin domain superfamily / Porin ...Porin, gammaproteobacterial / Porin, Gram-negative type, conserved site / General diffusion Gram-negative porins signature. / Gram-negative porin / Porin domain, Gram-negative type / Porin, Gram-negative type / Porin / : / Porin domain superfamily / Porin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-451 / Outer membrane porin F
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Reitz, S. / Cebi, M. / Koert, U. / Essen, L.O.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2009
タイトル: On the function and structure of synthetically modified porins.
著者: Reitz, S. / Cebi, M. / Reiss, P. / Studnik, G. / Linne, U. / Koert, U. / Essen, L.O.
履歴
登録2009年1月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年6月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Outer membrane protein F
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,7443
ポリマ－37,0881
非ポリマー6562
水00
1
A: Outer membrane protein F
ヘテロ分子

A: Outer membrane protein F
ヘテロ分子

A: Outer membrane protein F
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,2329
ポリマ－111,2653
非ポリマー1,9676
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-y,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_455-x+y-1,-x,z1
Buried area10220 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area40060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)135.520, 135.520, 47.520
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number150
Space group name H-MP321

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要素

#1: タンパク質 Outer membrane protein F / Porin ompF / Outer membrane protein 1A / Outer membrane protein IA / Outer membrane protein B


分子量: 37088.215 Da / 分子数: 1 / 変異: K16C / 由来タイプ: 組換発現
詳細: mutation K16C introduced by site-directed mutagenesis
由来: (組換発現) Escherichia coli K12 (大腸菌) / 株: DH5-alpha / 遺伝子: b0929, cmlB, coa, cry, JW0912, ompF, tolF / プラスミド: pET-20b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) omp8 / 参照: UniProt: P02931
#2: 化合物 ChemComp-451 / N-(6,7,9,10,17,18,20,21-octahydrodibenzo[b,k][1,4,7,10,13,16]hexaoxacyclooctadecin-2-yl)acetamide / N-(Dibenzo-18-crown-6-ether)-acetamide / N-(6,7,9,10,17,18,20,21-オクタヒドロジベンゾ[b,k][1,4,7,10,13,16]ヘキサオ(以下略)


分子量: 417.452 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H27NO7
#3: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.79 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 0.2 M CaCl2, 48% PEG 400, 0.1 M Na-HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→44.36 Å / Num. all: 7096 / Num. obs: 6991 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): 0.6 / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.17 / Rsym value: 0.17 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル解像度: 3.4→3.6 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.274 / Mean I/σ(I) obs: 5 / Rsym value: 0.274 / % possible all: 97.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2OMF with K16 mutated to alanine

2omf


解像度: 3.4→44.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.83 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.765 / SU B: 37.337 / SU ML: 0.579 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.652 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29437 388 5.6 %RANDOM
Rwork0.2491 ---
obs0.25152 6601 98.45 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 54.37 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.55 Å20.77 Å20 Å2
2--1.55 Å20 Å2
3----2.32 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.4→44.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2624 0 45 0 2669
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0222728
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0218
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.31.9483687
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.005344
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5525339
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.84225146
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.69415397
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.5341511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2368
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.022180
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2270.21175
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1560.218
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3120.21798
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.1030.29
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1890.2117
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.240.2120
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2180.214
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4121.51685
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.74522614
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.73231204
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.0414.51073
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.4→3.488 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.403 30 -
Rwork0.324 459 -
obs--97.8 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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