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- PDB-3foe: Structural insight into the quinolone-DNA cleavage complex of typ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3foe
タイトルStructural insight into the quinolone-DNA cleavage complex of type IIA topoisomerases
要素
  • (DNA topoisomerase 4 subunit ...) x 2
  • DNA (5'-D(P*AP*CP*CP*AP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*TP*GP*AP*AP*T)-3')
  • DNA (5'-D(P*AP*GP*TP*CP*AP*TP*TP*CP*AP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*TP*GP*GP*T)-3')
  • DNA (5'-D(P*CP*TP*GP*TP*TP*TP*TP*AP*CP*GP*TP*GP*CP*AP*T)-3')
  • DNA (5'-D(P*GP*AP*CP*TP*AP*TP*GP*CP*AP*CP*GP*TP*AP*AP*AP*AP*CP*AP*G)-3')
キーワードISOMERASE/DNA / quinolone / topoisomerase / DNA / protein-DNA cleavage complex / Streptococcus pneumoniae / clinafloxacin / Cell membrane / DNA-binding / Isomerase / Membrane / ATP-binding / Nucleotide-binding / ISOMERASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) complex / DNA negative supercoiling activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / extrinsic component of plasma membrane / DNA topological change / chromosome segregation / chromosome / DNA binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA topoisomerase IV subunit A, Gram-positive / DNA topoisomerase 4 subunit B, Firmicutes/Mollicutes / Topoisomerase II; domain 5 / Topoisomerase II, domain 5 / Topoisomerase, domain 3 / Topoisomerase; domain 3 / Rossmann fold - #670 / Gyrase A; domain 2 - #40 / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal repeat / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal ...DNA topoisomerase IV subunit A, Gram-positive / DNA topoisomerase 4 subunit B, Firmicutes/Mollicutes / Topoisomerase II; domain 5 / Topoisomerase II, domain 5 / Topoisomerase, domain 3 / Topoisomerase; domain 3 / Rossmann fold - #670 / Gyrase A; domain 2 - #40 / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal repeat / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal / : / DNA gyrase C-terminal domain, beta-propeller / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B / DNA gyrase B subunit, C-terminal / DNA gyrase B subunit, carboxyl terminus / Topoisomerase (Topo) IIA-type catalytic domain profile. / DNA topoisomerase, type IIA, alpha-helical domain superfamily / DNA topoisomerase, type IIA, domain A / DNA topoisomerase, type IIA, domain A, alpha-beta / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A / DNA Topoisomerase IV / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, domain 2 / DNA gyrase B / DNA topoisomerase, type IIA / DNA topoisomerase, type IIA, conserved site / DNA topoisomerase II signature. / TopoisomeraseII / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, C-terminal / Toprim domain / DNA topoisomerase, type IIA-like domain superfamily / Toprim domain profile. / TOPRIM domain / Gyrase A; domain 2 / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NFX / DNA / DNA (> 10) / DNA topoisomerase 4 subunit A / DNA topoisomerase 4 subunit B
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.001 Å
データ登録者Laponogov, I. / Sohi, M.K. / Veselkov, D.A. / Pan, X.-S. / Sawhney, R. / Thompson, A.W. / McAuley, K.E. / Fisher, L.M. / Sanderson, M.R.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Structural insight into the quinolone-DNA cleavage complex of type IIA topoisomerases
著者: Laponogov, I. / Sohi, M.K. / Veselkov, D.A. / Pan, X.-S. / Sawhney, R. / Thompson, A.W. / McAuley, K.E. / Fisher, L.M. / Sanderson, M.R.
履歴
登録2008年12月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年2月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA topoisomerase 4 subunit A
B: DNA topoisomerase 4 subunit A
C: DNA topoisomerase 4 subunit B
D: DNA topoisomerase 4 subunit B
E: DNA (5'-D(P*AP*CP*CP*AP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*TP*GP*AP*AP*T)-3')
F: DNA (5'-D(P*AP*GP*TP*CP*AP*TP*TP*CP*AP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*TP*GP*GP*T)-3')
G: DNA (5'-D(P*CP*TP*GP*TP*TP*TP*TP*AP*CP*GP*TP*GP*CP*AP*T)-3')
H: DNA (5'-D(P*GP*AP*CP*TP*AP*TP*GP*CP*AP*CP*GP*TP*AP*AP*AP*AP*CP*AP*G)-3')
F: 7-[(3R)-3-aminopyrrolidin-1-yl]-8-chloro-1-cyclopropyl-6-fluoro-4-oxo-1,4-dihydroquinoline-3-carboxylic acid
H: 7-[(3R)-3-aminopyrrolidin-1-yl]-8-chloro-1-cyclopropyl-6-fluoro-4-oxo-1,4-dihydroquinoline-3-carboxylic acid
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)195,29910
ポリマ－194,5688
非ポリマー7322
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13630 Å2
ΔGint-117 kcal/mol
Surface area79120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.676, 121.676, 179.393
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A and (resseq 5:53 or resseq 56:165 or resseq...
21chain B and (resseq 5:53 or resseq 56:165 or resseq...
12chain C and (resseq 417:449 or resseq 452:456 or resseq...
22chain D and (resseq 417:449 or resseq 452:456 or resseq...

