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- PDB-3fvr: Crystal Structure of Acetyl Xylan Esterase from Bacillus pumilus,... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fvr
タイトルCrystal Structure of Acetyl Xylan Esterase from Bacillus pumilus, monoclinic crystal form I
要素Acetyl xylan esterase
キーワードHYDROLASE / alpha/beta hydrolase / carbohydrate esterase / CE7 / Bacillus pumilus
機能・相同性
機能・相同性情報


acetylesterase / polysaccharide metabolic process / acetylesterase activity
類似検索 - 分子機能
Acetyl xylan esterase / Carbohydrate esterase 7 family / Acetyl xylan esterase (AXE1) / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Acetyl xylan esterase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus pumilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Krastanova, I. / Cassetta, A. / Lamba, D.
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural and functional studies of Bacillus pumilus acetyl xylan esterase
著者: Krastanova, I. / Cassetta, A. / Mastihubova, M. / Biely, P. / Lamba, D.
#1: ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2005
タイトル: Heterologous expression, purification, crystallization, X-ray analysis and phasing of the acetyl xylan esterase from Bacillus pumilus
著者: Krastanova, I. / Guarnaccia, C. / Zahariev, S. / Degrassi, G. / Lamba, D.
#2: ジャーナル: Microbiology / 年: 2000
タイトル: The acetyl xylan esterase of Bacillus pumilus belongs to a family of esterases with broad substrate specificity
著者: Degrassi, G. / Kojic, M. / Ljubijankic, G. / Venturi, V.
#3: ジャーナル: Appl.Environ.Microbiol. / 年: 1998
タイトル: Purification and characterization of an acetyl xylan esterase from Bacillus pumilus
著者: Degrassi, G. / Okeke, B.C. / Bruschi, C.V. / Venturi, V.
履歴
登録2009年1月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年1月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acetyl xylan esterase
B: Acetyl xylan esterase
C: Acetyl xylan esterase
D: Acetyl xylan esterase
E: Acetyl xylan esterase
F: Acetyl xylan esterase
G: Acetyl xylan esterase
H: Acetyl xylan esterase
I: Acetyl xylan esterase
L: Acetyl xylan esterase
M: Acetyl xylan esterase
N: Acetyl xylan esterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)435,89149
ポリマ－433,37812
非ポリマー2,51337
水32,2831792
1
A: Acetyl xylan esterase
B: Acetyl xylan esterase
C: Acetyl xylan esterase
D: Acetyl xylan esterase
E: Acetyl xylan esterase
F: Acetyl xylan esterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)217,88524
ポリマ－216,6896
非ポリマー1,19618
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area21110 Å2
ΔGint-170 kcal/mol
Surface area63850 Å2
手法PISA
2
G: Acetyl xylan esterase
H: Acetyl xylan esterase
I: Acetyl xylan esterase
L: Acetyl xylan esterase
M: Acetyl xylan esterase
N: Acetyl xylan esterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)218,00625
ポリマ－216,6896
非ポリマー1,31619
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area21390 Å2
ΔGint-160 kcal/mol
Surface area63840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.485, 167.686, 144.961
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.350, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 12分子 ABCDEFGHILMN

#1: タンパク質
Acetyl xylan esterase


分子量: 36114.844 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus pumilus (バクテリア) / 株: PS 213 / 遺伝子: axe / プラスミド: modified pBPEB2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5alpha / 参照: UniProt: Q9K5F2, acetylesterase

-
非ポリマー , 6種, 1829分子

#2: 化合物...
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#5: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1792 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.85 %
結晶化温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 6
詳細: 0.2M lithium chloride, 5% PEG 6000, 0.1M MES, pH 6.0, microbatch, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1.2 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2002年11月4日
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→29.9 Å / Num. all: 135665 / Num. obs: 135665 / % possible obs: 94.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 34.36 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Χ2: 1
反射 シェル解像度: 2.5→2.51 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.244 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 5110 / Χ2: 0.883 / % possible all: 93.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS1.2精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
MAR345controlデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1ODS

1ods


解像度: 2.5→29.9 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / Data cutoff high absF: 839462 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.228 13527 10 %RANDOM
Rwork0.184 ---
all0.184 135607 --
obs0.184 135607 94.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 32.294 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 62.52 Å2 / Biso mean: 18.658 Å2 / Biso min: 1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.88 Å20 Å20.72 Å2
2--0.79 Å20 Å2
3---0.09 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.32 Å0.26 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.33 Å0.24 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→29.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数30522 0 134 1792 32448
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.79
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it11.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.562
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.892
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.732.5
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.293 2254 10.2 %
Rwork0.239 19951 -
all-22205 -
obs--92.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION5GOL.PARGOL.TOP
X-RAY DIFFRACTION6PEG.PARPEG.TOP
X-RAY DIFFRACTION7PGE.PARPGE.TOP
X-RAY DIFFRACTION8PG4.PARPG4.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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