[日本語] English
万見
- PDB-3fog: Crystal structure of the PX domain of sorting nexin-17 (SNX17) -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fog
タイトルCrystal structure of the PX domain of sorting nexin-17 (SNX17)
要素Sorting nexin-17
キーワードPROTEIN TRANSPORT / helix / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / Cytoplasm / Endosome / Phosphoprotein / Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


cardiac septum development / coronary vasculature development / endocytic recycling / aorta development / low-density lipoprotein particle receptor binding / endosomal transport / cholesterol catabolic process / regulation of endocytosis / receptor-mediated endocytosis / phosphatidylinositol binding ...cardiac septum development / coronary vasculature development / endocytic recycling / aorta development / low-density lipoprotein particle receptor binding / endosomal transport / cholesterol catabolic process / regulation of endocytosis / receptor-mediated endocytosis / phosphatidylinositol binding / kidney development / intracellular protein transport / cytoplasmic vesicle / early endosome / endosome membrane / endosome / intracellular membrane-bounded organelle / signaling receptor binding / Golgi apparatus / signal transduction / protein-containing complex / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Sorting nexin-17 / SNX17, atypical FERM-like domain / Sorting nexin-17/31, FERM domain / : / : / Sorting Nexin 17 FERM C-terminal domain / Sortin nexin 17/31, FERM domain, F2 lobe / Sortin nexin 17/27/31, FERM domain, F1 lobe / SNX17/27/31 / Phox-like domain ...Sorting nexin-17 / SNX17, atypical FERM-like domain / Sorting nexin-17/31, FERM domain / : / : / Sorting Nexin 17 FERM C-terminal domain / Sortin nexin 17/31, FERM domain, F2 lobe / Sortin nexin 17/27/31, FERM domain, F1 lobe / SNX17/27/31 / Phox-like domain / PX Domain / Ras-associating (RA) domain profile. / Ras-associating (RA) domain / PhoX homologous domain, present in p47phox and p40phox. / PX domain profile. / PX domain / Phox homology / PX domain superfamily / PH-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Wisniewska, M. / Tresaugues, L. / Arrowsmith, C.H. / Berglund, H. / Bountra, C. / Collins, R. / Dahlgren, L.G. / Edwards, A.M. / Flodin, S. / Flores, A. ...Wisniewska, M. / Tresaugues, L. / Arrowsmith, C.H. / Berglund, H. / Bountra, C. / Collins, R. / Dahlgren, L.G. / Edwards, A.M. / Flodin, S. / Flores, A. / Graslund, S. / Hammarstrom, M. / Johansson, A. / Johansson, I. / Karlberg, T. / Kotenyova, T. / Lehtio, L. / Moche, M. / Nilsson, M.E. / Nordlund, P. / Nyman, T. / Persson, C. / Sagemark, J. / Siponen, M.I. / Thorsell, A.G. / Van Den Berg, S. / Weigelt, J. / Welin, M. / Wikstrom, M. / Schueler, H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal structure of the PX domain of sorting nexin-17 (SNX17)
著者: Wisniewska, M. / Tresaugues, L. / Arrowsmith, C.H. / Berglund, H. / Bountra, C. / Collins, R. / Dahlgren, L.G. / Edwards, A.M. / Flodin, S. / Flores, A. / Graslund, S. / Hammarstrom, M. / ...著者: Wisniewska, M. / Tresaugues, L. / Arrowsmith, C.H. / Berglund, H. / Bountra, C. / Collins, R. / Dahlgren, L.G. / Edwards, A.M. / Flodin, S. / Flores, A. / Graslund, S. / Hammarstrom, M. / Johansson, A. / Johansson, I. / Karlberg, T. / Kotenyova, T. / Lehtio, L. / Moche, M. / Nilsson, M.E. / Nordlund, P. / Nyman, T. / Persson, C. / Sagemark, J. / Siponen, M.I. / Thorsell, A.G. / Van Den Berg, S. / Weigelt, J. / Welin, M. / Wikstrom, M. / Schueler, H.
履歴
登録2008年12月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Sorting nexin-17
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,2772
ポリマ－13,2541
非ポリマー231
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.890, 89.890, 39.260
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number150
Space group name H-MP321

-
要素

#1: タンパク質 Sorting nexin-17 / SNX17


分子量: 13253.858 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 1-115 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SNX17, KIAA0064 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15036
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.98 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20% PEG 3350, 0.2M sodium fluoride, 0.1M bis-Tris propane, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月22日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→30 Å / Num. all: 4674 / Num. obs: 4633 / % possible obs: 99.1 %
反射 シェル解像度: 2.8→2.87 Å / % possible all: 98.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBEデータ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1XTE

1xte


解像度: 2.8→29.423 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.743 / SU ML: 0.38 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 30.96 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.279 464 10.02 %
Rwork0.23 4169 -
obs0.235 4633 99.25 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 49.415 Å2 / ksol: 0.327 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 128.81 Å2 / Biso mean: 71.594 Å2 / Biso min: 41.08 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.216 Å2-0 Å2-0 Å2
2--4.216 Å20 Å2
3----8.433 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→29.423 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数818 0 1 0 819
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006838
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9941134
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069123
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005149
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.248306
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 3 / % reflection obs: 99 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
2.8001-3.20480.39221510.31771355
3.2048-4.03610.31491520.23591373
4.0361-29.4250.23261610.20071441

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る