PDB-3foz: Structure of E. coli Isopentenyl-tRNA transferase in complex with...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3foz

タイトル

Structure of E. coli Isopentenyl-tRNA transferase in complex with E. coli tRNA(Phe)

要素

(tRNA(Phe)) x 2
tRNA delta(2)-isopentenylpyrophosphate transferase

キーワード

TRANSFERASE/RNA / tRNA / nucleoside modification / isopentenyl-tRNA transferase / MiaA / TRANSFERASE-RNA COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of cytoplasmic translation in response to stress / tRNA dimethylallyltransferase / tRNA dimethylallyltransferase activity / tRNA modification / cellular response to heat / ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli K-12 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Seif, E. / Hallberg, B.M.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: RNA-Protein Mutually Induced Fit: STRUCTURE OF ESCHERICHIA COLI ISOPENTENYL-tRNA TRANSFERASE IN COMPLEX WITH tRNA(Phe).
著者: Seif, E. / Hallberg, B.M.

履歴

登録	2009年1月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2009年1月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2018年5月23日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.3	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3foz.cif.gz	216.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3foz.ent.gz	167.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3foz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3foz_validation.pdf.gz	470.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3foz_full_validation.pdf.gz	478 KB	表示
XML形式データ	3foz_validation.xml.gz	26.7 KB	表示
CIF形式データ	3foz_validation.cif.gz	38.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fo/3foz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fo/3foz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1tttS 3d3qS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2zxu-d 2zm5-d 7k5j-8 6zsl-d 5rmk-d 5rlw-d 7k5j-7 5rlq-d 5rlt-d 1ukl-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リシン (Ricin)
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Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
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20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: tRNA delta(2)-isopentenylpyrophosphate transferase

B: tRNA delta(2)-isopentenylpyrophosphate transferase

C: tRNA(Phe)

D: tRNA(Phe)

ヘテロ分子

117 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	89.240, 91.260, 152.360
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	tRNA delta(2)-isopentenylpyrophosphate transferase / MiaA / IPP transferase / Isopentenyl-diphosphate:tRNA isopentenyltransferase / IPTase / IPPT 分子量: 35107.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b4171, E. coli, JW4129, miaA, trpX / プラスミド: pNIC-BSA4 (GI: EF198106) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): KRX / 参照: UniProt: P16384, EC: 2.5.1.8
#2: RNA鎖	tRNA(Phe) 分子量: 23852.137 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: TRNA WAS PREPARED BY IN-VITRO TRANSCRIPTION WITH T7
#3: RNA鎖	tRNA(Phe) 分子量: 22261.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: TRNA WAS PREPARED BY IN-VITRO TRANSCRIPTION WITH T7
#4: 化合物	... ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 73 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.67 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.87 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG 4K 15%, 0.2M CaCl2, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

溶液の組成

ID	名称	Crystal-ID	Sol-ID
1	PEG 4000	1	1
2	CaCl2	1	1
3	PEG 4000	1	2
4	CaCl2	1	2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-3 / 波長: 0.97 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月11日 / 詳細: Double crystal monochromator, Si(111)
放射	モノクロメーター: Double crystal monochromator, Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→78.29 Å / Num. all: 43836 / Num. obs: 43749 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.5 % / B_iso Wilson estimate: 51 Å² / R_sym value: 0.097 / Net I/σ(I): 6.8
反射シェル	解像度: 2.5→2.6 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.14 / R_sym value: 0.493 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MxCuBE		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0044	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3D3Q, 1TTT

3d3q

1ttt

解像度: 2.5→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.898 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.837 / SU B: 23.52 / SU ML: 0.239 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): -3 / ESU R: 0.576 / ESU R Free: 0.33 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26822	2133	5 %	RANDOM
R_work	0.24389	-	-	-
all	0.24517	43779	-	-
obs	0.24517	40403	97.16 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.657 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.3 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	1.46 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.76 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4783	3055	22	73	7933

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.021	8298
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	4557
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.279	2.428	11945
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.875	3	11262
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.849	5	606
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.731	23.158	228
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.788	15	833
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.201	15	48
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.059	0.2	1451
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	6928
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1319
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.415	2	3036
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.369	2	1216
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.154	3	4866
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.344	2	5262
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.707	3	7079

