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- PDB-3fy3: Crystal structure of truncated hemolysin A from P. mirabilis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fy3
タイトルCrystal structure of truncated hemolysin A from P. mirabilis
要素Hemolysin
キーワードTOXIN / beta helix / hemolysin / solenoid / two partner secretion / Cell membrane / Cell outer membrane / Cytolysis / Hemolysis / Membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


catalytic activity / cell outer membrane / toxin activity / killing of cells of another organism
類似検索 - 分子機能
Hemagglutinin repeat / Hemagglutinin repeat / Filamentous haemagglutinin FhaB/tRNA nuclease CdiA-like, TPS domain / TPS secretion domain / haemagglutination activity domain / Single-stranded right-handed beta-helix, Pectin lyase-like / Pectate Lyase C-like / Pectin lyase fold / Pectin lyase fold/virulence factor / 3 Solenoid / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Proteus mirabilis (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Weaver, T.M. / Thompson, J.R. / Bailey, L.J. / Wawrzyn, G.T. / Hocking, J.M. / Howard, D.R.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Structural and functional studies of truncated hemolysin A from Proteus mirabilis.
著者: Weaver, T.M. / Hocking, J.M. / Bailey, L.J. / Wawrzyn, G.T. / Howard, D.R. / Sikkink, L.A. / Ramirez-Alvarado, M. / Thompson, J.R.
履歴
登録2009年1月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年6月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemolysin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,6501
ポリマ－24,6501
非ポリマー00
水00
1
A: Hemolysin

A: Hemolysin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,3002
ポリマ－49,3002
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area1420 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area18570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.273, 119.528, 34.199
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
詳細1

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要素

#1: タンパク質 Hemolysin


分子量: 24650.242 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 30-265 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Proteus mirabilis (バクテリア) / 遺伝子: hpmA / プラスミド: pLB265 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: P16466
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.28 %
結晶化温度: 286 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.8 M Na/KH2PO4, 0.1 M HEPES pH 7.5 , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 286K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年1月2日 / 詳細: Varimax optics
放射モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→56 Å / Num. obs: 22150 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 17.4 % / Rmerge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 13.9
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 17.2 % / Rmerge(I) obs: 0.503 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1rwr

1rwr


解像度: 1.8→40.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 4.849 / SU ML: 0.076 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.113 / ESU R Free: 0.118 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20283 585 2.6 %RANDOM
Rwork0.1493 ---
obs0.15063 21597 99.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.092 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.23 Å20 Å20 Å2
2---0.5 Å20 Å2
3---0.27 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→40.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1726 0 0 0 1726
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0211990
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021741
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7451.9482728
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.84434096
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4585279
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.7825.85194
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.38315323
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.169158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1130.2301
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.022391
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02393
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1980.2291
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1980.21652
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1740.2953
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0870.21280
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2680.2208
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2810.227
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3020.267
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1980.230
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.67451665
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.1695540
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.12562088
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.7696772
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.327.5635
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.298 32 -
Rwork0.189 1556 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 10.0922 Å / Origin y: -16.9626 Å / Origin z: -12.7039 Å
111213212223313233
T-0.1835 Å20.0134 Å20.0014 Å2--0.2036 Å20.0005 Å2---0.2013 Å2
L1.4477 °2-0.0936 °2-0.0282 °2-0.8803 °20.2304 °2--0.8898 °2
S0.0137 Å °0.0403 Å °0.1468 Å °0.0631 Å °-0.0248 Å °-0.0039 Å °0.003 Å °0.0525 Å °0.011 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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