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万見
- PDB-3fol: Crystal structure of the Class I MHC Molecule H-2Kwm7 with a Sing... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fol
タイトルCrystal structure of the Class I MHC Molecule H-2Kwm7 with a Single Self Peptide VNDIFERI
要素
  • 8 residue synthetic peptide
  • Beta-2-microglobulin
  • MHC
キーワードIMMUNE SYSTEM / Class I MHC / peptide complex / Diabetes-protective Effect / Immune response / Immunoglobulin domain / MHC I / Secreted / Chromosomal protein / DNA-binding / Methylation / Nucleosome core / Nucleus / Phosphoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / cellular defense response / Neutrophil degranulation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib ...Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / cellular defense response / Neutrophil degranulation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / negative regulation of neurogenesis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / peptide antigen binding / negative regulation of epithelial cell proliferation / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / sensory perception of smell / positive regulation of T cell activation / negative regulation of neuron projection development / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / iron ion transport / T cell differentiation in thymus / protein refolding / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / learning or memory / immune response / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / structural molecule activity / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / cytosol
類似検索 - 分子機能
MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. ...MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MHC / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Brims, D.R. / Qian, J. / Jarchum, I. / Yamada, T. / Mikesh, L. / Palmieri, E. / Lund, T. / Hattori, M. / Shabanowitz, J. / Hunt, D.F. ...Brims, D.R. / Qian, J. / Jarchum, I. / Yamada, T. / Mikesh, L. / Palmieri, E. / Lund, T. / Hattori, M. / Shabanowitz, J. / Hunt, D.F. / Ramagopal, U.A. / Malashkevich, V.N. / Almo, S.C. / Nathenson, S.G. / DiLorenzo, T.P.
引用ジャーナル: Int.Immunol. / 年: 2010
タイトル: Predominant occupation of the class I MHC molecule H-2Kwm7 with a single self-peptide suggests a mechanism for its diabetes-protective effect
著者: Brims, D.R. / Qian, J. / Jarchum, I. / Mikesh, L. / Palmieri, E. / Ramagopal, U.A. / Malashkevich, V.N. / Chaparro, R.J. / Lund, T. / Hattori, M. / Shabanowitz, J. / Hunt, D.F. / Nathenson, S. ...著者: Brims, D.R. / Qian, J. / Jarchum, I. / Mikesh, L. / Palmieri, E. / Ramagopal, U.A. / Malashkevich, V.N. / Chaparro, R.J. / Lund, T. / Hattori, M. / Shabanowitz, J. / Hunt, D.F. / Nathenson, S.G. / Almo, S.C. / Dilorenzo, T.P.
履歴
登録2008年12月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MHC
B: Beta-2-microglobulin
P: 8 residue synthetic peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,3293
ポリマ－44,3293
非ポリマー00
水1,17165
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4500 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area19080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)117.393, 66.630, 56.211
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.660, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 MHC


分子量: 31487.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: Pet3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D2YW38*PLUS
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11835.555 Da / 分子数: 1 / Fragment: IgC / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: B2m / プラスミド: Pet3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01887
#3: タンパク質・ペプチド 8 residue synthetic peptide


分子量: 1006.134 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: The peptide was chemically synthesized. It is found naturally in mouse.
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.29 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 25% PEG 3350, 200 mM ammonium sulfate, 100 mM Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年3月27日
放射モノクロメーター: Osmic / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 18990 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Χ2: 1.072 / Net I/σ(I): 19.169
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.3-2.384.20.81914770.856176.4
2.38-2.485.80.76718861.08197.8
2.48-2.597.30.63119531.226199.9
2.59-2.737.50.49219461.1511100
2.73-2.97.40.33519301.14199.9
2.9-3.127.50.19419471.083199.9
3.12-3.447.60.09719361.0481100
3.44-3.937.60.05419520.9421100
3.93-4.957.60.03319581.0781100
4.95-507.40.03520050.987199.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
StructureStudioデータ収集
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.5→19.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / WRfactor Rfree: 0.238 / WRfactor Rwork: 0.175 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.79 / SU B: 25.664 / SU ML: 0.27 / SU R Cruickshank DPI: 0.71 / SU Rfree: 0.311 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.709 / ESU R Free: 0.313 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.261 757 5 %RANDOM
Rwork0.192 ---
obs0.196 15063 99.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 92.58 Å2 / Biso mean: 39.517 Å2 / Biso min: 2.11 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20 Å20.02 Å2
2---0.02 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→19.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3117 0 0 65 3182
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0213222
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6011.9394377
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9335383
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.55223.353167
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.47315539
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.1061528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2452
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0212516
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9853.51912
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.418203095
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.463201310
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.8394.51280
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.564 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.416 51 -
Rwork0.315 1050 -
all-1101 -
obs--99.46 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.62132.22242.44611.4921.36732.62640.01910.32690.1367-0.02520.11310.0285-0.10510.3815-0.13220.06240.00070.07050.10520.0240.126421.1576-0.560513.7448
23.32810.45021.6225.52434.40058.62150.3522-0.36840.12680.0571-0.16160.1234-0.4521-0.0669-0.19060.1985-0.09620.1380.2051-0.00290.138318.95892.511232.6636
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 274
2X-RAY DIFFRACTION1A275 - 379
3X-RAY DIFFRACTION2B0 - 99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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