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.414	139	-
R_work	0.382	2949	-
obs	-	-	97.35 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.3816	0.4678	1.6979	1.6334	2.0721	5.4818	-0.1484	0.1945	0.3292	-0.1984	-0.0029	0.2039	-0.308	-0.0887	0.1514	0.1684	0.0115	0.0164	0.0396	0.0866	0.236	4.317	34.95	-22.108
2	0.337	0.207	-0.1796	1.1209	0.3221	1.9331	0.1323	0.0262	-0.0087	-0.0571	-0.0782	0.2593	0.0808	-0.2118	-0.0542	0.1096	0.0201	-0.0206	0.1109	0.0091	0.2708	0.755	25.488	-13.288
3	1.4328	-1.2255	0.6865	2.042	-1.0168	2.5529	0.0598	0.0571	0.0019	-0.2217	-0.0032	-0.1439	0.0304	-0.0572	-0.0565	0.0525	-0.0305	-0.0054	0.0913	0.0051	0.2462	11.763	19.329	-15.917
4	2.2367	0.3153	0.6726	0.8206	0.5542	9.1326	-0.0097	-0.2242	-0.1579	0.1241	-0.042	-0.1178	0.3775	0.3361	0.0516	0.0791	0.0087	-0.0176	0.0769	0.0335	0.2942	29.803	7.503	-0.315
5	0.7816	-0.448	-0.0704	1.1861	-0.4654	0.3766	0.0087	0.0686	-0.0869	-0.1558	0.0377	0.0008	0.0212	0.0237	-0.0464	0.1482	-0.0058	0.016	0.1284	-0.0265	0.2677	21.722	15.5	-15.415
6	8.4726	-0.1887	-8.6086	2.2772	-1.9204	10.7195	0.2476	0.416	0.2252	0.0022	-0.0976	-0.0704	-0.3065	-0.3465	-0.15	0.2575	-0.0046	-0.0678	0.1108	-0.0171	0.2832	13.567	44.227	-5.037
7	2.7433	-2.6129	1.0626	3.606	-0.3645	3.0742	-0.0578	-0.2979	-0.0932	0.3523	0.0967	-0.0126	0.0697	-0.0901	-0.0388	0.1088	-0.0177	0.01	0.132	0.0056	0.2587	5.627	26.351	6.342
8	1.5131	0.4688	-0.1872	3.7849	-1.7291	9.6061	-0.1428	-0.0088	-0.0279	0.0684	-0.0198	-0.1319	0.1502	-0.0501	0.1626	0.1056	0.0276	0.0211	0.1109	-0.02	0.2024	11.873	30.055	8.856
9	1.4072	-1.3796	-3.4227	1.9874	2.1444	10.8167	-0.0368	-0.1727	0.1266	0.1977	0.1939	-0.145	-0.0682	0.3642	-0.1572	0.1981	-0.0135	0.0184	0.1039	-0.03	0.2325	17.121	37.372	2.887
10	4.4632	-1.3344	1.5399	1.4024	1.1715	5.109	0.0966	0.1683	0.6088	-0.3984	-0.0643	-0.2229	-0.4819	0.0745	-0.0323	0.2242	-0.0272	0.0385	0.0452	0.0698	0.2699	13.049	39.484	-21.737
11	1.5997	-0.3751	-0.2903	2.0299	-1.3396	7.6858	-0.1554	0.0151	-0.2394	-0.1944	0.1197	-0.2478	0.4198	0.4482	0.0357	0.1843	0.0416	0.0061	0.0667	-0.0287	0.3138	22.784	27.862	41.373
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13	4.7002	-0.3039	0.4738	1.8996	-0.6424	4.3738	0.145	0.1561	-0.028	0.2163	-0.2718	-0.2672	0.1479	0.3976	0.1268	0.1718	0.0296	-0.0153	0.0789	0.0224	0.2155	17.55	30.86	47.54
14	4.4521	-2.0596	1.1882	4.0308	-0.5034	3.0946	0.3077	0.033	0.1541	0.394	-0.1622	0.4942	-0.3585	-0.4583	-0.1456	0.2479	0.0763	0.1448	0.0983	-0.0118	0.2459	-7.282	45.728	52.103
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20	7.369	-3.1185	-0.6654	6.7818	-0.3442	5.6992	0.1101	-0.1388	0.1197	-0.3334	0.0247	-0.8721	-0.073	0.8928	-0.1349	0.0591	-0.017	-0.0393	0.1408	-0.0279	0.324	29.333	36.154	38.341
21	4.0546	-2.8087	-3.8757	5.3733	0.3878	8.9117	-0.1532	0.7707	0.5774	0.3024	-0.4895	-0.7998	-0.296	0.3484	0.6427	0.1576	-0.1401	-0.0859	0.6104	0.239	0.5391	33.025	55.712	36.508
22	4.5534	-1.8729	0.5514	1.9778	0.4074	0.4181	-0.1034	-0.4512	-0.2647	0.1037	0.1305	0.0643	-0.011	-0.1398	-0.027	0.179	0.0537	0.062	0.2629	-0.0358	0.2625	36.093	47.935	21.95