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLNGLNLEULEUAA5 - 4795 - 479
21GLNGLNLEULEUBB5 - 4795 - 479
12THRTHRASNASNCC417 - 63638 - 257
22THRTHRASNASNDD417 - 63638 - 257

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

-
DNA topoisomerase 4 subunit ... , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 DNA topoisomerase 4 subunit A / ParC55 / Topoisomerase IV subunit A


分子量: 56455.434 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 1-488 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
遺伝子: parC, SP_0855 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P72525, Isomerases; Other isomerases; Sole sub-subclass for isomerases that do not belong in the other subclasses
#2: タンパク質 DNA topoisomerase 4 subunit B / ParE30 / Topoisomerase IV subunit B


分子量: 30415.703 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 404-647 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
遺伝子: parE, SP_0852 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q59961, Isomerases; Other isomerases; Sole sub-subclass for isomerases that do not belong in the other subclasses

-
DNA鎖 , 4種, 4分子 EFGH

#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*AP*CP*CP*AP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*TP*GP*AP*AP*T)-3')


分子量: 4602.024 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: E-site DNA
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(P*AP*GP*TP*CP*AP*TP*TP*CP*AP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*TP*GP*GP*T)-3')


分子量: 5810.770 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: E-site DNA
#5: DNA鎖 DNA (5'-D(P*CP*TP*GP*TP*TP*TP*TP*AP*CP*GP*TP*GP*CP*AP*T)-3')


分子量: 4565.968 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: E-site DNA
#6: DNA鎖 DNA (5'-D(P*GP*AP*CP*TP*AP*TP*GP*CP*AP*CP*GP*TP*AP*AP*AP*AP*CP*AP*G)-3')


分子量: 5846.827 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: E-site DNA

-
非ポリマー , 1種, 2分子 FH

#7: 化合物
ChemComp-NFX / 7-[(3R)-3-aminopyrrolidin-1-yl]-8-chloro-1-cyclopropyl-6-fluoro-4-oxo-1,4-dihydroquinoline-3-carboxylic acid / Clinafloxacin / 1-シクロプロピル-6-フルオロ-1,4-ジヒドロ-7-[(3R)-3-アミノピロリジノ]-8-クロロ-4-オキソキノ(以下略)


分子量: 365.787 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H17ClFN3O3 / コメント: 抗生剤*YM

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詳細

配列の詳細FOR CHAIN A AND B, THE DATABASE REFERENCE SEQUENCE IS REFERRED IN REFERENCES 1 AND 4 OF PARC_STRPN, ...FOR CHAIN A AND B, THE DATABASE REFERENCE SEQUENCE IS REFERRED IN REFERENCES 1 AND 4 OF PARC_STRPN, UNIPROT. THE 257TH RESIDUE IS THR ACCORDING TO THEM. FOR CHAIN C AND D, THE DATABASE REFERENCE SEQUENCE IS REFERRED IN REFERENCES 1 AND 4 OF PARE_STRPN, UNIPROT. THE 460TH AND 644TH RESIDUES ARE ILE AND ALA, RESPECTIVELY, ACCORDING TO THEM.

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.79 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 50mM Na cacodylate, 100mM Ammonium acetate, 15mM Magnesium acetate, 7.5% isopropanol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1Na cacodylate11
2Ammonium acetate11
3Magnesium acetate11
4isopropanol11
5Na cacodylate12
6Ammonium acetate12
7Magnesium acetate12

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→36.1 Å / Num. obs: 34810 / Biso Wilson estimate: 176.35 Å2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 2NOV and 2RGR

