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- PDB-3ft7: Crystal structure of an extremely stable dimeric protein from sul... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ft7
タイトルCrystal structure of an extremely stable dimeric protein from sulfolobus islandicus
要素Uncharacterized protein ORF56
キーワードDNA BINDING PROTEIN / PLASMID COPY CONTROL PROTEIN / RIBBON HELIX HELIX PROTEIN
機能・相同性Met repressor-like / Arc Repressor Mutant / Arc-type ribbon-helix-helix / Ribbon-helix-helix / regulation of DNA-templated transcription / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / CopG domain protein DNA-binding domain protein
機能・相同性情報
生物種Sulfolobus islandicus (好気性・好酸性)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Neumann, P. / Loew, C. / Weininger, U. / Stubbs, M.T.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2009
タイトル: Structure-Based Stability Analysis of an Extremely Stable Dimeric DNA Binding Protein from Sulfolobus islandicus
著者: Weininger, U. / Zeeb, M. / Neumann, P. / Low, C. / Stubbs, M.T. / Lipps, G. / Balbach, J.
履歴
登録2009年1月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年10月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22016年12月14日Group: Structure summary
改定 1.32017年11月1日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / Item: _software.name
改定 1.42023年11月1日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein ORF56
B: Uncharacterized protein ORF56
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,1653
ポリマ－13,0732
非ポリマー921
水73941
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3660 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area5540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)33.030, 33.030, 85.690
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein ORF56


分子量: 6536.647 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sulfolobus islandicus (好気性・好酸性)
遺伝子: PLASMID PRN1 / プラスミド: PET28C? / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q54323
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.7877 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.1971 % / Mosaicity: 0.75 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 16-22% PEG 4000, 100mM HEPES pH 7.5 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-002 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年7月7日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: h,-k,-l / Fraction: 0.481
反射解像度: 2→85.749 Å / Num. obs: 6218 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 26.651 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 6.307
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2-2.114.20.6231.238469110.62399.7
2.11-2.244.20.4251.935718510.42599.9
2.24-2.394.20.2982.634288090.29899.9
2.39-2.584.20.2123.631817530.21299.8
2.58-2.834.20.1425.529536960.14299.8
2.83-3.164.30.0839.126626250.08399.8
3.16-3.654.30.06110.823845600.06199.6
3.65-4.474.30.04512.819194460.04599.1
4.47-6.324.30.0471115803670.04798.5
6.32-33.034.20.03411.98402000.03498.2

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.2.25データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
MAR345225データ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1MYK, 1PAR

1myk

1par


解像度: 2→33.03 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / Isotropic thermal model: Isotropic, TLS refinement / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.47 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.237 1077 9.13 %RANDOM
Rwork0.171 ---
obs0.177 5849 96.22 %-
all-11792 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 89.474 Å2 / ksol: 0.363 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 132.3 Å2 / Biso mean: 49.037 Å2 / Biso min: 9.88 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.628 Å20 Å2-0 Å2
2--5.628 Å20 Å2
3----15.53 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.278 Å0.234 Å
Luzzati d res low-6 Å
Luzzati sigma a0.267 Å0.256 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→33.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数744 0 6 41 791
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.016761
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.9331024
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.103116
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008127
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.949285
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6 / % reflection obs: 98 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2-2.1250.3441630.28218031966
2.125-2.2890.2961720.24617571929
2.289-2.520.3331440.24118361980
2.52-2.8840.2921740.19717661940
2.884-3.6330.2452010.14717951996
3.633-33.0350.1721770.12318041981
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5303-0.2599-0.19680.60580.14481.2517-0.39470.0305-0.12480.07790.09220.23840.0651-0.00380.31640.2097-0.02430.03990.03050.00010.09825.6027-2.8007-3.8011
20.7812-0.18870.00440.2758-1.05860.5308-0.30870.00830.05550.1310.1638-0.06370.2135-0.19040.07120.31270.0488-0.03240.0693-0.00970.04375.71672.34283.7106
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A
2X-RAY DIFFRACTION2chain B

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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