23	7.7774	0.5301	1.3366	3.791	-0.3154	0.2838	-0.0099	0.0782	-0.1937	0.1021	0.0712	0.364	-0.0325	-0.0321	-0.0612	0.1162	0.0325	0.041	0.1831	-0.0398	0.234	34.677	41.756	11.797
24	7.6533	-1.6102	-0.8827	0.3999	0.7753	5.9088	-0.0587	0.1003	0.2988	0.0239	0.009	-0.0562	0.0621	0.1474	0.0496	0.117	0.0314	-0.0052	0.1502	-0.0088	0.2644	53.484	42.305	16.081
25	0.92	1.0209	0.7053	1.2919	1.0896	1.3102	0.067	-0.024	-0.1502	-0.0168	0.0585	-0.2156	-0.0718	0.1162	-0.1256	0.121	0.0067	0.0193	0.144	-0.0288	0.2953	29.739	31.929	-3.263
26	1.5857	0.0001	-0.2376	0.7262	0.4715	1.2409	-0.0373	-0.1745	0.0487	0.0471	-0.0316	-0.124	0.0191	-0.0023	0.0689	0.1066	0.0136	0.0187	0.0778	0.0213	0.2868	23.853	25.494	-5.215
27	5.6779	7.3244	3.7485	9.6104	5.7067	8.5523	-0.916	0.3855	0.4355	-1.248	0.3261	0.719	-1.2036	-0.4937	0.5899	0.3889	0.0419	-0.1076	0.3535	-0.1274	0.5106	39.428	46.09	2.641
28	0.3869	0.1097	-0.4333	0.693	0.5412	2.1158	0.0136	-0.0618	0.3093	0.0341	0.1224	0.0043	-0.2415	0.2029	-0.136	0.18	-0.0079	-0.0129	0.0811	-0.068	0.3801	51.666	52.861	18.85
29	0.7151	0.8259	-0.9591	1.1306	-0.8281	1.8367	-0.0021	0.1141	0.174	-0.0173	0.204	0.2004	-0.1432	-0.1521	-0.202	0.2115	0.0394	0.0217	0.2574	-0.0589	0.4092	36.772	55.532	26.253
30	0.7561	1.6281	1.149	3.514	2.174	12.9643	0.0583	-0.133	0.354	0.1525	-0.2694	0.7683	-0.7819	-0.8726	0.211	0.1527	0.0067	-0.0136	0.2147	-0.0325	0.2324	24.389	54.151	40.51
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32	3.4099	-1.0718	0.5272	9.3858	-2.6952	1.3533	0.082	0.1932	-0.1548	-0.1302	-0.1554	0.1959	0.1842	-0.1243	0.0733	0.293	0.0607	-0.024	0.1305	-0.0222	0.1902	0.126	59.772	14.494
33	1.1195	3.2074	-0.2017	9.5767	0.661	4.8864	0.0468	-0.1292	-0.0715	-0.0203	-0.4166	-0.1827	-0.0552	0.099	0.3697	0.3585	0.1263	0.0656	0.1545	0.076	0.1553	1.303	78.27	12.741
34	0.1266	-0.3975	0.5197	1.6933	-2.0054	2.4664	-0.0776	0.0689	0.0358	0.3916	0.0373	0.0776	-0.5096	0.0647	0.0402	0.3585	0.0274	-0.0529	0.2022	0.0618	0.3441	5.053	55.609	26.156
35	0.5232	0.1335	-0.6245	2.576	-1.8643	2.1867	0.1214	0.0198	0.0849	0.2198	-0.0666	0.3215	-0.3238	0.0146	-0.0548	0.2117	0.0233	0.0035	0.0537	-0.0131	0.2655	3.898	45.958	41.977
36	7.0772	6.67	4.7117	6.295	4.4483	3.1455	1.3958	0.7474	-2.4586	1.4737	0.4744	-2.3968	1.0025	0.4063	-1.8703	1.3353	0.3724	-0.344	1.0471	0.6605	1.7288	9.778	61.893	18.131
37	1.7585	0.4628	0.596	0.129	0.1604	0.2113	-0.0675	0.7595	-0.2907	-0.0709	0.1688	-0.1104	-0.1041	0.243	-0.1013	0.7998	0.1952	0.1609	0.4621	0.0217	0.2322	6.001	72.904	-0.185
38	2.1357	0.9748	0.2032	9.2794	0.1142	2.0064	0.0347	0.3702	-0.0483	-0.2797	-0.015	-0.188	-0.1699	0.0551	-0.0198	0.2784	0.0532	0.0158	0.1799	0.0247	0.1688	3.268	77.524	6.429
39	0.0691	-0.2938	0	9.1213	0	11.2501	0.2297	0.1567	0.0463	-1.2817	-0.5565	-0.2893	1.2034	0.4609	0.3267	0.9214	0.3893	0.144	0.5471	-0.0329	0.281	0.868	67.46	-6.307
40	3.2348	0.9895	3.2892	0.3698	0.6298	6.9283	0.4452	-0.6092	-1.1009	0.0503	-0.3409	-0.3357	0.7838	0.0737	-0.1044	0.6571	-0.0283	-0.2628	0.5525	0.083	1.0815	-8.427	52.69	-5.033

