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- PDB-3fy7: Crystal structure of homo sapiens CLIC3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fy7
タイトルCrystal structure of homo sapiens CLIC3
要素Chloride intracellular channel protein 3
キーワードTRANSPORT PROTEIN / GST / GLUTATHIONE / CLIC / CHLORIDE CHANNEL / CHLORIDE INTRACEL / Chloride / Ion transport / Ionic channel / Nucleus / Transport / Voltage-gated channel
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-disulfide reductase (glutathione) activity / 酸化還元酵素; 含硫化合物に対し酸化酵素として働く / chloride transport / chloride channel activity / positive regulation of sprouting angiogenesis / chloride channel complex / extracellular matrix / nuclear body / signal transduction / extracellular exosome ...protein-disulfide reductase (glutathione) activity / 酸化還元酵素; 含硫化合物に対し酸化酵素として働く / chloride transport / chloride channel activity / positive regulation of sprouting angiogenesis / chloride channel complex / extracellular matrix / nuclear body / signal transduction / extracellular exosome / membrane / nucleus / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / CLIC-like N-terminal domain / Intracellular chloride channel / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. ...: / CLIC-like N-terminal domain / Intracellular chloride channel / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chloride intracellular channel protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Littler, D.R. / Curmi, P.M.G. / Breit, S.N. / Perrakis, A.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2010
タイトル: Structure of human CLIC3 at 2 A resolution
著者: Littler, D.R. / Brown, L.J. / Breit, S.N. / Perrakis, A. / Curmi, P.M.G.
履歴
登録2009年1月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年2月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chloride intracellular channel protein 3
B: Chloride intracellular channel protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,8376
ポリマ－56,4522
非ポリマー3844
水2,504139
1
A: Chloride intracellular channel protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,4183
ポリマ－28,2261
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: Chloride intracellular channel protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,4183
ポリマ－28,2261
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)48.289, 48.673, 60.154
Angle α, β, γ (deg.)69.11, 80.97, 74.80
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Chloride intracellular channel protein 3


分子量: 28226.191 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-230 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CLIC3 / プラスミド: pET-28-LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: O95833
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 139 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.39 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: SOLUTION (15 MG/ML PROTEIN IN 20 MM HEPES*NAOH, PH 7.5, 200MM NACL) PLUS 3UL OF RESERVOIR SOLUTION (1.05M NH4SO4,0.225M LISO4, 0.1M TRIS-HCL PH 8.5), DROP EQUILIBRATED AGAINST 1 ML RESERVOIR ...詳細: SOLUTION (15 MG/ML PROTEIN IN 20 MM HEPES*NAOH, PH 7.5, 200MM NACL) PLUS 3UL OF RESERVOIR SOLUTION (1.05M NH4SO4,0.225M LISO4, 0.1M TRIS-HCL PH 8.5), DROP EQUILIBRATED AGAINST 1 ML RESERVOIR SOLUTION , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.95→28.3 Å / Num. obs: 33742 / % possible obs: 94 % / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 24.86 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Rsym value: 0.122 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル解像度: 1.95→2.06 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.464 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 4518 / Rsym value: 0.656 / % possible all: 86.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
AMoRE位相決定
REFMAC5.5.0066精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2AHE

2ahe


解像度: 1.95→28.03 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.927 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.876 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 12.488 / SU ML: 0.162 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.218 / ESU R Free: 0.198 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.287 1697 5 %RANDOM
Rwork0.231 32041 --
obs0.234 33738 93.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 45.85 Å2 / Biso mean: 13.401 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.06 Å2-0.04 Å20.08 Å2
2---0.08 Å2-0.07 Å2
3---0.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→28.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3504 0 20 139 3663
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0213670
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0511.984985
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.7565444
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.85923.149181
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.14915611
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.2251532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.2544
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0212832
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5651.52238
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.95423610
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.68731432
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.6084.51375
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.346 109 -
Rwork0.312 1982 -
all-2091 -
obs--79.23 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.23610.4831-0.63161.9710.08053.0042-0.04740.3474-0.1842-0.17810.0804-0.1044-0.01740.0186-0.0330.04460.0051-0.01530.0822-0.01880.0785-0.2838-3.0950.8743
22.63630.0884-0.32662.19940.84293.34320.1482-0.16850.17140.04550.0034-0.0159-0.1755-0.131-0.15160.03880.01660.00690.07470.02820.0615-21.58055.313217.6392
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-17 - 230
2X-RAY DIFFRACTION2B-17 - 230

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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