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万見
- PDB-3fr8: rice Ketolacid reductoisomerase in complex with Mg2+-NADPH -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fr8
タイトルrice Ketolacid reductoisomerase in complex with Mg2+-NADPH
要素Putative ketol-acid reductoisomerase (Os05g0573700 protein)
キーワードOXIDOREDUCTASE / Rossmann fold / Branched-chain amino acid biosynthesis / Knotted protein / NADPH / Isomerase
機能・相同性
機能・相同性情報


ketol-acid reductoisomerase (NADP+) / ketol-acid reductoisomerase activity / valine biosynthetic process / isoleucine biosynthetic process / NADPH binding / chloroplast / magnesium ion binding / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能
Ketol-acid reductoisomerase, plant / Ketol-acid reductoisomerase, C-terminal / Ketol-acid reductoisomerase / Ketol-acid reductoisomerase, N-terminal / Acetohydroxy acid isomeroreductase, catalytic domain / Acetohydroxy acid isomeroreductase, NADPH-binding domain / KARI N-terminal domain profile. / KARI C-terminal domain profile. / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 ...Ketol-acid reductoisomerase, plant / Ketol-acid reductoisomerase, C-terminal / Ketol-acid reductoisomerase / Ketol-acid reductoisomerase, N-terminal / Acetohydroxy acid isomeroreductase, catalytic domain / Acetohydroxy acid isomeroreductase, NADPH-binding domain / KARI N-terminal domain profile. / KARI C-terminal domain profile. / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / 6-phosphogluconate dehydrogenase, domain 2 / 6-phosphogluconate dehydrogenase-like, C-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NDP / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Ketol-acid reductoisomerase, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Oryza sativa Japonica Group (イネ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Leung, E.W.W. / Guddat, L.W.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Conformational changes in a plant ketol-acid reductoisomerase upon Mg(2+) and NADPH binding as revealed by two crystal structures
著者: Leung, E.W. / Guddat, L.W.
履歴
登録2009年1月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年4月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22011年11月16日Group: Atomic model
改定 1.32023年9月6日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative ketol-acid reductoisomerase (Os05g0573700 protein)
B: Putative ketol-acid reductoisomerase (Os05g0573700 protein)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,88010
ポリマ－114,7602
非ポリマー2,1208
水3,063170
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8140 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area35290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)162.060, 162.060, 196.470
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-24-

HOH

詳細The dimer within the asymmetric unit

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Putative ketol-acid reductoisomerase (Os05g0573700 protein)


分子量: 57380.035 Da / 分子数: 2 / 断片: sequence database residues 54-578 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryza sativa Japonica Group (イネ) / 遺伝子: ilvB, OJ1735_C10.18, Os05g0573700 / プラスミド: PET30(a) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q65XK0, ketol-acid reductoisomerase (NADP+)

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非ポリマー , 6種, 178分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#5: 化合物 ChemComp-PE4 / 2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG4000 / ヘプタエチレングリコ-ルモノエチルエ-テル


分子量: 354.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O8 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 170 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.23 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1M TRIS-HCl pH 8.5, 1M (NH4)2SO4, 15% (w/v) polyethylene glycol 4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月1日 / 詳細: Osmic mirrors
放射モノクロメーター: Mirrors osmic / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→19.22 Å / Num. all: 31711 / Num. obs: 31711 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.103 / Rsym value: 0.103
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.02 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 3170 / Rsym value: 0.354 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
AMoRE位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
CrystalClearデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1YVE

1yve


解像度: 2.8→19.22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.919 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.885 / SU B: 32.777 / SU ML: 0.32 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.424 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28398 1598 5.1 %RANDOM
Rwork0.23307 ---
obs0.23564 29991 97.71 %-
all-31711 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 46.985 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.06 Å20 Å20 Å2
2--0.06 Å20 Å2
3----0.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→19.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7815 0 112 170 8097
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0228090
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0461.97610954
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.01251020
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.60924.176352
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.385151350
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.3611548
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.21201
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.026109
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.190.24227
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2990.25567
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1080.2343
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1080.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1670.247
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2180.27
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.2111.55168
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.37428077
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.40833291
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.7094.52876
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.871 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.432 118 -
Rwork0.318 2157 -
obs--99.17 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.9994-0.00670.06183.66480.69162.94420.01930.11390.525-0.16130.0182-0.67060.0420.2577-0.0375-0.2679-0.08740.1707-0.3372-0.07370.004924.700229.728748.7329
20.9516-0.13710.18432.19170.23751.5146-0.0727-0.15540.0819-0.00870.0912-0.15750.1568-0.1859-0.0186-0.172-0.05440.0188-0.1168-0.0617-0.1564-0.505920.393160.5855
31.8941-0.8747-0.27286.28586.617810.86880.12980.08850.2408-0.1013-0.42870.0016-0.2323-1.27440.2989-0.13610.0911-0.0782-0.0346-0.1522-0.1109-15.789262.909171.0865
41.65420.06690.53931.28240.45222.1581-0.2352-0.61150.29180.32610.02-0.0118-0.0485-0.60990.2153-0.13690.1353-0.08460.1106-0.2569-0.1205-7.773238.375182.2249
5121.594914.113212.812424.0518-1.83671.84290.6942.39010.36540.39060.31831.498-1.3179-2.899-1.01240.0080.0575-0.0118-0.0015-0.1655-0.0219-28.655243.995974.3514
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA81 - 30610 - 235
2X-RAY DIFFRACTION2AA307 - 581236 - 510
3X-RAY DIFFRACTION3BB77 - 3066 - 235
4X-RAY DIFFRACTION4BB307 - 581236 - 510
5X-RAY DIFFRACTION5BB582 - 593511 - 522

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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