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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3foj | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of SSP1007 From Staphylococcus saprophyticus subsp. saprophyticus. Northeast Structural Genomics Target SyR101A. | ||||||
要素 | uncharacterized protein | ||||||
キーワード | structural genomics / unknown function / protein SSP1007 / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Rhodanese-like domain / Oxidized Rhodanese; domain 1 / Rhodanese Homology Domain / Rhodanese-like domain / Rhodanese domain profile. / Rhodanese-like domain superfamily / Rhodanese-like domain / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | Staphylococcus saprophyticus subsp. saprophyticus ATCC 15305 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å | ||||||
データ登録者 | Seetharaman, J. / Abashidze, M. / Wang, H. / Janjua, H. / Foote, E.L. / Xiao, R. / Everett, J.K. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. ...Seetharaman, J. / Abashidze, M. / Wang, H. / Janjua, H. / Foote, E.L. / Xiao, R. / Everett, J.K. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal Structure of SSP1007 From Staphylococcus saprophyticus subsp. saprophyticus. Northeast Structural Genomics Target SyR101A. 著者: Seetharaman, J. / Abashidze, M. / Wang, H. / Janjua, H. / Foote, E.L. / Xiao, R. / Everett, J.K. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3foj.cif.gz | 30.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3foj.ent.gz | 22.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3foj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3foj_validation.pdf.gz | 421.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3foj_full_validation.pdf.gz | 422.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3foj_validation.xml.gz | 7.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3foj_validation.cif.gz | 9.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fo/3foj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fo/3foj | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | monomer |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11172.685 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Staphylococcus saprophyticus subsp. saprophyticus ATCC 15305 (バクテリア) 遺伝子: SSP1007 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q49YI7 |
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#2: 化合物 | ChemComp-NA / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 27.77 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: 150mM MgSO4, 100 MM Na3 Citrate, 20% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.979 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 19428 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 18.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 17.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 6 % / Mean I/σ(I) obs: 16 / Num. unique all: 1907 / Rsym value: 0.36 / % possible all: 99.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.6→27.21 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 119624.42 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 42.7996 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 18.1 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→27.21 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.6→1.69 Å / Total num. of bins used: 6 /
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Xplor file |
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