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- PDB-3fyp: Crystal structure of the quadruple mutant (N23C/C246S/D247E/P249A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fyp
タイトルCrystal structure of the quadruple mutant (N23C/C246S/D247E/P249A) of 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate synthase (KDO8PS) from Neisseria meningitidis
要素3-deoxy-D-manno-octulosonic acid 8-phosphate synthetase
キーワードTRANSFERASE / MANNO-OCTULOSONATE / SYNTHASE / LIPOPOLYSACCHARIDE / KDOP / KDO8 KDOPS / KDO8PS / TIM BARREL / BIOSYNTHESIS / LYASE / Lipopolysaccharide biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase / 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase activity / keto-3-deoxy-D-manno-octulosonic acid biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase / DAHP synthetase I/KDSA / DAHP synthetase I family / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / PHOSPHOENOLPYRUVATE / 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
類似検索 - 構成要素
生物種Neisseria meningitidis serogroup B (髄膜炎菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Jameson, G.B. / Parker, E.J. / Cochrane, F.P. / Patchett, M.L.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Reversing evolution: re-establishing obligate metal ion dependence in a metal-independent KDO8P synthase
著者: Cochrane, F.C. / Cookson, T.V. / Jameson, G.B. / Parker, E.J.
履歴
登録2009年1月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年3月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-deoxy-D-manno-octulosonic acid 8-phosphate synthetase
B: 3-deoxy-D-manno-octulosonic acid 8-phosphate synthetase
C: 3-deoxy-D-manno-octulosonic acid 8-phosphate synthetase
D: 3-deoxy-D-manno-octulosonic acid 8-phosphate synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,44512
ポリマ－121,9214
非ポリマー5248
水10,629590
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12690 Å2
ΔGint-114 kcal/mol
Surface area35450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.781, 85.679, 163.828
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ILEILEILEILE5AA3 - 503 - 50
21ILEILEILEILE5BB3 - 503 - 50
31ILEILEILEILE5CC3 - 503 - 50
41ILEILEILEILE5DD3 - 503 - 50
12ILEILETHRTHR5AA77 - 19877 - 198
22ILEILETHRTHR5BB77 - 19877 - 198
32ILEILETHRTHR5CC77 - 19877 - 198
42ILEILETHRTHR5DD77 - 19877 - 198
13ASPASPPHEPHE6AA220 - 234220 - 234
23ASPASPPHEPHE6BB220 - 234220 - 234
33ASPASPPHEPHE6CC220 - 234220 - 234
43ASPASPPHEPHE6DD220 - 234220 - 234
14GLUGLUGLNGLN5AA258 - 274258 - 274
24GLUGLUGLNGLN5BB258 - 274258 - 274
34GLUGLUGLNGLN5CC258 - 274258 - 274
44GLUGLUGLNGLN5DD258 - 274258 - 274

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
3-deoxy-D-manno-octulosonic acid 8-phosphate synthetase / 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase / Phospho-2-dehydro-3-deoxyoctonate aldolase / KDO-8- ...2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase / Phospho-2-dehydro-3-deoxyoctonate aldolase / KDO-8-phosphate synthetase / KDO 8-P synthase / KDOPS


分子量: 30480.291 Da / 分子数: 4 / 変異: N23C, C246S, D247E, P249A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Neisseria meningitidis serogroup B (髄膜炎菌)
遺伝子: kdsA, NMB1283 / プラスミド: pT7-7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9JZ55, 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase

-
非ポリマー , 6種, 598分子

#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-PEP / PHOSPHOENOLPYRUVATE


分子量: 168.042 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5O6P
#6: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 590 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.74 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.4
詳細: 27.7 mg/mL protein mixed 1:1 with reservoir liquor containing 100 mM NaOAc (pH 5.0), 2 mM PEP, 850 microM MnSO4 and 2.0 M NaCl. Immediately prior to data collection, crystals were harvested ...詳細: 27.7 mg/mL protein mixed 1:1 with reservoir liquor containing 100 mM NaOAc (pH 5.0), 2 mM PEP, 850 microM MnSO4 and 2.0 M NaCl. Immediately prior to data collection, crystals were harvested and soaked briefly in cryoprotectant solution, comprising 20% glycerol and the resevoir solution, vapor diffusion, hanging drop, temperature 297K, pH 5.4

