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万見
- PDB-3fpn: Crystal structure of UvrA-UvrB interaction domains -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fpn
タイトルCrystal structure of UvrA-UvrB interaction domains
要素
  • Geobacillus stearothermophilus UvrA interaction domain
  • Geobacillus stearothermophilus UvrB interaction domain
キーワードDNA BINDING PROTEIN / UvrA / UvrB / nucleotide excision repair / DNA repair
機能・相同性
機能・相同性情報


excinuclease repair complex / nuclease activity / nucleotide-excision repair / DNA repair / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
UvrA, interaction domain / UvrA interaction domain / Penicillin-binding protein 1b fold / Penicillin-binding protein 1b domain / UvrABC system, subunit B / Ribosomal protein L1/L10, rRNA-binding domain / UvrB, interaction domain / UvrB interaction domain / Ribulose 1,5 Bisphosphate Carboxylase/Oxygenase / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase ...UvrA, interaction domain / UvrA interaction domain / Penicillin-binding protein 1b fold / Penicillin-binding protein 1b domain / UvrABC system, subunit B / Ribosomal protein L1/L10, rRNA-binding domain / UvrB, interaction domain / UvrB interaction domain / Ribulose 1,5 Bisphosphate Carboxylase/Oxygenase / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Geobacillus stearothermophilus UvrB interaction domain / Geobacillus stearothermophilus UvrA interaction domain
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Pakotiprapha, D. / Verdine, G.L. / Jeruzalmi, D.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: A Structural Model for the Damage-sensing Complex in Bacterial Nucleotide Excision Repair.
著者: Pakotiprapha, D. / Liu, Y. / Verdine, G.L. / Jeruzalmi, D.
履歴
登録2009年1月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年3月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Geobacillus stearothermophilus UvrA interaction domain
B: Geobacillus stearothermophilus UvrB interaction domain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,7102
ポリマ－25,7102
非ポリマー00
水95553
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Geobacillus stearothermophilus UvrA interaction domain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,3481
ポリマ－13,3481
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
B: Geobacillus stearothermophilus UvrB interaction domain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,3631
ポリマ－12,3631
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.491, 84.491, 60.874
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Geobacillus stearothermophilus UvrA interaction domain


分子量: 13347.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
株: 10 / 遺伝子: uvrA / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: D0VX13*PLUS
#2: タンパク質 Geobacillus stearothermophilus UvrB interaction domain


分子量: 12362.920 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
株: 10 / 遺伝子: uvrB / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: D0VX12*PLUS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.78 %
結晶化温度: 295 K / 手法: hanging drop vapor diffusion / pH: 5
詳細: PEG4000, NaCl, sodium acetate, Tris-HCl, pH 5.0, hanging drop vapor diffusion, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97949 Å
検出器日付: 2008年10月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 20904 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 14.2 % / Rmerge(I) obs: 0.043 / Χ2: 1.077 / Net I/σ(I): 70.679
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.8-1.8314.50.44310120.747100
1.83-1.8614.50.34610160.759100
1.86-1.914.40.27810260.767100
1.9-1.9414.50.21410370.797100
1.94-1.9814.40.1810210.8100
1.98-2.0314.40.15310280.84100
2.03-2.0814.50.11610290.885100
2.08-2.1314.50.110320.897100
2.13-2.214.40.08610210.924100
2.2-2.2714.40.07210450.931100
2.27-2.3514.40.06410260.895100
2.35-2.4414.40.05810410.9100
2.44-2.5514.40.05310290.903100
2.55-2.6914.30.05410441.076100
2.69-2.8614.20.05810541.55100
2.86-3.08140.05910562.122100
3.08-3.3913.80.05610662.401100
3.39-3.8813.70.0410671.659100
3.88-4.8813.40.02410850.95899.9
4.88-5012.70.02311690.74998.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.4.0066精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2R6F(residues 131-153 and 200-245, chain A), PDB ENTRY 1T5L (residues 157-250, chain A)

2r6f

1t5l


解像度: 1.8→49.39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 6.197 / SU ML: 0.096 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.159 / ESU R Free: 0.137 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.248 967 4.7 %RANDOM
Rwork0.23 ---
obs0.231 20522 97.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 97.08 Å2 / Biso mean: 35.421 Å2 / Biso min: 14.92 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.5 Å20 Å20 Å2
2---0.5 Å20 Å2
3---1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→49.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1704 0 0 53 1757
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0221723
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3671.9762315
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6835210
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.65622.67486
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.67215335
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.8151523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.2268
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021279
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6341.51050
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.18621703
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.0283673
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.4034.5612
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.316 68 -
Rwork0.239 1328 -
all-1396 -
obs--92.21 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.0567-1.59340.06652.95030.18282.32430.0270.0251-0.1936-0.11050.0176-0.05640.1780.1913-0.0447-0.1505-0.03020.007-0.1629-0.0022-0.14923.24058.405413.4841
24.82550.1915-0.72699.95141.51062.3909-0.2635-0.8454-0.1711.26460.3933-0.83420.30210.7493-0.12980.0860.1253-0.07980.2101-0.06050.052718.77613.726220.2899
35.33770.47330.08283.310.5173.6641-0.04610.11160.0836-0.11590.0210.03580.03070.13970.0251-0.1932-0.0115-0.0039-0.1346-0.0042-0.14563.39912.480713.9906
43.4274-0.15271.85914.55460.27293.3612-0.12550.35620.151-0.34770.11040.1095-0.25420.06520.0152-0.1207-0.0509-0.0004-0.0461-0.0041-0.079918.506328.666417.2026
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 38
2X-RAY DIFFRACTION2A39 - 77
3X-RAY DIFFRACTION3A78 - 119
4X-RAY DIFFRACTION4B13 - 106

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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