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	7 - 33
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	34 - 99
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	100 - 131
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	132 - 153
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	154 - 204
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	205 - 221
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	222 - 247
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	248 - 263
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	264 - 280
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	281 - 311
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	10 - 42
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	43 - 96
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	97 - 114
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	115 - 153
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	154 - 191
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	192 - 204
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	205 - 219
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	220 - 241
19	X-RAY DIFFRACTION	19	B	242 - 287
20	X-RAY DIFFRACTION	20	B	288 - 311
21	X-RAY DIFFRACTION	21	C	1 - 4
22	X-RAY DIFFRACTION	22	C	5 - 8
23	X-RAY DIFFRACTION	23	C	9 - 15
24	X-RAY DIFFRACTION	24	C	16 - 20
25	X-RAY DIFFRACTION	25	C	21 - 34
26	X-RAY DIFFRACTION	26	C	35 - 43
27	X-RAY DIFFRACTION	27	C	44 - 47
28	X-RAY DIFFRACTION	28	C	48 - 61
29	X-RAY DIFFRACTION	29	C	62 - 70
30	X-RAY DIFFRACTION	30	C	71 - 74
31	X-RAY DIFFRACTION	31	D	4 - 7
32	X-RAY DIFFRACTION	32	D	8 - 16
33	X-RAY DIFFRACTION	33	D	17 - 20
34	X-RAY DIFFRACTION	34	D	21 - 30
35	X-RAY DIFFRACTION	35	D	31 - 43
36	X-RAY DIFFRACTION	36	D	44 - 47
37	X-RAY DIFFRACTION	37	D	48 - 55
38	X-RAY DIFFRACTION	38	D	56 - 61
39	X-RAY DIFFRACTION	39	D	62 - 66
40	X-RAY DIFFRACTION	40	D	67 - 72

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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