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- PDB-3fpi: Crystal Structure of 2-C-Methyl-D-Erythritol 2,4-Cyclodiphosphate... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fpi
タイトルCrystal Structure of 2-C-Methyl-D-Erythritol 2,4-Cyclodiphosphate Synthase IspF complexed with Cytidine Triphosphate
要素2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase
キーワードLYASE / CSGID / alpha-beta sandwich / Isoprene biosynthesis / Metal-binding / Structural Genomics / Structural Genomics of National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases
機能・相同性
機能・相同性情報


2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase / 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase activity / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway / terpenoid biosynthetic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase / 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase / 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase, conserved site / 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase superfamily / YgbB family / 2C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase signature. / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Yersinia pestis (ペスト菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / SAD/molecular replacement / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Kim, Y. / Maltseva, N. / Stam, J. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of 2-C-Methyl-D-Erythritol 2,4-Cyclodiphosphate Synthase IspF complexed with Cytidine Triphosphate
著者: Kim, Y. / Maltseva, N. / Stam, J. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A.
履歴
登録2009年1月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,5657
ポリマ－17,6641
非ポリマー9026
水1,36976
1
A: 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase
ヘテロ分子

A: 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase
ヘテロ分子

A: 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,69521
ポリマ－52,9913
非ポリマー2,70518
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area10040 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area17350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)145.639, 145.639, 145.639
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number199
Space group name H-MI213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-165-

CL

21A-168-

MG

31A-244-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase / MECPS / MECDP-synthase


分子量: 17663.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: N-terminal maltose binding protein fusion and 6-his tag with the TEV protease cut-site. The MBP fusion is removed in situ and the tag is removed during the purification
由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌) / 株: CO92 / 遺伝子: ispF, y0829, YPO3360, YPTB0771, YP_0327 / プラスミド: pMCSG19c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3
参照: UniProt: Q8ZBP7, 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase

-
非ポリマー , 6種, 82分子

#2: 化合物 ChemComp-CTP / CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / CTP


分子量: 483.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H16N3O14P3
#3: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1.0M Ammonium sulfate, 0.1M HEPES pH 7.0, 0.5 % w/v PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月2日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→34.33 Å / Num. all: 12751 / Num. obs: 12751 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.4 % / Biso Wilson estimate: 83.86 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.095
反射 シェル解像度: 2.8→2.85 Å / 冗長度: 10.7 % / Rmerge(I) obs: 0.968 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 620 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ収集
HKL-3000位相決定
MLPHARE位相決定
直接法モデル構築
SHELXD位相決定
RESOLVEモデル構築
Cootモデル構築
BALBES位相決定
REFMAC5.5.0053精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
直接法位相決定
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: SAD/molecular replacement
開始モデル: 3F6M

3f6m


解像度: 2.8→34.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 15.153 / SU ML: 0.129 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.219 / ESU R Free: 0.19
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.199 616 4.9 %RANDOM
Rwork0.17 ---
all0.172 12006 --
obs0.172 12006 98.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 68.782 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→34.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1213 0 52 76 1341
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0221284
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7452.0171746
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.4925164
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.57224.23152
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.04515206
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.763158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.2194
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021948
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9011.5803
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.79721277
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.7023481
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.714.5469
LS精密化 シェル解像度: 2.805→2.877 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.331 44 -
Rwork0.3 869 -
obs-913 98.49 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 27.0826 Å / Origin y: 8.7153 Å / Origin z: 11.2289 Å
111213212223313233
T0.0315 Å20.0209 Å20.0396 Å2-0.0298 Å20.0236 Å2--0.0806 Å2
L1.5563 °20.1711 °2-0.429 °2-1.8095 °20.4238 °2--1.8703 °2
S-0.0144 Å °-0.0939 Å °-0.1863 Å °-0.1066 Å °-0.0184 Å °-0.1889 Å °0.0791 Å °0.1869 Å °0.0328 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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