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万見
- PDB-3fn9: Crystal structure of putative beta-galactosidase from bacteroides... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fn9
タイトルCrystal structure of putative beta-galactosidase from bacteroides fragilis
要素Putative beta-galactosidase
キーワードHYDROLASE / structural genomics / Putative beta-galactosidase / Glycosidase / PSI-2 / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-galactosidase / beta-galactosidase activity / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 2 / Glycoside hydrolase family 2, catalytic domain / Glycosyl hydrolases family 2, TIM barrel domain / Glycoside hydrolase, family 2, immunoglobulin-like beta-sandwich / Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain / Glycosyl hydrolases family 2 / Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain / Beta-Galactosidase/glucuronidase domain superfamily / Galactose-binding domain-like / Galactose-binding-like domain superfamily ...Glycoside hydrolase, family 2 / Glycoside hydrolase family 2, catalytic domain / Glycosyl hydrolases family 2, TIM barrel domain / Glycoside hydrolase, family 2, immunoglobulin-like beta-sandwich / Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain / Glycosyl hydrolases family 2 / Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain / Beta-Galactosidase/glucuronidase domain superfamily / Galactose-binding domain-like / Galactose-binding-like domain superfamily / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / Jelly Rolls / Immunoglobulins / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative beta-galactosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides fragilis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Ramagopal, U.A. / Toro, R. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Structure of putative beta-galactosidase from bacteroides fragilis
著者: Ramagopal, U.A. / Toro, R. / Burley, S.K. / Almo, S.C.
履歴
登録2008年12月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32021年2月10日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative beta-galactosidase
B: Putative beta-galactosidase
C: Putative beta-galactosidase
D: Putative beta-galactosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)317,62811
ポリマ－317,3804
非ポリマー2487
水1,65792
1
A: Putative beta-galactosidase
B: Putative beta-galactosidase
D: Putative beta-galactosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)238,2479
ポリマ－238,0353
非ポリマー2136
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4360 Å2
ΔGint-1.7 kcal/mol
Surface area48940 Å2
手法PISA
2
A: Putative beta-galactosidase
C: Putative beta-galactosidase
D: Putative beta-galactosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)238,28310
ポリマ－238,0353
非ポリマー2487
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4350 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area48700 Å2
手法PISA
3
A: Putative beta-galactosidase
B: Putative beta-galactosidase
D: Putative beta-galactosidase
ヘテロ分子

A: Putative beta-galactosidase
C: Putative beta-galactosidase
D: Putative beta-galactosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)476,53019
ポリマ－476,0706
非ポリマー46113
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_465-x-1/2,-y+1,z+1/21
Buried area11220 Å2
ΔGint-23.8 kcal/mol
Surface area95120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.453, 133.066, 221.192
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
31D
41B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LEU / Beg label comp-ID: LEU / End auth comp-ID: GLY / End label comp-ID: GLY / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 22 - 686 / Label seq-ID: 3 - 667

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2CC
3DD
4BB

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要素

#1: タンパク質
Putative beta-galactosidase


分子量: 79344.922 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 23-703 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides fragilis (バクテリア)
株: NCTC 9343 / 遺伝子: BF0029 / プラスミド: BC-pSGX4(BC) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5LJ68, beta-galactosidase
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 92 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.53 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M Bis-tris pH 6.5, 25% PEG 3350, 0.2M MgCl2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月14日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SAD / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. all: 89259 / Num. obs: 89259 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.3 % / Rmerge(I) obs: 0.146 / Rsym value: 0.103 / Χ2: 1.033 / Net I/σ(I): 16.844
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.7-2.810.10.83388350.8141100
2.8-2.9110.20.63588160.841100
2.91-3.0410.30.47888370.8631100
3.04-3.210.50.31888330.9061100
3.2-3.410.60.20988600.9481100
3.4-3.6610.60.1688751.0361100
3.66-4.0310.60.12789071.1341100
4.03-4.6210.40.0989281.1771100
4.62-5.8110.10.07590341.1411100
5.81-5010.20.06593341.44199.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
CBASSデータ収集
HKL-2000データ削減
SHELXD位相決定
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.7→49.39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.884 / WRfactor Rfree: 0.239 / WRfactor Rwork: 0.177 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.792 / SU B: 13.56 / SU ML: 0.274 / SU Rfree: 0.376 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.376 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27 4414 5 %RANDOM
Rwork0.201 ---
obs0.204 89140 99.89 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 89.8 Å2 / Biso mean: 39.462 Å2 / Biso min: 11.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.05 Å20 Å20 Å2
2--4.43 Å20 Å2
3----1.38 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→49.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21641 0 7 92 21740
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.02222245
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3631.92830232
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.58352679
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.31624.1371112
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.753153598
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.86215115
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.23160
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02117306
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.297213307
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.209321447
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.48828938
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.28538785
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 5336 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
AMEDIUM POSITIONAL0.370.5
BMEDIUM POSITIONAL0.330.5
CMEDIUM POSITIONAL0.360.5
DMEDIUM POSITIONAL0.380.5
AMEDIUM THERMAL2.372
BMEDIUM THERMAL3.72
CMEDIUM THERMAL2.312
DMEDIUM THERMAL3.562
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.42 319 -
Rwork0.292 6173 -
all-6492 -
obs--99.25 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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