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Yorodumi- PDB-3fof: Structural insight into the quinolone-DNA cleavage complex of typ... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 3fof | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Structural insight into the quinolone-DNA cleavage complex of type IIA topoisomerases | ||||||
Components |
| ||||||
Keywords | ISOMERASE/DNA / quinolone / topoisomerase / DNA / protein-DNA cleavage complex / Streptococcus pneumoniae / moxifloxacin / Cell membrane / DNA-binding / Isomerase / Membrane / ATP-binding / Nucleotide-binding / ISOMERASE-DNA COMPLEX | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationDNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) complex / DNA negative supercoiling activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / extrinsic component of plasma membrane / DNA topological change / chromosome segregation / chromosome / DNA binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | ![]() | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 4 Å | ||||||
Authors | Laponogov, I. / Sohi, M.K. / Veselkov, D.A. / Pan, X.-S. / Sawhney, R. / Thompson, A.W. / McAuley, K.E. / Fisher, L.M. / Sanderson, M.R. | ||||||
Citation | Journal: Nat.Struct.Mol.Biol. / Year: 2009Title: Structural insight into the quinolone-DNA cleavage complex of type IIA topoisomerases Authors: Laponogov, I. / Sohi, M.K. / Veselkov, D.A. / Pan, X.-S. / Sawhney, R. / Thompson, A.W. / McAuley, K.E. / Fisher, L.M. / Sanderson, M.R. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 3fof.cif.gz | 498.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb3fof.ent.gz | 387.9 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 3fof.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 3fof_validation.pdf.gz | 1016.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 3fof_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | |
| Data in XML | 3fof_validation.xml.gz | 49.5 KB | Display | |
| Data in CIF | 3fof_validation.cif.gz | 68.2 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fo/3fof ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fo/3fof | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 3foeC ![]() 2novS ![]() 2rgrS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 |
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| Unit cell |
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| Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1
NCS ensembles :
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Components
-DNA topoisomerase 4 subunit ... , 2 types, 4 molecules ABCD
| #1: Protein | Mass: 56455.434 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: residues 1-488 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() References: UniProt: P72525, Isomerases; Other isomerases; Sole sub-subclass for isomerases that do not belong in the other subclasses #2: Protein | Mass: 30415.703 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: residues 404-647 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() References: UniProt: Q59961, Isomerases; Other isomerases; Sole sub-subclass for isomerases that do not belong in the other subclasses |
|---|
-DNA chain , 4 types, 4 molecules EFGH
| #3: DNA chain | Mass: 4602.024 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Details: E-site DNA / References: PDB-3FOE |
|---|---|
| #4: DNA chain | Mass: 5810.770 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Details: E-site DNA / References: PDB-3FOE |
| #5: DNA chain | Mass: 4565.968 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Details: E-site DNA / References: PDB-3FOE |
| #6: DNA chain | Mass: 5846.827 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Details: E-site DNA / References: PDB-3FOE |
-Non-polymers , 1 types, 2 molecules FH

| #7: Chemical | ChemComp-MFX / |
|---|
-Details
| Sequence details | FOR CHAIN A AND B, THE DATABASE REFERENCE SEQUENCE IS REFERRED IN REFERENCES 1 AND 4 OF PARC_STRPN, ...FOR CHAIN A AND B, THE DATABASE REFERENCE SEQUENCE IS REFERRED IN REFERENCES |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 3.92 Å3/Da / Density % sol: 68.63 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 50mM Na cacodylate, 100mM Ammonium acetate, 15mM Magnesium acetate, 7.5% isopropanol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| Components of the solutions |
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-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I03 / Wavelength: 0.97 Å |
| Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Jun 27, 2008 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.97 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 3.2→34.067 Å / Num. obs: 44580 / Biso Wilson estimate: 178.14 Å2 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: PDB ENTRIES 2NOV and 2RGR Resolution: 4→34.066 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.6 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.98 / Phase error: 28.67 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 150.002 Å2 / ksol: 0.185 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso max: 638.86 Å2 / Biso mean: 198.798 Å2 / Biso min: 44.54 Å2
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| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 4→34.066 Å
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| Refine LS restraints |
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| Refine LS restraints NCS |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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