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- PDB-3fu1: Crystal structure of the major pseudopilin from the type 2 secret... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fu1
タイトルCrystal structure of the major pseudopilin from the type 2 secretion system of Vibrio cholerae
要素General secretion pathway protein G
キーワードPROTEIN TRANSPORT / GENERAL SECRETORY PATHWAY / MAJOR PILIN / COMPLEX / Methylation / Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


protein secretion by the type II secretion system / type II protein secretion system complex / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Type II secretion system protein GspG / Type II secretion system protein GspG, C-terminal / Type II secretion system (T2SS), protein G / Glycoprotein, Type 4 Pilin / Bacterial general secretion pathway protein G-type pilin / Glycoprotein, Type 4 Pilin / : / Prokaryotic N-terminal methylation site. / Prokaryotic N-terminal methylation motif / Prokaryotic N-terminal methylation site ...Type II secretion system protein GspG / Type II secretion system protein GspG, C-terminal / Type II secretion system (T2SS), protein G / Glycoprotein, Type 4 Pilin / Bacterial general secretion pathway protein G-type pilin / Glycoprotein, Type 4 Pilin / : / Prokaryotic N-terminal methylation site. / Prokaryotic N-terminal methylation motif / Prokaryotic N-terminal methylation site / Pilin-like / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Type II secretion system core protein G
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Korotkov, K.V. / Gray, M.D. / Kreger, A. / Turley, S. / Sandkvist, M. / Hol, W.G.J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Calcium is essential for the major pseudopilin in the type 2 secretion system.
著者: Korotkov, K.V. / Gray, M.D. / Kreger, A. / Turley, S. / Sandkvist, M. / Hol, W.G.
履歴
登録2009年1月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年7月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: General secretion pathway protein G
B: General secretion pathway protein G
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4367
ポリマ－25,1592
非ポリマー2765
水4,035224
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1980 Å2
ΔGint-86 kcal/mol
Surface area11960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.638, 64.749, 65.041
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細THIS CRYSTAL FORM CONTAINS A DIMER, THAT IS NOT RELATED TO THE BIOLOGICAL FORM. BIOLOGICAL UNIT IS A FIBER, IT IS UNKNOWN AT THE MOMENT HOW INDIVIDUAL SUBUNITS ARE ASSEMBLED IN VIVO.

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要素

#1: タンパク質 General secretion pathway protein G / Cholera toxin secretion protein epsG


分子量: 12579.704 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 35-146 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: RESIDUES 26-137 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 株: 569B / 遺伝子: epsG, VC_2730 / プラスミド: pCDF-NT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P45773
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 224 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.95 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 22.5% PEG 3350, 0.1M NA ACETATE, 0.04M ZN ACETATE, pH 5.0, vapor diffusion, sitting drop, temperature 298K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
1,21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSSRL BL9-210.97946
シンクロトロンSSRL BL9-221.28344
検出器
タイプID検出器日付
MARMOSAIC 325 mm CCD1CCD2007年11月15日
MARMOSAIC 325 mm CCD2CCD2007年11月15日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1DOUBLE CRYSTAL SI(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2DOUBLE CRYSTAL SI(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979461
21.283441
Reflection冗長度: 6.7 % / Av σ(I) over netI: 24.02 / 数: 113449 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Χ2: 1.43 / D res high: 1.9 Å / D res low: 29 Å / Num. obs: 17045 / % possible obs: 97.1
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
4.092999.910.041.8966.8
3.254.0910010.0481.6737.2
2.843.2510010.0871.5937.3
2.582.8410010.1321.3317.3
2.392.5810010.1741.2717.3
2.252.3910010.2291.2817.3
2.142.2599.710.2911.2897
2.052.1498.110.3711.2456.3
1.972.0593.510.4781.2325.3
1.91.9778.810.5121.2264.1
反射解像度: 1.9→29 Å / Num. obs: 17045 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 24 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Χ2: 1.428 / Net I/σ(I): 24.016
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.512 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 1373 / Χ2: 1.226 / % possible all: 78.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å29.04 Å
Translation2.5 Å29.04 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
Blu-Iceデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→27.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / WRfactor Rfree: 0.212 / WRfactor Rwork: 0.166 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.875 / SU B: 6.78 / SU ML: 0.101 / SU R Cruickshank DPI: 0.172 / SU Rfree: 0.153 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.172 / ESU R Free: 0.153 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES: RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.223 830 4.9 %RANDOM
Rwork0.178 ---
obs0.18 16995 96.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 54.4 Å2 / Biso mean: 20.242 Å2 / Biso min: 10.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.04 Å20 Å20 Å2
2---0.5 Å20 Å2
3---1.55 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→27.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1755 0 5 224 1984
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0221811
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021206
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1871.9672464
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.82632966
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3495231
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.36626.70197
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.39515294
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.411156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.2253
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0212096
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02326
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4441.51129
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1151.5470
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.83521808
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.4293682
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.3324.5653
LS精密化 シェル解像度: 1.896→1.945 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.365 53 -
Rwork0.268 916 -
all-969 -
obs--75.41 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.7973-0.0326-0.03570.93940.20571.34760.03710.353-0.0364-0.0773-0.005-0.0212-0.0426-0.0362-0.03210.0390.00910.00190.0638-0.01450.0232-2.70114.294-9.76
25.44170.0603-0.72231.9252-0.03842.3798-0.19590.0022-0.88520.09690.0282-0.01340.4188-0.1250.16770.1799-0.03940.06580.0147-0.01830.2196-13.299-3.986-0.731
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A23 - 137
2X-RAY DIFFRACTION2B26 - 137

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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