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- PDB-3fxd: Crystal structure of interacting domains of IcmR and IcmQ -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fxd
タイトルCrystal structure of interacting domains of IcmR and IcmQ
要素
  • Protein IcmQ
  • Protein IcmR
キーワードUNKNOWN FUNCTION / 4 helix bundle / helix-turn-helix
機能・相同性
機能・相同性情報


: / IcmR, middle region / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #90 / Immunoglobulin FC, subunit C / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Legionella pneumophila (バクテリア)
Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. Philadelphia 1 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Raychaudhury, S. / Akey, C.W. / Head, J.F.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2009
タイトル: Structure and Function of Interacting IcmR-IcmQ Domains from a Type IVb Secretion System in Legionella pneumophila.
著者: Raychaudhury, S. / Farelli, J.D. / Montminy, T.P. / Matthews, M. / Menetret, J.F. / Dumenil, G. / Roy, C.R. / Head, J.F. / Isberg, R.R. / Akey, C.W.
履歴
登録2009年1月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年4月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein IcmQ
B: Protein IcmR
C: Protein IcmQ
D: Protein IcmR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,6114
ポリマ－28,6114
非ポリマー00
水1,60389
1
A: Protein IcmQ
B: Protein IcmR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,3052
ポリマ－14,3052
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2410 Å2
ΔGint-19.9 kcal/mol
Surface area6260 Å2
手法PISA
2
C: Protein IcmQ
D: Protein IcmR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,3052
ポリマ－14,3052
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2340 Å2
ΔGint-20.9 kcal/mol
Surface area6190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.56, 95.56, 56.01
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 Protein IcmQ


分子量: 6510.630 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-57 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila (バクテリア)
株: Corby / 遺伝子: icmQ, LPC_2899 / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL-1 blue / 参照: UniProt: A5IHF0
#2: タンパク質 Protein IcmR


分子量: 7794.728 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 23-95 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. Philadelphia 1 (バクテリア)
株: Philadelphia-1 / DSM 7513 / 遺伝子: icmR, lpg0443 / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL-1 blue / 参照: UniProt: Q5ZYC9
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 89 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.33 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.7
詳細: 100 mM Na acetate pH 4.7, 30% PEG 1500, 100 mM L-cysteine, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X8C / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年9月15日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 17193 / Num. obs: 17193 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 21.8
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.22 / Mean I/σ(I) obs: 5 / Num. unique all: 1697 / % possible all: 98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
EPMR位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3FXE

3fxe


解像度: 2.1→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25 1301 -random
Rwork0.21 ---
all0.21 16698 --
obs0.21 16698 97.2 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1646 0 0 89 1735
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.98
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.022

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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