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- PDB-3lui: Crystal structure of the SNX17 PX domain with bound sulphate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lui
タイトルCrystal structure of the SNX17 PX domain with bound sulphate
要素Sorting nexin-17
キーワードPROTEIN TRANSPORT / SNX17 / sorting nexin / PX domain / endosome / Phosphoprotein / Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


cardiac septum development / endocytic recycling / coronary vasculature development / cholesterol catabolic process / aorta development / endosomal transport / low-density lipoprotein particle receptor binding / regulation of endocytosis / phosphatidylinositol binding / receptor-mediated endocytosis ...cardiac septum development / endocytic recycling / coronary vasculature development / cholesterol catabolic process / aorta development / endosomal transport / low-density lipoprotein particle receptor binding / regulation of endocytosis / phosphatidylinositol binding / receptor-mediated endocytosis / kidney development / intracellular protein transport / cytoplasmic vesicle / early endosome / endosome / endosome membrane / signaling receptor binding / intracellular membrane-bounded organelle / Golgi apparatus / signal transduction / protein-containing complex / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Sorting nexin-17 / SNX17, atypical FERM-like domain / Sorting nexin-17/31, FERM domain / : / : / Sorting Nexin 17 FERM C-terminal domain / Sortin nexin 17/31, FERM domain, F2 lobe / Sortin nexin 17/27/31, FERM domain, F1 lobe / Phox-like domain / PX Domain ...Sorting nexin-17 / SNX17, atypical FERM-like domain / Sorting nexin-17/31, FERM domain / : / : / Sorting Nexin 17 FERM C-terminal domain / Sortin nexin 17/31, FERM domain, F2 lobe / Sortin nexin 17/27/31, FERM domain, F1 lobe / Phox-like domain / PX Domain / Ras-associating (RA) domain profile. / Ras-associating (RA) domain / PhoX homologous domain, present in p47phox and p40phox. / PX domain profile. / PX domain / Phox homology / PX domain superfamily / PH-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Ghai, R. / Collins, B.M.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2011
タイトル: Phox homology band 4.1/ezrin/radixin/moesin-like proteins function as molecular scaffolds that interact with cargo receptors and Ras GTPases
著者: Ghai, R. / Mobli, M. / Norwood, S.J. / Bugarcic, A. / Teasdale, R.D. / King, G.F. / Collins, B.M.
履歴
登録2010年2月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sorting nexin-17
B: Sorting nexin-17
C: Sorting nexin-17
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,8249
ポリマ－39,2483
非ポリマー5766
水9,368520
1
A: Sorting nexin-17
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,2753
ポリマ－13,0831
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Sorting nexin-17
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,3714
ポリマ－13,0831
非ポリマー2883
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Sorting nexin-17
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,1792
ポリマ－13,0831
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.893, 66.588, 98.193
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Sorting nexin-17 / SNX17


分子量: 13082.650 Da / 分子数: 3 / 断片: SNX17 PX domain (residues 1-112) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SNX17 / プラスミド: pET based ligation-independent vector / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q15036
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 520 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.09 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1.8M lithium sulphate, 0.1M Tris, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.541 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.541 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→55.1 Å / Num. obs: 34117 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(I): 2.1 / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 1.52 % / Rmerge(I) obs: 0.273 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 96.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.5_2)精密化
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→49.227 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.825 / SU ML: 0.26 / σ(F): 0.02 / 位相誤差: 24.32 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2447 1640 5.01 %
Rwork0.2002 --
obs0.2025 32750 92.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 43.969 Å2 / ksol: 0.349 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 63.17 Å2 / Biso mean: 25.733 Å2 / Biso min: 9.33 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.294 Å2-0 Å20 Å2
2---1.784 Å2-0 Å2
3---4.078 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→49.227 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2594 0 30 520 3144
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062672
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9173605
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.459999
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.064379
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004473
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.8-1.8640.3071320.2532779291184
1.864-1.9390.3051520.2392888304088
1.939-2.0270.3051690.2273065323492
2.027-2.1340.2531430.1993130327394
2.134-2.2680.2481700.1943027319792
2.268-2.4430.2641930.1953142333595
2.443-2.6890.2611790.2023259343897
2.689-3.0780.2561600.2093314347498
3.078-3.8770.2121400.1693222336294
3.877-49.2450.2132020.1883284348693

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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