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- PDB-3fq4: Crystal structure of the Calx-beta domain of integrin beta4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fq4
タイトルCrystal structure of the Calx-beta domain of integrin beta4
要素Integrin beta-4
キーワードCELL ADHESION / Immunoglobulin fold / integrin / Alternative splicing / Disease mutation / Epidermolysis bullosa / Glycoprotein / Membrane / Phosphoprotein / Polymorphism / Receptor / Transmembrane
機能・相同性
機能・相同性情報


Type I hemidesmosome assembly / hemidesmosome assembly / nail development / hemidesmosome / peripheral nervous system myelin formation / trophoblast cell migration / skin morphogenesis / Laminin interactions / filopodium assembly / mesodermal cell differentiation ...Type I hemidesmosome assembly / hemidesmosome assembly / nail development / hemidesmosome / peripheral nervous system myelin formation / trophoblast cell migration / skin morphogenesis / Laminin interactions / filopodium assembly / mesodermal cell differentiation / Differentiation of Keratinocytes in Interfollicular Epidermis in Mammalian Skin / integrin complex / Assembly of collagen fibrils and other multimeric structures / cell adhesion mediated by integrin / Syndecan interactions / cell leading edge / basement membrane / basal plasma membrane / cell-matrix adhesion / integrin-mediated signaling pathway / cell motility / G protein-coupled receptor binding / cell-cell adhesion / autophagy / response to wounding / integrin binding / cell junction / cell migration / nuclear membrane / receptor complex / cell adhesion / focal adhesion / nucleolus / cell surface / extracellular exosome / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Integrin beta-4 subunit / CalX-beta domain / Na-Ca exchanger/integrin-beta4 / Calx-beta domain / Domains in Na-Ca exchangers and integrin-beta4 / CalX-like domain superfamily / Teneurin-like EGF domain / Integrin beta, epidermal growth factor-like domain 1 / Integrin beta epidermal growth factor like domain 1 / Integrin beta tail domain ...Integrin beta-4 subunit / CalX-beta domain / Na-Ca exchanger/integrin-beta4 / Calx-beta domain / Domains in Na-Ca exchangers and integrin-beta4 / CalX-like domain superfamily / Teneurin-like EGF domain / Integrin beta, epidermal growth factor-like domain 1 / Integrin beta epidermal growth factor like domain 1 / Integrin beta tail domain / Integrin beta subunit, tail / Integrin beta tail domain superfamily / Integrin_B_tail / Integrins beta chain EGF (I-EGF) domain profile. / Integrin beta subunit, VWA domain / Integrin beta subunit / Integrin beta N-terminal / Integrin beta chain VWA domain / Integrin plexin domain / Integrins beta chain EGF (I-EGF) domain signature. / Integrin beta subunits (N-terminal portion of extracellular region) / PSI domain / domain found in Plexins, Semaphorins and Integrins / von Willebrand factor A-like domain superfamily / Fibronectin type III domain / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.487 Å
データ登録者Alonso-Garcia, N. / Ingles-Prieto, A. / de Pereda, J.M.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2009
タイトル: Structure of the Calx-beta domain of the integrin beta4 subunit: insights into function and cation-independent stability
著者: Alonso-Garcia, N. / Ingles-Prieto, A. / Sonnenberg, A. / de Pereda, J.M.
履歴
登録2009年1月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年6月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Integrin beta-4
B: Integrin beta-4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,9332
ポリマ－27,9332
非ポリマー00
水5,927329
1
A: Integrin beta-4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,9671
ポリマ－13,9671
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Integrin beta-4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,9671
ポリマ－13,9671
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.310, 51.660, 87.460
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Integrin beta-4 / GP150


