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万見
- PDB-3fwi: Ferric camphor bound Cytochrome P450cam containing a selenocystei... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fwi
タイトルFerric camphor bound Cytochrome P450cam containing a selenocysteine as the 5th heme ligand, tetragonal crystal form
要素Camphor 5-monooxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Hemoprotein / cytochrome P450 / selenocysteine / Cytochrome / Heme / Iron / Metal-binding / Monooxygenase
機能・相同性
機能・相同性情報


camphor 5-monooxygenase / camphor 5-monooxygenase activity / (+)-camphor catabolic process / iron ion binding / heme binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, B-class / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CAMPHOR / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / : / Camphor 5-monooxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas putida (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / Rigid Body in Refmac starting from pdb entry 1yrc / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Schlichting, I. / von Koenig, K. / Aldag, C. / Hilvert, D.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: Probing the role of the proximal heme ligand in cytochrome P450cam by recombinant incorporation of selenocysteine.
著者: Aldag, C. / Gromov, I.A. / Garcia-Rubio, I. / von Koenig, K. / Schlichting, I. / Jaun, B. / Hilvert, D.
履歴
登録2009年1月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年3月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年4月9日Group: Other
改定 1.32014年8月6日Group: Other
改定 1.42017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.52023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Camphor 5-monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,4534
ポリマ－45,6451
非ポリマー8083
水5,224290
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.580, 63.580, 243.140
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Camphor 5-monooxygenase / Cytochrome P450-cam / Cytochrome P450cam


分子量: 45644.793 Da / 分子数: 1 / 変異: C357U, R365L, E366Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 遺伝子: camC, cyp101 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00183, camphor 5-monooxygenase
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-CAM / CAMPHOR / (+)-カンファ-


分子量: 152.233 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16O
#4: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 290 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.3 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 24 % PEG 4000, 250 mM KCl, 50 mM Tris HCl, cryoprotection by addition of 20 % glycerol, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.98158 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年9月21日
放射モノクロメーター: LN2 cooled fixed-exit Si(111) monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98158 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→44.95 Å / Num. obs: 19089 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 34.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.106
反射 シェル解像度: 2.4→2.5 Å / Rmerge(I) obs: 0.392 / Mean I/σ(I) obs: 4.07 / Num. unique all: 2294 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345CCD detector softwareデータ収集
REFMAC5.2.0005精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: Rigid Body in Refmac starting from pdb entry 1yrc
開始モデル: pdb entry 1yrc

1yrc


解像度: 2.4→44.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.899 / SU B: 7.372 / SU ML: 0.175 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.366 / ESU R Free: 0.251 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23817 1001 5 %RANDOM
Rwork0.17601 ---
all0.179 19089 --
obs0.179 19089 97.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.957 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.81 Å20 Å20 Å2
2---0.81 Å20 Å2
3---1.62 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→44.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3205 0 55 290 3550
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0223347
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8552.0124567
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6995404
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.38123.987158
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.34415547
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.7181525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1210.2489
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022591
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2290.21702
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3050.22239
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1690.2261
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1180.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1750.228
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1880.215
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7791.52031
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.48323292
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.65831325
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.0934.51275
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.247 72 -
Rwork0.179 1394 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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