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年1月1日 / 詳細: Osmic blue optic
放射モノクロメーター: Osmic blue optic / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→37.96 Å / Num. all: 98477 / Num. obs: 98477 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.88 % / Biso Wilson estimate: 31.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Χ2: 0.91 / Net I/σ(I): 14.1 / Scaling rejects: 17788
反射 シェル解像度: 1.85→1.92 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.343 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. measured all: 47031 / Num. unique all: 9740 / Χ2: 1.24 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
CrystalClearデータ収集
d*TREKデータ削減
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2QKF

2qkf


解像度: 1.85→37.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / WRfactor Rfree: 0.245 / WRfactor Rwork: 0.203 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / FOM work R set: 0.839 / SU B: 6.71 / SU ML: 0.091 / SU R Cruickshank DPI: 0.147 / SU Rfree: 0.141 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.147 / ESU R Free: 0.141 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES RESIDUAL ONLY. THESE CLOSE CONTACTS ARE A CONSEQUENCE OF UNRESOLVED DISORDER IN SIDE CHAINS AND/OR WATER MOLECULES. CLOSE WATER- ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES RESIDUAL ONLY. THESE CLOSE CONTACTS ARE A CONSEQUENCE OF UNRESOLVED DISORDER IN SIDE CHAINS AND/OR WATER MOLECULES. CLOSE WATER-WATER CONTACTS MAY BE ASCRIBED TO POORLY DEFINED GLYCEROL (CRYOPROTECTANT) SPECIES. PHI/PSI VALUES FOR RESIDUES 6 AND 229 ARE HIGHLY CONSERVED IN KDO8PS AND ARE LOCATED IN WELL-DEFINED ELECTRON DENSITY. RESIDES 56 AND 172 (CHAINS B AND C) LIE IN WELL-DEFINED ELECTRON DENSITY. OTHER RESIDUES WITH POOR PHI/PSI VALUES LIE IN REGIONS OF POOR DENSITY IN ILL-DEFINED LOOPS OR AT FRAYED BEGINNINGS AND ENDS OF MISSING LOOPS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.247 4964 5 %RANDOM
Rwork0.205 ---
all0.207 98469 --
obs0.207 98469 99.65 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 82.82 Å2 / Biso mean: 25.785 Å2 / Biso min: 6.93 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.47 Å20 Å20 Å2
2--0.3 Å20 Å2
3----0.77 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.141 Å0.147 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→37.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7786 0 27 590 8403
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0228154
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025468
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2571.98111071
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.628313517
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.84451072
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.81224.969326
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.417151455
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.7561531
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.21316
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0150.0219004
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.021533
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.87335174
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.31332112
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.96848381
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.44322980
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.66832663
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
A1048MEDIUM POSITIONAL0.170.5
B1048MEDIUM POSITIONAL0.330.5
C1048MEDIUM POSITIONAL0.20.5
D1048MEDIUM POSITIONAL0.30.5
A1309LOOSE POSITIONAL0.495
B1309LOOSE POSITIONAL0.685
C1309LOOSE POSITIONAL0.595
D1309LOOSE POSITIONAL0.775
A1048MEDIUM THERMAL3.573
B1048MEDIUM THERMAL2.973
C1048MEDIUM THERMAL3.63
D1048MEDIUM THERMAL2.813
A1309LOOSE THERMAL2.9810
B1309LOOSE THERMAL2.6310
C1309LOOSE THERMAL2.9910
D1309LOOSE THERMAL2.4710
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.471 387 -
Rwork0.435 6817 -
all-7204 -
obs-6817 99.93 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1836-0.17210.05140.23510.0530.4233-0.0199-0.02610.02930.00570.00540.01880.02-0.01990.01450.0465-0.01080.00910.07560.00280.032914.17614.88580.62
20.1457-0.1339-0.19940.23650.1270.30080.010.0295-0.012-0.0714-0.00590.015-0.0028-0.0869-0.00410.0679-0.0079-0.01110.09780.00030.020622.5478.38140.999
30.3686-0.6195-0.3211.60350.28290.5679-0.14850.0326-0.00540.34150.07950.05080.19790.06560.0690.16580.03530.00860.0135-0.00560.009737.511-11.33373.033
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1B1 - 279
2X-RAY DIFFRACTION2C1 - 277
3X-RAY DIFFRACTION3D1 - 277

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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