2nov

2rgr


解像度: 4.001→36.1 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.68 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 32.76 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3131 2521 10.12 %RANDOM
Rwork0.2581 22395 --
obs0.2635 24916 99.38 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 80.002 Å2 / ksol: 0.064 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 632.4 Å2 / Biso mean: 202.667 Å2 / Biso min: 32.86 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--17.079 Å20 Å2-0 Å2
2---17.079 Å20 Å2
3----31.577 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.001→36.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6917 1374 76 0 8367
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0068768
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.712382
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0511484
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081448
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.3812419
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A2368X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B2368X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.058
21C1031X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
22D1031X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.089
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
4.0006-4.07740.3851420.3031289X-RAY DIFFRACTION100
4.0774-4.16050.33381290.28121249X-RAY DIFFRACTION100
4.1605-4.25080.36771400.2661265X-RAY DIFFRACTION100
4.2508-4.34960.3071450.27071261X-RAY DIFFRACTION100
4.3496-4.45810.30541230.24981228X-RAY DIFFRACTION100
4.4581-4.57850.29121410.23271249X-RAY DIFFRACTION100
4.5785-4.71290.30821570.23471236X-RAY DIFFRACTION100
4.7129-4.86470.29941480.22881266X-RAY DIFFRACTION100
4.8647-5.03810.30471510.24461257X-RAY DIFFRACTION100
5.0381-5.23920.29211180.24661229X-RAY DIFFRACTION100
5.2392-5.47690.33351660.27591238X-RAY DIFFRACTION100
5.4769-5.76460.34681300.28281266X-RAY DIFFRACTION100
5.7646-6.12410.34221540.28411219X-RAY DIFFRACTION100
6.1241-6.59430.37761510.28981267X-RAY DIFFRACTION100
6.5943-7.25310.33141310.27121248X-RAY DIFFRACTION100
7.2531-8.29150.25931530.23051227X-RAY DIFFRACTION100
8.2915-10.40480.20751370.18321269X-RAY DIFFRACTION100
10.4048-36.10110.36911050.2951132X-RAY DIFFRACTION89
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.96671.9243-1.45954.2912-2.89261.2023-0.401-0.1994-0.805-0.0131-0.6019-0.66810.27470.46111.04551.2216-0.38551.0745-0.64241.13160.4047-15.357431.40896.7753
20.46910.60781.31820.35281.5609-0.0672-0.75010.51830.093-0.5660.21680.0146-1.22531.83530.39240.1685-1.1632-0.7621.369-0.1482-0.6512-21.607350.66329.6962
31.2269-1.26240.050.7316-0.57130.307-0.4495-0.0339-0.48620.03880.85190.5228-0.0846-0.9689-0.42360.52480.18170.66861.78980.97851.3132-4.756743.3916-26.6526
43.25430.62481.0789-0.1716-0.09590.016-0.722-0.8868-0.06330.0061-0.0953-0.0190.00660.33750.80530.53730.36410.1121.02430.04940.81916.379156.3072-32.6796
50.35450.6888-0.52030.77050.22891.969-1.08520.3985-1.05890.2233-0.23140.34460.1010.311.26790.2392-0.42980.22960.3291-0.16351.2594-25.871840.4328-16.9354
60.1287-1.48943.29135.725-4.0563-0.7124-0.4271-0.08130.19731.0912-0.9115-0.3139-0.33751.0841.22821.21140.36120.20981.19081.16861.0382-20.441128.573618.7823
74.5111-0.2976-1.87744.54180.67778.91150.4421-0.91530.7552-0.8796-0.476-0.47990.8335-1.21450.05491.2132-0.4460.76951.4646-0.40951.2017-35.096416.4165-45.4873
80.3948-0.44140.44552.99361.7850.8350.158-0.0295-0.24362.63840.31531.11671.3166-0.039-0.4271.7845-0.12110.91830.4718-0.06541.0436-23.808318.471-6.117
90.8956-0.6269-1.631-0.6364-0.78191.7603-1.76050.1268-1.34510.3083-0.6727-0.09032.38190.07672.08531.7373-0.07511.62810.14990.40350.8187-15.959118.7576-21.3154
100.92161.44651.02682.74222.1390.4291-0.2176-0.19570.55690.0098-0.29580.3459-0.0635-0.30190.54440.9063-0.5008-0.922-0.4449-1.03770.3777-45.472773.96416.7914
110.44830.146-0.67130.1121-1.2302-0.4421-0.40940.449-0.1179-0.3424-0.21410.08741.1918-1.63290.51320.2885-1.13140.81871.48420.0313-0.8378-39.312554.608829.3933
