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万見
- PDB-3frl: The 2.25 A crystal structure of LipL32, the major surface antigen... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3frl
タイトルThe 2.25 A crystal structure of LipL32, the major surface antigen of Leptospira interrogans serovar Copenhageni
要素LipL32
キーワードMEMBRANE PROTEIN / core jelly-roll fold
機能・相同性Surface lipoprotein of Spirochaetales order / Surface lipoprotein of Spirochaetales order / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / 2,2',2''-NITRILOTRIETHANOL / OXALATE ION / LipL32
機能・相同性情報
生物種Leptospira interrogans serovar Copenhageni (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Farah, C.S. / Guzzo, C.R. / Hauk, P. / Ho, P.L.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Structure and calcium-binding activity of LipL32, the major surface antigen of pathogenic Leptospira sp.
著者: Hauk, P. / Guzzo, C.R. / Roman Ramos, H. / Ho, P.L. / Farah, C.S.
履歴
登録2009年1月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年6月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32024年10月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LipL32
B: LipL32
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,9986
ポリマ－55,6382
非ポリマー3614
水4,900272
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2890 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area22300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)126.725, 126.725, 95.996
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-279-

HOH

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要素

#1: タンパク質 LipL32


分子量: 27818.822 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Leptospira interrogans serovar Copenhageni (バクテリア)
株: str. Fiocruz L1-130 / 遺伝子: LIC11352, LIC_11352, lipL32 / プラスミド: pAE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(SI) / 参照: UniProt: Q72SM7
#2: 化合物 ChemComp-211 / 2,2',2''-NITRILOTRIETHANOL / トリエタノ-ルアミン


分子量: 149.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H15NO3
#3: 化合物 ChemComp-OXL / OXALATE ION / しゅう酸ジアニオン


分子量: 88.019 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2O4
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 272 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.24 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.7
詳細: 1.4 M trisodium citrate, 0.1 M HEPES, 20 mM triethanolamine-HCl, pH 7.7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.459, 0.97814, 0.97831
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月27日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.4591
20.978141
30.978311
反射解像度: 2.25→40 Å / Num. all: 42419 / Num. obs: 42419 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.5 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 22
反射 シェル解像度: 2.25→2.33 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.466 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 95.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
SHARP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.25→35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 9.968 / SU ML: 0.131 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.166 / ESU R Free: 0.163 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22712 2129 5 %RANDOM
Rwork0.18134 ---
obs0.18358 40149 99.38 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 40.12 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.33 Å21.17 Å20 Å2
2--2.33 Å20 Å2
3----3.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3624 0 23 272 3919
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0223737
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.022602
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5811.9935070
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.92536402
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8225466
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.00524.83147
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.98915641
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.4641514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.2551
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.024092
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02680
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1970.2765
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2070.22646
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1790.21739
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.090.21989
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1790.2240
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.050.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2620.220
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2870.243
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1580.29
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8021.52796
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1791.5928
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.1223791
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.76431639
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.2374.51278
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.308 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.344 159 -
Rwork0.278 2814 -
obs--95.53 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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