分子量: 13966.667 Da / 分子数: 2 / 断片: Calx-beta domain, residues 989-1107 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ITGB4 / プラスミド: Modified pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P16144
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 329 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.54 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.3
詳細: 50mM Tris-HCl, 26% PEG 1500, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR-H / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年8月3日
放射モノクロメーター: HELIOS OPTICS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.48→27.81 Å / Num. all: 38089 / Num. obs: 38089 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13.4 % / Biso Wilson estimate: 14.8 Å2 / Net I/σ(I): 29.5
反射 シェル解像度: 1.48→1.54 Å / 冗長度: 11.3 % / Mean I/σ(I) obs: 8.6 / Num. unique all: 3644 / % possible all: 85.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Homology model based on PDB entry 2DPK

2dpk


解像度: 1.487→25.83 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / SU ML: 0.17 / σ(F): 1.37 / σ(I): 0 / 位相誤差: 15.17 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1885 1911 5.02 %RANDOM
Rwork0.1547 36177 --
all0.1564 38088 --
obs0.1564 38088 99.72 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 53.128 Å2 / ksol: 0.434 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 138.16 Å2 / Biso mean: 20.843 Å2 / Biso min: 6.29 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.0143 Å20 Å20 Å2
2--1.1169 Å20 Å2
3----1.4224 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.487→25.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3783 0 0 334 4117
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083829
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.966929
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.079279
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006617
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.5781000
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4872-1.52440.24751530.20442450X-RAY DIFFRACTION97
1.5244-1.56560.20041270.17092571X-RAY DIFFRACTION100
1.5656-1.61170.17481220.15162550X-RAY DIFFRACTION100
1.6117-1.66370.1841430.15182559X-RAY DIFFRACTION100
1.6637-1.72310.19841280.152565X-RAY DIFFRACTION100
1.7231-1.79210.18531300.14272565X-RAY DIFFRACTION100
1.7921-1.87360.1851330.14552561X-RAY DIFFRACTION100
1.8736-1.97240.16641370.13872549X-RAY DIFFRACTION100
1.9724-2.09590.14851470.13692592X-RAY DIFFRACTION100
2.0959-2.25770.18011380.13442597X-RAY DIFFRACTION100
2.2577-2.48470.1711350.14622586X-RAY DIFFRACTION100
2.4847-2.84380.20271350.14622622X-RAY DIFFRACTION100
2.8438-3.58140.16871350.13712653X-RAY DIFFRACTION100
3.5814-25.83390.19231480.16292757X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.396-0.0188-0.3190.31430.32490.4237-0.00920.0335-0.03860.0039-0.04620.00690.0201-0.156-0.0270.0627-0.00980.00310.0499-0.01160.077421.188824.15319.0495
2-0.02680.0990.02050.43360.14490.19540.00850.02730.0048-0.0077-0.00710.0188-0.00940.06300.09910.00530.01280.1215-0.010.103128.877526.31918.6302
30.2461-0.293-0.06730.53760.36720.1640.0667-0.06880.01460.1242-0.01320.0837-0.10850.124-0.00050.10520.0060.01810.1049-0.0040.105922.633529.946923.1391
40.3607-0.152-0.29470.26510.04820.06270.0064-0.0681-0.04540.0358-0.01240.05760.0371-0.0695-00.0794-0.00350.00390.09120.00260.110436.57068.78582.5637
50.503-0.0074-0.120.1601-0.04370.2068-0.0247-0.03340.0220.01190.010.0249-0.07340.0048-0.0020.08190.0080.00480.0631-0.0010.076538.535116.47593.1999
60.5915-0.2435-0.39140.25010.15230.190.00750.0336-0.0728-0.0566-0.02730.033-0.0174-0.0478-0.01530.0861-0.008-0.00580.0728-0.00870.098140.23318.4988-4.0513
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and resid 988:1009)
2X-RAY DIFFRACTION2chain A and resid 1010:1063)
3X-RAY DIFFRACTION3chain A and resid 1064:1105)
4X-RAY DIFFRACTION4chain B and resid 987:1009)
5X-RAY DIFFRACTION5chain B and resid 1010:1063)
6X-RAY DIFFRACTION6chain B and resid 1064:1107)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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