PDB-2ka7: NMR solution structure of TM0212 at 40 C

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2ka7

タイトル

NMR solution structure of TM0212 at 40 C

要素

Glycine cleavage system H protein

キーワード

structural genomics / unknown function / PROTEIN / Lipoyl / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Joint Center for Structural Genomics / JCSG

機能・相同性

機能・相同性情報

glycine decarboxylation via glycine cleavage system / glycine cleavage complex / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermotoga maritima (バクテリア)

手法

溶液NMR / molecular dynamics

データ登録者

Pedrini, B. / Herrmann, T. / Mohanty, B. / Geralt, M. / Wilson, I. / Wuthrich, K. / Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: J.Biomol.Nmr / 年: 2012
タイトル: The J-UNIO protocol for automated protein structure determination by NMR in solution.
著者: Serrano, P. / Pedrini, B. / Mohanty, B. / Geralt, M. / Herrmann, T. / Wuthrich, K.

履歴

登録	2008年10月31日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年1月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2012年6月20日	Group: Database references
改定 1.3	2013年1月9日	Group: Database references
改定 1.4	2020年2月19日	Group: Data collection / Other / カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.5	2023年6月14日	Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.6	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2ka7.cif.gz	745.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2ka7.ent.gz	622.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2ka7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ka/2ka7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ka/2ka7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1zko
類似構造データ	6vd6-1 5vts-2 6vd6-2 6vdy-2 6oo8-1 6vdt-1 4kmv-2 6co5-2 1opb-1 5chr-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 16016 TargetDB: 282092

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (5) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Glycine cleavage system H protein

13.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 80	target function
代表モデル	モデル #1	closest to the average

#1: タンパク質	Glycine cleavage system H protein 分子量: 13929.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア) 生物種: maritima / 遺伝子: gcvH, TM_0212 / プラスミド: pET 25b / 生物種 (発現宿主): coli / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9WY55

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	6D APSY HNCOCANH
1	2	1	5D APSY (HA)CA(CO)NH
1	3	1	5D APSY CBCA(CO)NH
1	4	1	3D 1H-15N NOESY
1	5	1	3D 1H-13C aliphatic NOESY
1	6	1	3D 1H-13C aromatic NOESY

-
試料調製

詳細	内容: 2.4 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] TM0212, 90% H2O/10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料	濃度: 2.4 mM / 構成要素: TM0212 / Isotopic labeling: [U-100% 13C; U-100% 15N]
試料状態	pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 313.0 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker Avance	Bruker	AVANCE	800	1
Bruker Avance	Bruker	AVANCE	600	2

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
GAPRO	Hiller and Fiorito	automated analysis of 2d apsy nmr projection
MATCH	Volk and Herrmann	automated backbone assignment
ASCAN	Fiorito and Herrmann	noesy-based sidechain assignment
ATNOS/CANDID	Herrmann and Guntert	peak picking
ATNOS/CANDID	Herrmann and Guntert	peak assignment and constraint collection
CYANA	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	構造決定
OPALp	Luginbuhl, Guntert, Billeter and Wuthrich	精密化

精密化

手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1

NMR constraints

NOE constraints total: 2488 / NOE intraresidue total count: 559 / NOE long range total count: 880 / NOE medium range total count: 405 / NOE sequential total count: 644

代表構造

選択基準: closest to the average

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 80 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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