12-0.7728-1.05210.30081.36620.44610.1951-0.46180.25250.30930.15610.5553-0.66490.0880.2343-0.160.60610.3647-0.83711.3618-11.5724-56.098461.8566-26.8745
13-0.82590.1594-1.63050.4532-0.02880.1024-0.8239-1.53150.62220.0228-0.37760.01950.0339-0.66911.1750.46710.1739-0.33261.0809-0.32261.2424-67.203649.0703-32.6773
140.90041.1278-0.05391.3288-0.69261.8434-1.42780.47720.60990.263-0.2081-0.5227-0.29380.10821.37420.0184-0.7246-0.39550.21190.27220.9943-34.676665.1753-17.0976
15-0.47280.7088-1.04611.3381-0.0057-0.18830.1738-0.0942-0.28510.0608-1.27190.4231-0.166-1.12931.01040.97040.4907-0.21841.6196-1.30770.9872-40.355376.592419.0445
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180.6509-0.38821.2179-0.99831.12951.8176-1.82220.20961.0749-0.1132-0.59440.1981-3.2682-0.18082.19722.4314-0.0264-1.47050.4723-0.24180.969-45.164886.8525-20.7172
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20-0.28310.01690.0524-0.12160.1507-0.28020.03861.7702-0.0548-0.1199-0.00250.02130.1107-1.82940.04380.39610.25991.08192.5330.4090.78093.816639.5757-37.4121
210.47391.4451-0.11381.0155-0.31830.54730.29510.02640.28790.2176-0.03130.5968-0.45050.5898-0.0037-0.0252-0.287-0.12541.29050.32340.1172-6.310259.4444-39.9262
227.2940.82671.3685-0.34820.3931-0.3849-0.10962.2394-0.62230.1111.6389-0.09750.05381.5492-1.47371.5664-0.4109-0.35182.7753-0.7121.7901-53.53339.6648-13.7878
233.8071.14922.7184-0.12150.62482.1647-0.08222.16560.3188-0.0534-0.0002-0.06220.07012.5770.13690.50270.2725-1.32672.57910.01750.7462-64.619365.8226-37.3356
240.09040.95150.10411.62620.79330.99860.25910.5687-0.10190.2686-0.1695-0.25340.3797-1.09020.20710.0974-0.44450.01541.3911-0.37070.1211-54.56945.8379-39.951
25-5.93241.4085-0.7921-4.95562.25022.0570.11491.16330.18320.39050.46170.33413.36250.7086-0.42712.1925-0.5859-0.12992.1885-0.32840.921-16.675833.2654-46.6316
26-2.06370.432-0.2973-4.4057-2.49378.53790.10051.2297-0.1634-0.19090.4421-0.168-3.229-0.9119-0.4542.2584-0.75160.10441.68210.0530.8098-43.987671.9403-46.7495
27-0.71941.6344-1.47240.02610.47782.3569-0.1135-0.07110.2597-0.0099-0.20420.09810.0363-0.05870.31953.99890.6311-1.07814.9003-1.25365.2577-37.713455.4789-34.6197
281.10720.58580.08410.0322-0.04330.1376-0.23410.48390.07580.00220.41420.4528-0.0048-0.2147-0.17952.5429-0.66910.52263.89330.08573.1068-23.131749.3107-34.8465
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and resseq 343:382
2X-RAY DIFFRACTION2chain A and resseq 383:429
3X-RAY DIFFRACTION3chain A and resseq 18:30
4X-RAY DIFFRACTION4chain A and resseq 5:17
5X-RAY DIFFRACTION5chain A and resseq 31:154
6X-RAY DIFFRACTION6chain A and resseq 430:455
7X-RAY DIFFRACTION7chain A and resseq 239:322
8X-RAY DIFFRACTION8chain A and resseq 456:479
9X-RAY DIFFRACTION9chain A and not (resseq 343:382 or resseq 383:429 or resseq 31:154 or resseq 430:455 or resseq 239:322 or resseq 5:17 or resseq 18:30 or resseq 456:479)
10X-RAY DIFFRACTION10chain B and resseq 343:382
11X-RAY DIFFRACTION11chain B and resseq 383:429
12X-RAY DIFFRACTION12chain B and resseq 18:30
13X-RAY DIFFRACTION13chain B and resseq 5:17
14X-RAY DIFFRACTION14chain B and resseq 31:154
15X-RAY DIFFRACTION15chain B and resseq 430:455
16X-RAY DIFFRACTION16chain B and resseq 239:322
17X-RAY DIFFRACTION17chain B and resseq 456:479
18X-RAY DIFFRACTION18chain B and not (resseq 343:382 or resseq 383:429 or resseq 31:154 or resseq 430:455 or resseq 239:322 or resseq 5:17 or resseq 18:30 or resseq 456:479)
19X-RAY DIFFRACTION19chain C and resseq 539:581
20X-RAY DIFFRACTION20chain C and resseq 610:634
21X-RAY DIFFRACTION21chain C and not (resseq 539:581 or resseq 610:634)
22X-RAY DIFFRACTION22chain D and resseq 539:581
23X-RAY DIFFRACTION23chain D and resseq 610:634
24X-RAY DIFFRACTION24chain D and not (resseq 539:581 or resseq 610:634)
25X-RAY DIFFRACTION25chain E or chain F
26X-RAY DIFFRACTION26chain G or chain H
27X-RAY DIFFRACTION27chain F and resid 0
28X-RAY DIFFRACTION28chain H and resid 0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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